Созревшие кофейные ягоды собирают вручную по причине неравномерности их созревания на кофейном дереве и наличия дешевой рабочей силы в районах выращивания кофе. Зерна получают путем обработки ягод по мокрому или сухому методу. Оба они нацелены на удаление кожуры, мякоти и кожицы с кофейного зерна. Сухой способ более древний. В процессе сухой обработки собранные кофейные зерна рассыпают ровным слоем на бетонной поверхности (в Бразилии, Эквадоре), или на специальных лотках (Берег Слоновой Кости, Камерун), или просто на земле (в Лаосе, Таиланде, западноафриканских странах). Сушка на земле крайне нежелательна, так как на кофейные зерна попадают пыль, земля, и они могут приобрести дополнительные не очень приятные вкус и запах. Сушка на солнце занимает до пяти недель и зависит от толщины слоя кофейных зерен, среднедневной температуры и количества солнечных дней (в случае дождя кофе должен быть защищен). В процессе сушки кофейные зерна необходимо регулярно перемешивать. За это время зерна кофе ферментируются, как бы заканчивают созревать, «получают крепость»; в них происходят химические изменения, которые улучшают вкус и другие качества кофе. Процесс сушки считается законченным, когда влажность просушенных зерен составляет 12 %. На этой стадии внешняя оболочка зерен становится темно-коричневой и хрупкой, а сердцевина зерна гремит внутри шелухи. После сушки кофейные зерна засыпают в мешки и еще несколько недель выдерживают для того, чтобы они потеряли часть влаги, после чего их подвергают шелушению, отделяя зеленые кофейные зерна. Как правило, выход (отношение массы полученных кофейных зерен к исходной массе) зеленого несортированного кофе составляет 50 %.
При влажной обработке кофе можно собирать и во время ливней. Влажная обработка более сложная и комплексная, чем сухая. Свежесобранные кофейные зерна подвергают предварительной очистке, в процессе которой отделяют попавшие в массу кофейного зерна веточки, листочки, посторонние предметы, а также в некоторых случаях – светлые зерна от общей массы. Камни и другие тяжелые примеси отделяются сифонированием (хорошо созревшие плоды собирают и высыпают в большие вращающиеся с разной быстротой барабаны с неровной поверхностью посередине, в которые постоянно подается сильная струя воды). После этого кофейное зерно подается в агрегат, называемый пульпером, который отделяет кожицу зерна от собственно зерен. Для успешного проведения влажной обработки ее необходимо провести не более чем в 24 часа после сбора кофейного зерна, а лучше в течение 12 часов.
Во время влажной обработки нежелательно смешивать собранные в разное время кофейные зерна. Из-за того что различные партии зерен очищаются от шелухи по-разному, происходит неполная очистка, а также начинается преферментация кофейных зерен, что приводит к изменениям во вкусе и аромате. В некоторых странах существуют специальные инспекторы по качеству зерна, которые контролируют все поступающие партии на их однородность. После пульпинга (отделения мякоти от кофейных зерен) самым важным является выделить неочищенные и светлые зерна, а также часть шелухи, не очищенной во время отшелушивания, из общей массы продукта, так как они отрицательно сказываются на вкусе и аромате конечного продукта. Эта стадия называется промышленной ферментацией. Ее производят в специальных промывочных каналах, а в некоторых странах используют агрегаты, называемые Аагаард (по имени норвежского изобретателя).
Следующий процесс – ферментация. Ее основной целью является ускорение процесса сушки, правильно ферментированные зерна приобретают тонкий аромат и красивый внешний вид. В процессе ферментации, который обычно протекает от 12 до 36 часов, зеленые кофейные зерна под воздействием ферментов очищаются от кожицы. Процесс ферментации может быть искусственно ускорен путем добавления специальных ферментов и проведения самого процесса в воде. После ферментации каждой отдельной партии очень важно подвергнуть оборудование тщательной очистке от остатков предыдущей партии.