Уже с середины 30-х годов письма Шишкова позволяют судить, насколько его творческое воображение было занято личностью Пугачева, как волновал его вопрос о принципах построения этого центрального образа эпопеи. Работая еще над первой книгой эпопеи, где образ Пугачева занимает значительно меньшее место, чем в двух последующих, писатель постоянно размышляет о том, «каким был Пугачев, как его показать. Его природные возможности, его политическая и стратегическая одаренность. Он ли руководил Военной коллегией или Военная коллегия руководила им? Были ли у него какие-нибудь идеалы, исторические перспективы или на 75 % все шло самотеком?» (письмо к А. И. Суслову от 2 августа 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 300), «Как показать Пугачева, этого замечательного вождя восставшего народа, еще не знаю, — признавался Шишков в другом письме к тому же адресату в сентябре 1938 года. — Ежели показать его со всеми человеческими слабостями — в свободное время он любил и винишка попить и бабенками увлекался, — боюсь разгневать критику; ежели показать его беспорочным, опять закричат: „Лакировка действительности“». В конце концов писатель принял единственно правильное и возможное решение, при котором образ Пугачева строился с учетом наиболее оригинальных индивидуальных черт этого персонажа, но вместе с тем на основе его социальной сущности, причем, именно черты, которые автор считал определяющими для национального и классового образа Пугачева, выдвигались им на первый план и особенно акцентировались. «Да, он, Емельян Иванович, добропорядочным человеком получается, — писал Шишков Л. Р. Когану в марте 1944 года, когда личность Пугачева приняла на страницах эпопеи уже совершенно определенные и яркие очертания. — Милостью своею подкупал народ, силой воли всех держал в руках, искусством воевать побеждал царицыных генералов» («В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 350).
Параллельно с этими раздумьями, с решением общих творческих вопросов шла и усердная работа по написанию очередных глав произведения. О ходе ее писатель сообщал брату А. Я. Шишкову в конце 1936 года: «Царский период (листов 6–7) у меня закончен от смерти Елизаветы до убиения Петра III. Показан Пугачев молодым 18-летним казаком на Прусской войне (Семилетняя война). Теперь думаю изобразить моровую язву в Москве и бунт (1770–1771), а затем странствия Пугачева и при каких обстоятельствах он объявляет себя Петром III. Возможно, что 1-я часть романа будет закончена набело, для печати, в конце 1937 года (и написана будет начерно 2-я часть)» (письмо от 18 декабря 1937 г., там же, стр. 285). О завершении первой половины первой книги «Емельяна Пугачева» Шишков писал А. И. Новодворовскому в начале марта 1937 года: «…Мы с А. Н. Толстым сидим, работаем: он кончает первую часть романа о защите Царицына („Хлеб“), я закончил вчерне первую половину „Емельяна Пугачева“. Полгода положу на выверку, на консультации с историками-специалистами, и тогда можно будет печатать» (Архив Шишкова), «Выверяя» и отрабатывая очередные главы первой части первой книги, Шишков, по мере готовности, сдавал их в журнал «Литературный современник» и одновременно заканчивал и вторую часть первой книги, которая (а следовательно, и вся первая книга в целом) была готова в основном к началу 1938 года. «13-го (марта. — В, Б.) сдал в журнал 2-ую часть. Страшно много над ней работал, она очень сложна…» — писал Шишков брату (письмо к А. Я. Шишкову от 16 марта 1938 г. — «В. Я. Шишков. Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 288–289). В письме от того же года и числа писатель сообщал А. И. Новодворовскому: «Все превозмог я своим усидчивым трудом, забросил гулянья в парке и все-таки сделал первую книгу „Пугачева“ (1-я и 2-я части — без малого 600 страниц на машинке). Первая-то часть была готова прошлым летом, а вот вторая… штука трудная! Ну, да я сам усложнил себе задачу: в повествование ввел всю литературную того времени „литию“. Литературная „лития“ в романе: Сумароков, Фонвизин в Петербурге, Херасков и его группа — в Москве. И старик Ломоносов показан у меня. Словом, для читателя, желающего ознакомиться с тем временем, книга будет полезная» (Архив Шишкова).