Падение Свеаборга не поколебало шведского короля Густава Адольфа; он упорствовал в обороне Финляндии. Облегчая действия своих войск, находившихся в сей области, начал он весною 1809 года производить высадки на финляндские берега. Первый шведский десант из 4000 человек, под начальством генерала Фегезака, отплыл от Аландских островов, вышел на берег при Лемо, в 32-х верстах от Або, и двинулся к сему городу. Навстречу шведам и для обозрения их выступил полковник Водновский с батальоном Либавского полка и одним орудием. Потом на его усиление Буксгевден послал генерала Багговута с отрядом и приказал Коновницыну наспех собрать под свое начальство расположенные в окрестностях Або войска. Повеление было исполнено с необыкновенной быстротою. Русские войска бегом бежали на сборное место. Дав им не более десяти минут необходимого отдыха, Коновницын пошёл на помощь к Багговуту, уже пять часов боровшегося со шведами. Придя на место сражения, он остановил отряд и повёл на битву батальон Невского и батальон Перновского пехотных полков. Прибытие их решило дело. Перновцы кинулись в штыки. Невский батальон усилил стрелков, и неприятель ударил отбой, преследуемый до морского берега. Через две недели, 2-го июля, Коновницын явился на стихии дотоле ему незнакомой – на море. Узнав о приближении шведских галер к финляндскому берегу, немедленно отправился он на нашу флотилию, поставил стрелков на мыс острова Рунсало, не дозволяя неприятелю сделать на нём высадки, и начал руководить действиями наших гребных судов, искусно маневрируя, как на сухом пути. Два раза шведы старались расстроить наше левое крыло, но были отбиваемы пальбою, производимою на близком расстоянии. Потом они атаковали левый фланг 12-ю канонерскими лодками и осадили его. В то же время одна галера и несколько транспортных судов подошли к острову Рунсало, намереваясь высадить десант, но канонада нашего правого фланга, подавшегося вперед, и засаженные Коновницыным на мысе стрелки не допустили неприятеля до берега. Шведы открыли огонь против обоих наших флангов, заставили отходить их и обратили на наш центр шесть галер и четыре канонерские лодки. Коновницын велел атаковать передовую шведскую галеру пятью лодками; она была подбита и уведена на буксире из-под наших выстрелов; то же случилось с другою галерою и несколькими ялами, и канонерскими лодками. Наступила ночь. Но неприятель не прерывал пальбы и пошёл на нас с ужасным криком. Коновницын двинул вперёд свои суда. С восклицанием «ура» наши начали грести изо всех сил, и открыли картечный огонь. Не ожидая подобной встречи, шведы расстроились, отступили и скрылись за острова. Коновницын преследовал их почти на версту. Он доносил, что ни одно из наших поврежденных судов не оставляло линии. Исправляя на месте, что было нужно, они снова открывали огонь. До конца жизни своей, с особенным удовольствием говаривал Коновницын о своём единственном морском сражении.
20-июля Коновницын вместе с графом Буксгевденом был зрителем другого морского боя, у острова Сандо, и действовал батареями по шведской флотилии. По окончании сражения шведы сделали нечаянную вылазку на Кимито и устремились на мызу Вестанкер, где главнокомандующий со своим штабом обедал, вовсе не помышляя о близости неприятеля. Когда открыли шведов, у нас произошла общая тревога. Коновницын, вместе с Тучковым повёл на неприятеля стоявшие вблизи войска и обратил шведов на суда, причём подпоручик артиллерии Глухов зажёг брандскугелями и принудил сдаться одно неприятельское судно с 90 человеками и 6-ю орудиями. Наградою Коновницину за дела сии был Георгиевский крест 3-го класса. Коновницын не участвовал после того в сражениях со шведами и финнами, по-прежнему оставаясь при графе Буксгевдене, по увольнении коего от звания главнокомандующего финляндскою армиею, был назначен командиром 3-ей пехотной дивизии и шефом Черниговского мушкетерского полка. Во время Финляндской войны Коновницын вел подробный журнал военных действий, к сожалению, ныне утраченный.