Ободренный таким положительным отзывом о своем труде, Шишков с новыми силами берется за его продолжение. 1939 год был занят у писателя в основном доработкой и отделкой первой книги «Емельяна Пугачева». Шлифуя и оттачивая уже готовый материал, он учел также некоторые замечания и советы Е. В. Тарле и написал для первой книги несколько новых глав. «…У меня нового для первой книги: „Кунерсдорфский бой“ (без Пугачева), но с Бибиковым, Михельсоном, молодым Суворовым. „Мирная жизнь в Кенигсберге“ — там Пугачев, Болотов, раненый Михельсон и 3) „Взятие Берлина“ — там Пугачев», — писал Шишков Н. С. Каржанскому (письмо от 22 января 1939 г., там же, стр. 312). Помимо названных в письме, писатель добавил в первую книгу главы о заседании Большой комиссии, о Салтычихе, о путешествии Пугачева с Семибратовым на Волгу. По словам Шишкова, первоначальный текст первой книги был сокращен листа на два, а добавлено «против журнального текста» листов семь-восемь. К концу июля 1939 года работа над первым томом была завершена, и автор собирался отправлять его в издательство, однако исключительная требовательность к себе заставляет Шишкова не выпускать новое произведение из рук еще в течение полугода и сдать его в набор лишь в начале 1940 года, «…закончил (только что) первую книгу „Пугачева“, — сообщал писатель А. Н. Толстому в феврале 1940 года. Вспоминая о треволнениях, связанных с публикацией ее в „Литературном современнике“, о совещании историков и отзыве Тарле, Шишков добавлял: „Я еще целый год сидел над „Пугачевым“, значительно дополнил его, кой в чем сократил и лишь после тщательной обработки сдал в Государственное издательство“ (письмо от 14 февраля 1940 г., там же, стр. 320–321).
Завершение первой части эпопеи позволило писателю вплотную заняться работой над второй книгой, которая уже давно занимала его мысли. Он был полон сил, бодрости, больших творческих планов, считал, что после опыта первой книги вторая пойдет значительно быстрее, и времени на нее потребуется вдвое-втрое меньше. „Пугачев“ вступил во вторую книгу, работа идет прекрасно… По началу вижу, что вторая книга будет удачнее первой», — писал он Н. С. Каржанскому 1 марта 1940 года (Архив Шишкова). «Работа идет хорошо, — сообщал он и А. И. Суслову. — Пугачев получается довольно живым: в меру веселый, в меру жестокий, но довольно умный, сообразительный, с большой волей» (письмо от 20 апреля 1940 г. Архив Шишкова). Начавшаяся война, связанные с ней бытовые трудности значительно затормозили эту работу. К тому же писатель считал своим долгом посильно помогать пером всенародной борьбе против фашизма — он писал на оборонные темы, сотрудничал во фронтовой газете «На страже родины», выступал по радио, читал свои произведения у моряков и бойцов Красной Армии. Тем не менее и в эти тяжелые дни Шишков не переставал трудиться над «Емельяном Пугачевым». «Пишет он то пером, то карандашом на клочках бумаги — в зависимости от обстановки, а в более спокойные часы диктует страницы „Пугачева“ Клавдии Михайловне, пишущей на машинке… При особо сильных бомбежках или обстрелах города, спускаясь в бомбоубежище, он брал с собою все свое сокровище — пакет из плотной бумаги с рукописью второй книги „Емельяна Пугачева“» (Вл. Бахметьев, Вячеслав Шишков, изд-во «Советский писатель», М. 1947, стр. 124). К августу 1942 года (в это время Шишков уже переехал с семьей в Москву) у писателя было готово около 28 листов второй книги эпопеи и заключены договоры на ее издание (после завершения) с Гослитиздатом и на публикацию ее в журнале «Октябрь», где «Пугачев» должен был печататься в значительно сокращенном виде (25 авторских листов из предполагаемых 45). Публикация второй книги в журнале «Октябрь» началась с апреля 1943 года и закончилась в декабре 1944 года (№ 4–5, 6–7, 8–9 за 1943 год и № 1–2, 9, 11–12 за 1944 год).
Наряду с этим в 1944 году в изд-ве «Советский писатель» вышла повесть «Прохиндей», состоявшая из тех глав второй части эпопеи, в которых рассказывалась история ловкого ржевского купца Остафия Долгополова.