Мнение А. Н. Толстого помогло Шишкову укрепиться в своих намерениях. Трезво оценив свои силы и утвердившись в мысли, что он сможет справиться с задуманным, писатель принимается за подготовительную работу к «Емельяну Пугачеву». Он начал ее с составления подробного списка материалов, с которыми ему предстояло познакомиться. В этот список входило несколько сот названий — от капитальных трудов по истории XVIII века и сборников исторических материалов до журнальных статей и отдельных публикаций. Среди них были. «Осьмнадцатый век» Бартенева, переписка и мемуары Екатерины II, записки Болотова, Фонвизина, Державина, Радищева, Рычкова, Дмитриева, Е. Дашковой, а также более поздние исследования и сборники документов: Н. Дубровин «Пугачев и его сообщники», Я. Грот «Материалы для истории пугачевского движения», сборники «Восстание Пугачева» и «Пугачевщина» (издание Центроархива), труды историков Соловьева, Пыпина, Фирсова, Семевского, Покровского и многое другое. Работа по овладению этим огромным материалом была трудоемкой и серьезной. Сложность ее усугублялась тем, что Шишков не мог ограничиться лишь пассивным усвоением какой-то суммы исторических сведений, но и должен был выработать свое собственное отношение к ним, часто переосмыслить всю концепцию, данную тем или иным историком буржуазно-дворянского лагеря. «Моя задача — показать эпоху с наших советских позиций», — говорил писатель в уже цитированной беседе с корреспондентом «Литературного Ленинграда»; для плодотворного разрешения этой задачи он не раз обращается за консультациями к специалистам историкам по вопросам как общего, так и более частного характера.
В течение 1934 и первой половины 1935 года у Шишкова накапливается уже такой обильный материал, что становится необходимым систематизировать его. С этой целью он сводит все собранные сведения в одну обобщающую схему. Л. Р. Коган вспоминает, что схема эта представляла собой «огромную бумажную простыню из нескольких сложенных листов». На ной «тонким и аккуратным почерком были обозначены все интересовавшие его (Шишкова. — В. Б.) события и лица, связанные с ними. В сводной схеме перечислены были события, связи и люди мира официального петербургского и — мира народного, особенно в местах, где развивалось пугачевское движение, события в Москве, в приволжских и уральских городах. Не были забыты и такие явления, как деятельность Вольно-экономического общества, Большой комиссии и др. Стали выделяться целые гнезда: екатерининских сановников, генералитета, чиновников, ученых, деятелей искусства. С другой стороны — стали группироваться лица, так или иначе связанные с пугачевским движением. Схема была очень наглядна…» (Л. Р. Коган «Из воспоминаний о В. Я. Шишкове» — «В. Я. Шишков, Неопубликованные произведения. Воспоминания о В. Я. Шишкове. Письма», Л. 1956, стр. 208). Помимо схемы, Шишков составил себе «План», приблизительно намечавший развитие сюжета произведения по главам, а также «хронику пугачевского движения», основанную на большом фактическом материале, собранном Дубровиным в книге «Пугачев и его сообщники» (СПб. 1884). Кроме этого, писатель заводит картотеку с тематическими рубриками и ряд записных книжек с заголовками: «Пугачев», «Народная трагедия», «Мысли и замыслы автора», «Крестьянские бунты», «Двор Екатерины Второй», «Казань, раскольники» и др. В этом же 1935 году Шишков делает наброски первых глав (первых по выполнению, а не по ходу событий) будущего произведения и уже в апреле этого года читает эпизоды из завершенных глав по радио. Осенью состоялся ряд радиопередач по готовым главам и тогда же некоторые отрывки из «Емельяна Пугачева» были опубликованы в журнале «Звезда»: «Псковская вотчина» (этюд к роману «Емельян Пугачев») — «Звезда», 1935, № 8; «Емельян Пугачев (Отрывок из третьей части романа)» — «Звезда», 1935, № 9, 11, 12.