Ариане отвергли решение собора и уклонились в раскол, и на протяжении многих столетий арианизм доказал, что он является наиболее грозным и страшным врагом Римокатолической церкви (см. на Дан. 7:8). Группа, которая выделилась после первого Никейского собора иногда называемая полуарианами, также тревожила церковь. Ключевое слово этого движения хомоузиос, посредством которого они изображали Сына как личность подобную сущности с Отцом в противоположность хомоузиос (той же сущности) согласно Никейского символа веры. Выдающимися среди противников Ортодоксального учения после собора в Никее были Аполлинарий и Маркелл. Оба подтверждали принцип единобожия и человеческую природу во Христе, но отрицали Его истинную человеческую природу, доказывая, что Божественная воля сделала человеческую природу Христа пассивным, бездеятельным орудием. Эти разные проблемы привели к созыву второго собора в 381 г. в Константинополе. Этот собор подтвердил Никейский символ веры, сделав более ясным его значение, и провозгласил, что во Христе присутствуют две действительных природы.
Несторианизм
После собора в Константинополе внимание церкви было направлено к так называемому христологическому аспекту проблемы в природе и личности Христа. Были сделаны попытки - определить природу Божественных и человеческих элементов во Христе и изложить взаимоотношение между ними. Как могут две личных природы существовать вместе в одной личности?
Эта фаза борьбы сконцентрировалась в двух противоположность школах мысли - одна в Александрии а вторая в Антиохии Сирийской. Эти оба богословские направления мысли признавали истинное единство Божественной и человеческой природы в одной личности - в Иисусе Христе, но Александрийская школа подчёркивала единство двух природ и настаивала на важности Божественной, в то время как Антиохийская школа подчёркивала различие между двумя природами и настаивала на важности человеческого аспекта. Сторонники Антиохийской школы придерживались взгляда, что Божественная и человеческая природа зашли в отношения постоянного сосуществования и сотрудничества без действительного слияния. В одной личности они отделяли две природы, заявляя, что между ними не было подобного союза, но только постоянное общение. Они проводили резкое различие между Христом как Сыном Божиим и Христом - как сыном человеческим, и придавали человеческой природе более ясное и определённое признание. Они представляли себе единство двух природ как достижимое посредством единства соответствующих проявлений воли. Они отстаивали реальность и совершенство человеческой природы Христа, но подвергали опасности единство личности. Это был не полный, несовершенный, неопределённый механический союз, в котором две природы не были воистину соединены в единой, сознающей себя личности. Сторонники Александрийской школы, - с другой стороны, осознавали чудесное и совершенное слияние двух природ; человеческая личность растворилась в Божественной и стала подчинённой по отношению к ней. Таким образом, Бог вошёл в человеческую природу и посредством этого союза Божеского естества с человеческим, стало возможным Христу привести человечество обратно к Богу. Столкновения между этими двумя школами мысли достигли своего высшего накала в Несторианском споре в начале V столетия. Нестор из Антиохии признавал истинную Божественную и человеческую природу, но отрицал их союз в единой, сознающей себя личности. Христос, согласно взгляду несториан представлял собой две реальных личности, наслаждающихся моральным и полным сочувствия союзом, но не производящих никакого решительного воздействия друг на друга. Божество в данном случае не было унижено; человеческая природа не была возвышена. В такой личности был Бог и был человек; но в ней не было Богочеловека.
В 431 году в Ефесе был создан Третий Экуменический Церковный Собор с целью - урегулировать этот спор между Антиохийской и Александрийской школами мышления. Собор осудил Нестора и его учение, но не посчитал необходимым выдвинуть новый символ веры вместо Никейского символа. На этом соборе не было что-либо реально урегулировано или достигнуто; исключая ещё более увеличившийся разлад, и последующая борьба приняла такие размеры, что все другие доктринальные проблемы были отложены.
Монофизитизм
Как последствие Ефесского собора, возникла ещё другая теория, известная как Монофизитизм или Евтихианизм. Эта теория возникла и выдвинулась, чтобы изложить понятие о Христе, совершенно противоположное Несторианскому. Евтихий, главный истолкователь этой теории, заявлял, что первоначальная природа Иисуса была превращена в Божественную природу при воплощении. В результате чего человеческая природа Иисуса и Божественная природа Христа стали одной личностью и одной природой. Он отстаивал единство самосознания но до такой степени соединил воедино эти две природы, что практически говоря, они потеряли свою индивидуальную тождественность.