С тревогой сознавая, что «работы над романом еще много, а сил осталось мало», Шишков старается совершенно не отвлекаться от нее. Весь последний в жизни писателя 1944 год был полон самого напряженного труда над эпопеей; о ходе его писатель подробно сообщал в письмах к родным и близким. «Заканчиваю вторую (и последнюю) книгу „Пугачева“, — писал Шишков 8 января 1944 года врачу А. В. Пилипенко. — Работаю сейчас над взятием Казани» (Архив Шишкова). «Работаю много и без устали. Стал виден конец „Пугачева“: в Казани мы с ним сейчас, сожгли Казань и вот-вот будем драться с Михельсоном» (письмо к Л. И. Раковскому от 20 января 1944 г. Архив Шишкова). «„Пугачев“ подвигается к концу, скоро выйдет ловить его А. И. Суворов» (письмо ему же от 18 мая 1944 г. Архив Шишкова). «Пугачев идет. С Фатьмой я уже разделался», (письмо Л. Р. Когану от 7 сентября 1944 г, — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 352). «Пугачев уже за Казанью, перебирается на правый берег Волги, спасаясь от правительственных войск» (письмо ему же от 2 ноября 1944 г., там же, стр. 354). «Теперь дело идет к развязке, трагедия самого Пугачева, и народа, и вообще пугачевщины нарастает… Сейчас Пугачев подходит к Саратову. Тема предательства своего вождя со стороны атаманов постепенно нарастает, это должен почувствовать не только читатель, но даже всякий пролетающий над Пугачевым воробей. А в общем второй том разрастается до 60 листов! И нет возможности ничего выбросить без помехи общей картине» (письмо ему же от 2 декабря 1944 г., там же, стр. 357). Понимая невозможность «ничего выбросить без помехи общей картине», не желая «комкать» материал и события, с которыми сроднился за десять лет работы, Шишков в процессе написания второй книги задумывает перенести часть материала в третью книгу. «Решили „Пугачева“ издать в трех томах, а то второй получается чрезмерно пухлый, за 60 листов», — писал он Богословскому в декабре 1944 года (письмо от 13 декабря 1944 г., там же, стр. 359). О том, что «Пугачев во второй том не влез — высунулись руки, ноги, голова», — писал Шишков и Л. Р. Когану в феврале 1945 года: «Решил выпустить повествование в трех томах. Значит, надо было спешно… готовить рукопись к печати — редактура, правка, здесь прибавить, тут убавить» (письмо от 9 февраля 1945 г., там же, стр. 360). Второй том был сдан в издательство в декабре 1944 года. Третий и последний том должен был быть готов весной 1945 года, однако смерть писателя, последовавшая в ночь с 5 на 6 марта, помешала осуществлению этих планов.
В последний раз читатель находит Пугачева в шестой главе второй части третьей книги эпопеи, где Емельяна Ивановича в августе 1774 года встречает посланец приволжского городка Василий Захаров. В седьмой главе имя Пугачева упоминается еше раз, но здесь его образ дан уже опосредствованно через восприятие капитана Галахова, участника «комиссии» по поимке «злодея». Судя по материалам, оставшимся в архиве Шишкова, писатель намеревался нарисовать также встречу уже плененного Пугачева со знаменитым полководцем Суворовым, причем весь смысл этого эпизода заключался в прямом сочувствии вольнолюбивого и прямого Суворова «мужицкому царю». Автор хотел показать и еще одну встречу Пугачева — с графом Паниным, который пощечиной «благодарит» Емельяна, спасшего его в Семилетнюю войну. Особенно широким планом собирался Шишков изобразить самую казнь Пугачева 10 января 1775 года и горе народа, который со смертью своего вождя остается «сиротой», но «с немеркнущей волею к борьбе и победам». «Дать ярко казнь, — читаем мы в „Памятках“ писателя, — затем, постепенно удаляясь, удаляясь, — настроение в народе, в палатах, в канцеляриях, среди знати, духовенства, помещиков, купечества, лабазов, лачуг, крестьянства, горнорабочих, башкирцев… все дальше, дальше. Когда узнают якуты да тунгусы — через полтора года после казни Пугачева, — и как они будут об этом говорить».
«Екатерина въезжает в Москву и, чтоб заглушить темную страницу истории, тешит жителей белокаменной торжественными зрелищами» (Архив Шишкова).
Намеченные эпизоды так и не получили осуществления под пером писателя, однако и без этих заключительных аккордов историческое повествование «Емельян Пугачев» явилось крупнейшим вкладом Шишкова в советскую литературу, оно заняло видное место в ряду лучших произведений исторического жанра.
В 1946 году эпопее «Емельян Пугачев» была присуждена Сталинская премия первой степени, книга эта многократно переиздавалась в нашей стране и за ее пределами; ею, как и мечтал писатель, он достойно завершил свой творческий путь, выполнив свой долг перед народом.