Читаем Кому мешает ДНК-генеалогия? полностью

Кому мешает ДНК-генеалогия?

Это сейчас назвали «снип М420». Но перед этим или после этого у других носителей гаплогруппы R1 проскочили еще три снип-мутации, разделенные, возможно, тысячелетиями – это превращение аденина в гуанин в участке Y-хромосомы под номером 17 миллионов 891 тысяча 241 (снип L62), превращение тимина в цитозин на участке под номером 18 миллионов 162 тысячи 834 (снип L63) и превращение цитозина в аденин на участке под номером 14 миллионов 138 тысяч 745 (снип L145). Сейчас у всех тестированных, имеющих гаплогруппу R1a, наблюдаются все четыре снипа – M420, L62, L63, и L145, и какой образовался раньше, какой позже, и сколько тысячелетий между ними – мы не знаем. Так какой возраст гаплогруппы R1a? И до какого снипа 105 мутаций? Мы опять же не знаем. Можно излагать «концептуально», не вдаваясь в детали, и ничего зазорного в этом нет. Но тогда не надо делать вид, что мы знаем детали, это – неправда. И YFull пишут – «22100 лет назад», прямо с точностью до 100 лет. А там – плюс-минус тысячелетия. Еще надо учесть, что здесь мы говорим не просто о носителях гаплогруппы R1 и их потомках R1a, а о тех, потомки которых выжили до настоящего времени.

Так вот, какое-то время назад у еще одного носителя гаплогруппы Rl,который жил тоже неизвестно когда, проскочила снип-мутация в положении Y-хромосомы под номером 2 миллиона 887 тысяч 824, которая превратила цитозин в аденин. Ее назвали снип М343, и он никакого отношения к указанным выше четырем снипам R1^R1a не имел. Вероятность того, что эти мутации произошли все или попарно в одно и то же время, практически нулевая. Зачем приравнивать их времена и писать – совершенно произвольно – что R1b образовался тоже 22100 лет назад, опять с точностью до ста лет, смысла никакого нет, разве что «по понятиям, для простоты».

В общем (и конкретно), мы не знаем. Но мы можем сравнить базовые гаплотипы субкладов R1a и R1b, время образования которых нам примерно известно, и определить, когда жил их общий предок, носитель гаплогруппы R1. А именно, из независимых данных, не по снипам. Об этом – ответ на следующий вопрос.

Вопрос 79: Что такое «медленная» 22-маркерная панель гаплотипов?

Эта панель была разработана для нахождения датировок особенно древних общих предков популяций. «Особенно древние» – это те, для которых возвратных мутаций в обычных маркерах гаплотипов настолько много, что мутации в маркерах приближаются к насыщению, и на время уже не реагируют. Точнее, число мутаций продолжает расти в «медленных» маркерах, но уже практически не растет в «быстрых» и прочих маркерах, и время до общего предка серии гаплотипов прогрессивно занижается.

Поэтому логика создания «медленной» панели гаплотипов была в том, чтобы изъять из гаплотипов «быстрые» маркеры, и оставить только медленные.

Приведем пример. Записываем базовые 67-маркерные гаплотипы субкладов R1a-Z280 и R1b-P312, упомянутых в ответе на предыдущий вопрос:

13 25 16 11 11 14 12 12 10 13 11 30–15 9 10 11 11 24 14 20 32 12 15

15 16–11 11 19 23 16 16 18 19 35 38 14 11–11 8 17 17 8 12 10 8 11

10 12 22 22 15 10 12 12 13 8 14 23 21 12 12 11 13 11 11 12 13

13 24 14 11 11 14 12 12 12 13 13 29 – 17 9 10 11 11 25 15 19 29 15

15 17 17 – 11 11 19 23 15 15 18 17 36 38 12 12 – 11 9 15 16 8 10

10 8 10 10 12 23 23 16 10 12 12 15 8 12 22 20 13 12 11 13 11 11

12 12

Между ними – 44 мутаций, что транслируется в 44/0.12 = 367 → 568 условных поколений, или примерно 14200 лет. К этому нужно добавить «возраст» субкладов Z280 (4900 лет) и P312 (4300 лет), и разделить пополам. Это при формальном подходе означает, что их общий предок жил примерно 11700 лет назад. Этого, конечно, быть не может, так как гаплогруппы R1a и R1b имеют общего предка как минимум 20 тысяч лет назад. Ясно, что возраст общего предка субкладов, рассчитанный по 67-маркерным гаплотипам, значительно занижен.

Проверим по калькулятору Килина-Клёсова: результат – общий предок указанных субкладов жил 1367±2275 лет назад, при округлении получаем 13700±2300 лет назад. Все равно значительное занижение возраста общего предка, и мы уже знаем, почему – происходит насыщение аллелей из-за большого количества возвратных мутаций.

Переходим к «медленной» 22-маркерной панели. В нее входят следующие маркеры, с соответствующими константами скоростей мутаций, на условное поколение в 25 лет:

DYS426 0.00009

DYS388 0.00022

DYS392 0.00040

DYS455 0.00010

DYS454 0.00030

DYS438 0.00035

DYS531 0.00090

DYS578 0.00043

DYF395S1a 0.00040

DYF395S1b 0.00040

DYS590 0.00034

DYS641 0.00017