Тимошенко помогал заместитель наркома обороны Борис Михайлович Шапошников. Этот бывший офицер царской армии, хорошо известный своим талантом военного теоретика и независимостью, сыграл первейшую роль в создании после Гражданской войны Красной Армии и вступил в конфликт с Тухачевским по поводу интерпретации неудачной кампании последнего на Висле в 1920 году. Это, вкупе с его репутацией
Шапошников вернулся на пост начальника Генштаба в июле 1941 года, и после этого, вплоть до своей замены по болезни в мае 1942 года, служил архитектором заново организованного Генштаба, который обеспечил победу в войне. Во время войны он оказывал умеренное влияние на Сталина, и хотя его имя связывалось с катастрофой под Киевом в сентябре 1941 года, именно влияние Шапошникова в конечном итоге побудило Сталина считаться в руководстве войной с мнением Генерального штаба.
В июне 1941 года начальником Генштаба Красной Армии был генерал армии Георгий Константинович Жуков — кавалерийский офицер, ветеран Мировой и Гражданской войн, бывший командующий Киевским особым военным округом, где у него служил начальником штаба Ватутин, и герой сражения с японцами на Халхин-Голе в августе 1939 года. После 1937 года Жуков резко поднялся в высший командный состав, несмотря на контакты с такими попавшими под чистку командирами, как Уборевич и Егоров, под началом которых он служил. В июне 1940 года Жуков стал командующим Киевским особым военным округом и в январе 1941 года сыграл значительную роль в московских военных играх. Благодаря энергичным и умелым действиям в ходе этих игр по их завершении он сменил К.А. Мерецкова на посту начальника Генштаба. После этого назначения Жуков, под внимательным присмотром Шапошникова и в тесном сотрудничестве со своими заместителями Н.Ф. Ватутиным, Г.К. Маландиным и А.М. Василевским, первым заместителем начальника оперативного управления, работал над созданием более согласованных военных и мобилизационных планов. Несмотря на угрожающий пример чисток, Жуков обращался к Сталину с максимально возможной настойчивостью, и именно благодаря его побуждениям Сталин провел перед войной тайную частичную мобилизацию. Очевидно, Жуков призывал и к более активным мерам — но их Сталин отверг.
Командующим Жуков был энергичным, но упрямым. Он подходил к войне с упрямой решительностью. Его сила воли, иной раз с примесью безжалостности и полнейшего нежелания считаться с потерями, провела советские войска через тяжелые испытания в начальный период войны и в конечном итоге привела их к победе. Подобно американскому генералу Гранту, он понимал страшную природу современной войны и был психологически готов вести ее. Он требовал и добивался абсолютного повиновения приказам, распознавал и защищал военные таланты среди своих подчиненных и временами даже противостоял Сталину, навлекая на себя его гнев. Его операции не отличались особым хитроумием, но он умело пользовался Красной Армией как дубиной. Его характер идеально подходил к природе войны на советско-германском фронте, и Сталин это знал — ведь лишь поэтому он и вся Красная Армия, несмотря на громадные потери, вышли из войны победителями.