Публикация первой книги «Пугачев» в «Литературном современнике» (1938, №№ 2–8) еще не была завершена, когда в газете «Правда» (1938, 17 июня) появилась статья К. Малахова «По проторенной дорожке Иловайских». Автор статьи называл работу Шишкова «суррогатом подлинно художественного произведения», построенным по рецептуре «пошляка Салиаса на анекдотах». Шишков обвинялся также в квасном патриотизме и шовинизме, которым якобы он учится у реакционного историка Иловайского. Эти же обвинения, рассчитанные на то, чтобы опорочить крупного писателя и его творчество, были повторены К. Малаховым в «Литературной газете» (1938, 26 июля), где рецензент выступил на этот раз под псевдонимом «К. Миронов» со статьей «Об исторических и псевдоисторических романах».
Шишков прекрасно осознавал необоснованность подобной «критики» «Пугачева», облыжность возведенных на него поклепов. «Меня некий критик К. Малахов ошельмовал как идущего в „Емельяне Пугачеве“ по стопам Салиаса. Малахов или знает Салиаса понаслышке, или просто человек бессовестный. Если б он читал Салиаса, он не посмел бы упрекать меня в подражании ему: я, худо ли, хорошо ли, веду свою работу в пределах исторической я художественной правды», — писал Шишков А. И. Суслову вскоре после появления статьи Малахова в «Правде». «Обе статьи (и в „Правде“ и в „Литературной газете“. — В. Б.) несерьезны, смехотворны, безграмотны, но с трескучим апломбом», — утверждал писатель несколько позднее в письме к тому же адресату (письма от 28 июня и 2 августа 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 297, 300). Шишков собирался ответить критику, но не успел этого сделать; к тому же вскоре в передовой «Литературной газеты» появилось сообщение о том, что статьи Малахова несостоятельны и носят клеветнический характер, что, введя в заблуждение редакции газет, он намеренно пытался опорочить патриотический роман Шишкова. Таким образом, произведение это было скоро реабилитировано.
Большую моральную поддержку Шишкову оказало отношение к «Пугачеву» московских писателей, которые во время поездки Вячеслава Яковлевича в Москву в августе 1938 года постарались успокоить его, уверить в ценности его нового труда и в необходимости продолжать работу. «Мой „Пугачев“ взяг под крепкую защиту Правления Союза писателей, — сообщал Шишков из Москвы писателю Г. И. Мирошниченко. — Тон задает, конечно, А. А. Фадеев, заслуженно пользующийся большим влиянием среди писателей. На партконференции одного из московских районов он делал доклад о текущей советской литературе, причем о „Пугачеве“ он выразился с похвалой, отнеся мою работу к разряду достижений» (письмо Г. И. Мирошниченко от 22 августа 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 304). Еще большее значение имело для Шишкова организованное по его настоянию Ленгослитиздатом в декабре 1938 года совещание специалистов-историков во главе с Е. В. Тарле, посвященное разбору и оценке опубликованной первой книги «Емельяна Пугачева». «10 декабря при Госиздате было, по моей просьбе, совещание специалистов-историков, — писал Шишков Н. С. Каржанскому. — Они предварительно ознакомились с моим „Пугачевым“. Был академик Тарле и профессор Предтеченский. Е. В. Тарле заявил, что он прочел работу с интересом, внимательно и никаких исторических ошибок не нашел, все правильно. Пугачев точь-в-точь такой, каким и он его себе представляет» (письмо Н. С. Каржанскому от 28 декабря 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1955, стр. 307).