Оказалось, что министр и приехавший вместе с ним к Трепову прокурор палаты Лопухин решили, что покушение — акт личной мести, а покушавшаяся просто-напросто любовница Боголюбова. Впоследствии это мнение широко распространилось среди властей предержащих. Наверное, остзейское упрямство не позволило министру отказаться от своего первого, скоропалительного решения передать дело суду присяжных. Отказаться даже тогда, когда из материалов следствия стало ясно, что имеются все признаки политического акта. А может быть, Пален решил, что еще один политический процесс неблагоприятно скажется на состоянии умов и так уже возбужденных подданных империи. Но обе побудительные причины могли свидетельствовать лишь о его недальновидности.
Кони удивляло, что всякие намеки на очевидные политические мотивы устранялись «с настойчивостью, просто странною со стороны министерства, которое еще недавно раздувало политические дела по ничтожным поводам». Он написал потом в своих воспоминаниях о реакции «среднего сословия» на покушение: «В нем были восторженные люди, видевшие в Засулич новую русскую Шарлотту Кордэ, были многие, которые усматривали в ее выстреле протест за поруганное человеческое достоинство — грозный признак пробуждения общественного гнева…»
Но всего этого не видел — или не хотел видеть? — министр юстиции. И, уходя из приемной градоначальника, Кони уже знал, что дело о покушении будет рассматриваться судом присяжных под его председательством.
…На лестнице царила суматоха — проведать раненого приехал Александр II. Он шел «останавливаясь почти на каждой ступеньке и тяжело дыша, с выражением затаенного страдания на лице, которому он старался придать грозный вид, несколько выпучивая глаза, лишенные всякого выражения…».
События развивались стремительно. Дня через три Лопухин сообщил Кони, что следствие не нашло и намека на политику:
— Это дело простое и пойдет с присяжными, которым предстоит отличиться.
У него, как и у Палена, не было и тени сомнения, что присяжные «отличатся» — осудят Засулич. Подлаживаясь под министра, Лопухин даже скрыл от следствия телеграмму одесского прокурора, полученную на следующий день после покушения. В телеграмме сообщалось, что, по агентурным сведениям прокурора, настоящая фамилия «преступницы» Усулич, а не Козлова. Из этого можно было предположить, что одесским революционным кружкам заранее было известно, кто должен стрелять в Трепова. Но телеграмму к следствию не приобщили и никакого расследования о связи «Усулич» с революционерами проведено не было, «…из следствия было тщательно вытравлено все имевшее какой-либо политический оттенок…» Только после суда узнал Анатолий Федорович о телеграмме из Одессы.
В конце февраля следствие закончили, и по решению министра дело назначено было к слушанию на 31 марта.
Какими бы соображениями ни руководствовались Пален и Лопухин, стараясь придать покушению видимость личной мести, а не политического акта, ни у кого не было сомнений в истинном положении дела. Сочувствие к поступку Засулич у простых людей и даже в известной части «общества» вызвали беспокойство у министра. Но было слишком поздно, он уже не решился изъять дело из ведения суда присяжных и передать в особое присутствие. Оставалось одно — нажимать на председателя суда.