По новому штату курсы имели общевойсковой, артиллерийский, бронетанковый и военно-воздушный факультеты. Военно-морской факультет выделялся в самостоятельные военно-политические курсы. Наряду с основными факультетами на курсах функционировали четырехмесячные сборы по переподготовке политсостава, а затем вместо них был образован ускоренный факультет с шестимесячным сроком обучения. В составе этого факультета предусматривались четыре основных курса, а также артиллерийское, танковое и военно-воздушное отделения при основных факультетах. Позднее при Высших всеармейских военно-политических курсах Главного политического управления РККА были организованы шестимесячные курсы усовершенствования газетных работников.
В августе 1943 г. Государственный Комитет Обороны принял решение о переводе Высших всеармейских военно-политических курсов в Москву. Начальником курсов был назначен бывший выпускник академии полковник А.И. Ковалевский, его заместителем по учебной и научной работе – генерал-майор И.И. Зубков, начальником политического отдела – полковник И.В. Воронков.
Высшие всеармейские военно-политические курсы по штату имели следующие кафедры: марксизма-ленинизма, Великой Отечественной войны, истории СССР, истории международных отношений, истории войн и военного искусства, партийно-политической работы, общей тактики и огневой подготовки. Новые учебные планы отвечали целям и задачам подготовки политработников на факультетах и сборах. На изучение общественных дисциплин на основных факультетах выделялось 33,8 % на военные дисциплины – 66,2 % всего учебного времени.
В тематический план кафедры марксизма-ленинизма были включены новые темы: «Марксистско-ленинское учение о войне и армии», «Ленинская национальная политика и ее значение в деле строительства социализма, укрепления военной мощи страны и разгрома немецко-фашистских захватчиков», «Партия – организатор борьбы и победы над немецко-фашистскими захватчиками» и др.
Курс партийно-политической работы предусматривал изучение разделов: Политорганы и партийные организации Красной Армии, «Агитационно-пропагандистская работа в Красной Армии», «Партийно-политическая работа в боевой обстановке». В 1943 г. был издан ряд научно-исследовательских работ преподавателей, в том числе Д.М. Кукина «Дружба народов СССР в Отечественной войне», Г.В. Кузьмина «Красная Армия в Великой Отечественной войне», Н.М. Киряева «Героическая оборона Севастополя» и др.
Большое внимание уделялось дальнейшему улучшению и военной подготовке преподавателей и слушателей. В целях более глубокого изучения и обобщения боевого, фронтового опыта преподаватели кафедр направлялись в командировки в части и соединения действующей армии. Осенью 1943 г. на ВВВПК были созданы новые кафедры военных дисциплин: артиллерии, инженерной службы, связи и химзащиты. С учетом Великой Отечественной войны совершенствовалась и военная подготовка постоянного состава курсов. С сентября 1943 г. в системе командирской учебы преподавателей занятия стали проводиться четыре раза в месяц.
С конца 1943 г. на курсах усиливался приток слушателей из числа фронтовиков. Большинство слушателей являлись активными участниками Великой Отечественной войны, получили боевую закалку на фронтах, приобрели опыт партийно-политической работы в боевой обстановке. Высшие всеармейские военно-политические курсы постоянно поддерживали тесную связь с соединениями и частями действующей армии.
В последующие годы войны не было существенных изменений в организационной структуре Высших всеармейских военно-политических курсов Главного политического управления РККА, которые постоянно совершенствовали учебный процесс и успешно решали сложные задачи подготовки кадров политических работников. Так, на выпускных экзаменах в июле 1944 г. среди слушателей первого выпуска ВВВПК 76,1 % имели отличные и хорошие оценки по основам марксизма-ленинизма, 82,8 % – по партийно-политической работе, 83,8 % – по тактике, 75 % – по огневой подготовке.
Важное значение для дальнейшей активизации партийно-политической работы в Красной Армии, в подготовке и воспитании офицерских кадров имели постановления ЦК ВКП(б) по идеологическим вопросам, принятые в 1944–1945 гг. В этих постановлениях особое внимание обращалось на необходимость повышения идейно-теоретического уровня партийных кадров.
Выполняя приказы наркома обороны СССР и директивы Главного политического управления РККА, Высшие всеармейские военно-политические курсы продолжали дальнейшее совершенствование системы обучения и воспитания кадров политических работников. Комплектование курсов осуществлялось по директивам Главного политического управления Красной Армии за счет заместителей командиров батальонов, парторгов и агитаторов полков, работников политических отделов соединений, имевших, как правило, личный боевой опыт Великой Отечественной войны.