В основе стратегии Путина в области федеративных отношений лежали приведение нормативной базы регионов в соответствие с федеральными законами и Конституцией, что было сделано с помощью нового властного института — полномочных представителей президента в семи федеральных округах. Через полпредов также удалось вновь замкнуть на Москву действующие на местах органы федеральной исполнительной власти, которые в 90-е годы оказались под прямым контролем губернаторов. Был запущен процесс укрупнения некоторых субъектов федерации. Самый спорный этап федеративной реформы был связан с переходом от прямых выборов губернаторов к их избранию законодательными собраниями субъектов Федерации по представлению президента. Эксперимент, начатый Ельциным во время выборов в 1996 году для привлечения на свою сторону ряда региональных руководителей, был признан неудавшимся.
Стимулирование создания партий шло через отмену запретов для представителей исполнительной власти состоять в партиях и — переход на выборы в Государственную думу по партийным спискам. Президент не видел проблем в существовании крупной доминантной партии — «Единой России», — позволяющей обеспечить консолидацию ядра провластного электората, управленческой элиты, а также проведение реформ и преемственность курса.
Экономическая программа Путина предусматривала увеличение ВВП вдвое за десять лет. В качестве практических мер президент называл укрепление и профессионализацию государственных институтов, дерегулирование и разбюрокрачивание экономики, создание долговременных налоговых стимулов, сокращение избыточных социальных обязательств, регулирование тарифов инфраструктурных монополий, достижение полной конвертируемости рубля, поощрение миграции в Россию из стран бывшего Советского Союза.
То, что команда Путина сделала для снижения налогов, введения частной собственности на землю, открытия экономики для глобальной конкуренции, проведения коммунальной, социальной, пенсионной и других реформ по многим направлениям шло заметно дальше замыслов реформаторов раннеельцинской поры.
Вместе с тем стратегия Путина, особенно в годы второго срока его президентства, предполагала сохранение или даже усиление государственного контроля за некоторыми стратегическими отраслями, над топливно-энергетическим комплексом. Была сделана ставка на создание крупных государственных корпораций и вертикально-интегрированных холдингов — Ростехнологий, Росатома, Объединенной авиастроительной корпорации, Объединенной судостроительной корпорации. Цель состояла в том, чтобы остановить развал высокотехнологичных отраслей, сохранить производственный потенциал за счет централизации управления, собрать формально принадлежавшие государству разрозненно неуправляемые активы, зачастую потерявшие связь с научными и конструкторскими центрами.Одновременно Путин направил крупнейшему бизнесу несколько однозначных «посланий»: платите налоги и проявляйте социальную ответственность; федеральная политика — дело Кремля; среди олигархов святых нет. Гусинский и Березовский были вынуждены покинуть страну. В 2003 году настанет очередь Михаила Ходорковского, чья повышенная политическая активность вызвала повышенный интерес правоохранителей к действительно топорным схемам ухода от налогов, которые применяла его компания «ЮКОС».