Система судебно-экспертных учреждений Министерства юстиции РФ организована следующим образом: высшее звено — Управление судебно-экспертных учреждений; ведущее учреждение — Российский федеральный центр судебной экспертизы; среднее звено — Северо-западный региональный центр; центральные лаборатории судебной экспертизы; первичное звено — филиалы, отделы, экспертные группы.
В системе государственных судебно-медицинских учреждений Минздрава России высшим звеном является Российский центр судебной медицины, а его руководитель одновременно — Главным судебно-медицинским экспертом министерства; средним звеном — областные, краевые, республиканские и бюро судебно-медицинской экспертизы, а также бюро в некоторых городах; первичным звеном — районные, межрайонные и городские отделения судебно-медицинской экспертизы.
Государственная судебно-психиатрическая экспертная система РФ организована следующим образом: высшее звено — Государственный научный центр социальной и судебной психиатрии им. В.П.Сербского; среднее звено — региональные центры судебной психиатрии, областные и межобластные комиссии, республиканские, краевые экспертные учреждения; первичное звено — судебно-психиатрические экспертные комиссии на правах структурных подразделений психиатрических учреждений общего профиля.
В Минобороны РФ общее руководство судебно-экспертными учреждениями осуществляется Главным военно-медицинским управлением; головным учреждением является Центр медицинских и криминалистических экспертиз, а также Центральная судебно-медицинская лаборатория Министерства обороны РФ (для подразделений, осуществляющих производство судебно-медицинской и судебно-психиатрической экспертизы). В ГТК РФ высшим звеном является Центральное экспертно-криминалистическое таможенное управление, в ФСБ РФ — Институт криминалистики.
Организационное руководство включает в себя издание ведомственных нормативных правовых актов, регулирующих судебно-экспертную деятельность в системе конкретного министерства или ведомства для каждого судебно-экспертного учреждения; финансовое и материально-техническое обеспечение; определение кадровой политики, включая подбор и назначение руководителей судебно-экспертных учреждений; введение для них соответствующей отчетности; организацию проверок их деятельности (без вмешательства в экспертную деятельность по конкретным делам), в том числе проведение ревизий финансово-хозяйственной работы и т.д. (см. ст.11 и комментарий к ней).
2. Научно-методическое обеспечение производства экспертиз осуществляется государственными судебно-экспертными учреждениями. В число основных видов деятельности головных судебно-экспертных учреждений (ГУ ЭКЦ МВД России, ГУ РФЦСЭ при Минюсте России, РЦСМ Минздрава России, Государственного центра социальной и судебной психиатрии им. В.П.Сербского Минздрава России, Центра судебно-медицинских и криминалистических экспертиз Министерства обороны РФ, Центрального экспертно-криминалистического таможенного управления ГТК РФ, Института криминалистики ФСБ РФ) входит организация, проведение и координация прикладных научно-исследовательских работ. Например, научно-исследовательская лаборатория ГУ ЭКЦ МВД России является единственным в системе научно-исследовательских учреждений МВД России подразделением, выполняющим научно-исследовательские работы в области разработки экспертно-криминалистических средств и методов исследования вещественных доказательств.
Одним из наиболее важных направлений научно-исследовательских работ является разработка основ организационно-управленческой деятельности судебно-экспертных учреждений. Применение результатов указанных исследований в организационно-управленческой работе головных и региональных судебно-экспертных учреждений способствует повышению эффективности управления их деятельностью, улучшению качества профессиональной подготовки сотрудников по применению судебно-экспертных методов в досудебном и судебном производстве.
В аспекте решения задач повышения качества и эффективности экспертных исследований в судебно-экспертных учреждениях развивается еще одно важное научное направление — совершенствование методической базы судебной экспертизы. Научная обоснованность, т.е. применение новейших достижений в данной области знаний, является главным фактором, определяющим допустимость использования методов в экспертном исследовании. Особенно актуальны следующие проблемы: обеспечение соответствия методов и методик судебной экспертизы современным международным стандартам; повышение уровня специальной подготовки судебных экспертов; разработка критериев оценки их компетентности; обеспечение качества специальных технических средств, реактивов и расходных материалов, применяемых при проведении экспертных исследований; разработка критериев оценки доказательств, полученных в результате применения специальных познаний экспертов.