Нет точной цифры, которая описывала бы, сколько именно было похищено из Салоников, однако историк Марк Мазовер полагает, что нацисты украли десятки тысяч книг, манускриптов и инкунабул. Среди прочего была потеряна богатая библиотека раввина Хахама Хаима Хабиба, которую его семейство собирало на протяжении многих лет. Хаим Хабиб был одним из самых влиятельных ортодоксальных раввинов города, который прославился тем, что однажды из религиозных соображений отказался пожать руку королеве Греции. В библиотеку Хаима Хабиба входило восемь тысяч книг по религии, философии, истории и еврейскому праву. Однако грабительская операция была столь систематической, что не уцелели даже мелкие библиотеки. К примеру, конфискована была библиотека еврейских учителей, в которую входило всего шестьсот книг, в основном пособия по преподаванию языков и современная литература.
Большинство украденных коллекций было отправлено на поезде в Германию, однако некоторые постигла другая судьба. Из 250 конфискованных свитков Торы в Германию отправилось 150. Остальные юо свитков, которые, вероятно, сочли менее интересными в исследовательском отношении, были сожжены в Салониках. По неизвестным причинам та же участь была уготована и библиотеке Хаима Хабиба, которую сожгли в организованном нацистами лагере для интернированных лиц.
Депортация евреев в лагеря смерти на территории оккупированной Польши в Европе началась в 1942 году. Однако в Греции депортация была задержана из-за отказа итальянцев сотрудничать с нацистами. В СС были решительно настроены на «решение еврейского вопроса» в Греции. Еще в 1941 году Генрих Гиммлер предупредил Гитлера, что крупные еврейские общины вроде общины Салоников представляют угрозу рейху. В конце концов оберштурмбаннфюрер СС Адольф Эйхман, который отвечал за логистику депортации, потерял терпение и в феврале 1943 года отправил в Салоники Дитера Вислицени и Алоиза Бруннера, которые славились как одни из самых безжалостных и жестоких убийц в рядах СС. Бруннер, которого Эйх-ман называл своим «лучшим сотрудником», ранее организовал депортацию десятков тысяч евреев из Вены. Он лично казнил известного австрийского банкира Зигмунда Бозеля, которого вытащил из венкой больницы на улицу и пристрелил прямо в больничной одежде. После войны Бруннер бежал в Сирию, где, как считается, был советником режима. Согласно сведениям Центра Симона Визенталя, вероятнее всего, там Бруннер и умер в 2010 году в возрасте девяноста восьми лет.
В Салониках Вислицени и Бруннер обосновались на вилле неподалеку от центра города, которую украсили черным флагом СС. Через два дня после их прибытия в город всем евреям старше пяти лет было приказано носить на одежде желтую звезду. В течение недели евреям запретили пользоваться телефонами, ездить на трамваях и находиться в общественных местах. В то же время Вислицени начал набрасывать планы гетто, которых никогда не существовало в Салониках. Одно гетто было основано в западной части города, другое — в восточных пригородах.
Одновременно отряды СС с помощью подневольного труда евреев принялись строить возле железнодорожной станции транзитный лагерь, окруженный оградой из колючей проволоки. Транзитный лагерь был построен таким образом, что заключил в себе весь существующий еврейский квартал. Его население было депортировано в первую очередь.
К марту, когда Вислицени и Бруннер загнали большинство евреев города в гетто, эти гетто изолировали от внешнего мира. Несколько тысяч евреев, в основном молодых мужчин и женщин, сумели бежать: они пересекли оккупированную итальянцами зону и скрылись в горах Македонии, где присоединились к Народно-освободительной армии Греции, или ЭЛАС.