Политические последствия пожара стали очередной катастрофой для сефардской общины. В 1913 году, после Балканских войн, Салоники были переданы Греции. Премьер-министр Греции Элефтериос Венизелос назвал пожар 1917 года «даром божественного вмешательства». Греческие политики воспользовались возможностью построить современный греческий город на руинах преимущественно османских и еврейских Салоников. Сгоревшие дома были экспроприированы, а еврейским семьям, которые жили там на протяжении сотен лет, запретили возвращаться назад. Десятки тысяч людей в результате поселились на окраинах и в бедных пригородах. Многие евреи города сочли Салоники потерянными навсегда. Между 1912 и 1940 годами десятки тысяч евреев покинули город и эмигрировали во Францию, в США и в Палестину.
Хотя большая часть старых Салоников оказалась Утраченной, нацистов очаровывал этот «еврейский город». Альфред Розенберг по-прежнему считал Салоники «одним из важнейших еврейских центров» и городом «расового хаоса, обусловленного космополитизмом и еврейскими финансами». Особенно нацистских исследователей удивлял тот факт, что они не могли найти документов, в которых говорилось бы о существовании еврейского гетто в этом городе.
Как только Греция сдалась немецкой армии в 1941 году, Розенберг отправил сотрудников ЭРР в Салоники. Группу возглавил «эксперт по евреям» Йохан-нес Поль. К середине июня 1941 года организация основала отделение в Салониках, разместившись в бывшем здании американского консульства. Однако операция ЭРР не ограничивалась одними Салониками — она должна была покрыть все Балканы, поскольку более мелкие еврейские поселения существовали в этом регионе Средиземноморья в течение многих сотен лет.
С мая по ноябрь 1941 года около тридцати академиков и исследователей ЭРР при поддержке СД и соединений вермахта провели зачистку греческих еврейских общин. Обыску подверглось около пятидесяти синагог, еврейские школы, редакции газет, книжные магазины, банки и другие организации, откуда конфисковали представляющие интерес материалы. ЭРР также выявил около шестидесяти «влиятельных евреев», дома которых также подверглись обыску на предмет книг, рукописей и архивных материалов.
Грабежи в Салониках были особенно тщательными, поскольку предполагалось, что они дадут материал для исследования евреев-сефардов. Прежде всего
нацистов интересовали их экономические связи и искусство торговли. Исследователь Герман
Келленбенц проанализировал экономику евреев-сефардов по за-казу Института еврейского вопроса Вальтера Франка, который входил в Имперский институт истории но-вой Германии и конкурировал с франкфуртским ин-ститутом Розенберга.
С XVI века наиболее влиятельным еврейским семьям Салоников по статусу полагалось владеть библиотекой. На протяжении веков в городе было собрано множество библиотек и частных литературных коллекций. Первой библиотекой, которую конфисковал ЭРР, стала содержавшая большое количество трудов по еврейской истории библиотека Йозефа Не-хамы, историка и директора школы Всемирного еврейского альянса, функционировавшей в Салониках. Нехама был одним из лидеров конгрегации, который до войны утверждал, что евреи должны остаться в Салониках. Среди других похищенных библиотек оказалась библиотека главного раввина Цви Кортеса, в которой содержались тысячи ценных книг по арабской и еврейской философии, а также собрание историка Михаэля Мохло, в которое входило множество редких еврейских книг. Мохло внес важный вклад в сохранение истории города, когда в 1930-х годах начал Документировать эпитафии с еврейского кладбища, что оказалось очень важным потом, когда кладбище разрушили. К счастью, плоды его труда не были похищены.
Из городских синагог было украдено двести пятьдесят бесценных свитков Торы, а также большое количество религиозной литературы, инкунабул и книг, напечатанных в Салониках в XVI веке. Некоторые из свитков Торы восходили еще к Средневековью, в Салоники их принесли евреи-сефарды с Пиренейского полуострова. Они были богато украшены в арабосефардском стиле и увенчаны серебряными и золотыми наконечниками, изготовленными еврейскими художниками и ремесленниками в эпоху Возрождения. Именно их первыми спасли из пожара 1917 года. Библиотеки из 2500 книг лишили даже раввинский суд, бейт-дин.
Особенно важной целью ЭРР был архив крупнейшего банка Салоников, банка «Юнион», где содержались документы, которые можно было использовать для изучения экономических связей евреев-сефардов.