Чехословакия стала единственной на занятой советскими войсками территории страной, которой после войны позволили сформировать независимую республику, пускай и просуществовала она недолго. Это означало, что оказавшиеся там коллекции подверглись реституции, которая была типична для Запада, но почти не практиковалась в Восточной Европе. В итоге реституция оказалась в некотором роде половинчатой.
В1945 году коллекции, оставшиеся в Терезиенштад-те, привезли в музей в Праге. С ними приехал и один из выживших членов Талмуд-команды Отто Мунелес, которого назначили старшим библиотекарем музейного собрания. Похищенные книги прибывали и из других мест. Сотни тысяч эвакуированных РСХА книг было обнаружено в замках СС на территории Чехословакии, включая замок Нойфалькенбург и замок Нимес.
Сегодня в музее осталась лишь небольшая часть коллекций, привезенных туда после войны. Бушек пытался выяснить, что случилось с книгами. «Узнать это очень сложно. С тех пор осталось мало документов. У нас есть только маленький реестр за период с 1945 по 1949 год», — сказал он. Из Терезиенштадта и других нацистских хранилищ в музей было доставлено около 190 ооо книг. «Некоторые книги после войны вернули, но полной реституции в современном понимании так и не состоялось. Никто не смотрел, кому принадлежали книги и откуда они пришли. Не было ни сотрудников, чтобы заняться этой работой, ни места для хранения книг. Во всем музее работало всего два-три человека».
По словам Бушека, книги разошлись в различных направлениях: одни распределили между еврейскими конгрегациями Чехословакии, в то время как другие отправили в Израиль. «Нет никаких свидетельств, что книги проверялись. Большая часть книг так и оставалась в ящиках, в которые их положили нацисты. Думаю, ящики просто раздавали без разбору, не обращая особенного внимания на содержимое. Люди приходили в музей и спрашивали: «Можно нам взять пятьдесят книг?» Им выдавали желаемое». Многие книги также забрали еврейские организации, например «Еврейская культурная реконструкция», которая была основана для распределения разграбленной еврейской собственности по еврейским общинам. Именно так была распределена большая часть оставшихся книг библиотеки Терезинского гетто.
Один из наиболее значимых проектов, который впоследствии станет частью Национальной библиотеки Израиля, был запущен Еврейским университетом в Иерусалиме. Это была политическая сионистская «спасательная операция», которая на волне превалирующих непосредственно по окончании холокоста настроений была нацелена перевезти как можно больше культурного наследия европейского еврейства в Израиль, куда эмигрировали сотни тысяч выживших. В конце 1946 года старший библиотекарь Еврейского университета Хуго Бергман вместе с Отто Мунелесом посетил книжный склад РСХА в замке Нимес. По их оценкам, там находилось около 650 ооо книг.
«Среди них есть еврейские книги, а есть и книги другого рода. Я видел католические книги из монастырей, теософскую литературу, социалистические труды и многое другое… На чердаке замка прямо на полу я нашел голландский архив, который не смог опознать. Там были также газеты на идише, связанные в пачки или упакованные в картонные коробки. Они были из ИВО в Вильнюсе», — писал Бергман в своем отчете. Он перевез из Чехословакии в Израиль от сорока до семидесяти тысяч еврейских книг. Точное количество неизвестно, поскольку Бергман вывез многие ящики контрабандой, пряча среди самых разных книг особенно ценные манускрипты.
Огромное количество книг, оставшихся в Чехословакии после войны, стало поддержкой музея и еврейской конгрегации. Чешское правительство, однако, значительно осторожнее относилось к идее возвращения награбленного. «Чешское правительство в целом отрицательно относится к вопросу реституции и в некоторые моменты даже называло стремление людей или организаций вернуть свою собственность «фашистским», «буржуазным» или применяло другой термин, более соответствующий духу конкретного времени», — написал один американский наблюдатель. Особенно сложно вернуть свои книги было частным лицам. В послевоенной Чехословакии задокументирован лишь один случай возвращения книг семье.