По прибытии Коновницына в армию военных действий не происходило. Вскоре умер Потёмкин, и был заключен Ясский мир. Но пребывание в главной квартире Потёмкина Коновницын почитал для себя весьма важным, имея здесь случаи познакомиться со многими отличными того времени генералами и дипломатами. Особенно к нему был благосклонен Кутузов, впоследствии князь Смоленский. Во всю свою жизнь благоговейно вспоминал Коновницын о беседах, коими в Яссах удостаивал его Кутузов.
После подписания с турками мира Коновницын перешёл в армию, которая должна была действовать в Польше, и был назначен командиром Старооскольского мушкетерского полка. Первым отличием его в Польше было обезоруживание Польского Ланцкоронского полка при Баре, за что он был награжден чином полковника. Потом он отличился в делах под Хельмом и считал себя счастливейшим из смертных, получив за сии сражения орден св. Георгия 4-го класса.
По восшествии на престол Императора Павла, Коновницын был произведён 17-го сентября в генерал-майоры и назначен шефом Киевского Гренадерского полка, а в следующем году, 12-го марта, шефом Углицкого, некоторое время носившего название Мушкетерского Коновницына полка. В том же году, 2-го ноября, был отставлен от службы и поселился в небольшом своем имении Кярово, в Гдовском уезде, Петербургской губернии. Здесь в совершенном уединении Коновницын провёл семь лет, посвятив их учению; прочитал множество книг по всем отраслям знаний, переводил, делал записки, рисовал военные чертежи, излагал мысли свои на бумаге. «Имевши случай в начале 1813 года провести с Коновницыным в селе Кярове неделю, мы все, бывшие там, видели плоды многоразличных трудов во время восьмилетнего его там пребывания» (Так сообщает генерал-майор Михайловский-Данилевский, современник графа Петра Петровича Коновницына, впоследствии написавший историю Отечественной войны и свои воспоминания о героях этой войны). Он так сроднился с сельскою жизнью, что уже почитал свое военное поприще оконченным. Внезапно дошёл до него манифест Императора Александра I, обнародованный 30-ноября 1806 года о составлении временного земского войска. Коновницын не мог быть чуждым общей радости: возбуждённый воззванием Монарха, явился он в столицу и, по желанию петербургского дворянства, принял начальство над земским войском Петербургской губернии, вскоре образовал его и отправил в армию несколько батальонов, храбро действовавших в войне с Наполеоном. За неутомимые труды при сборе милиционных стрелков и формировании четырёх батальонов подвижной милиции, как сказано в данном Коновницыну Высочайшем рескрипте, награжден он был орденом св. Анны 1-го класса. Когда милиция была распущена, Император Александр I пожаловал ему 3000 десятин земли и изъявил желание, чтобы Коновницын поступил в действительную службу. Он повиновался Монаршей воле и приказом 25-го ноября назначен был в свиту Императора по Квартирмейстерской части. С тех пор началось особенное благоволение, коим Император Александр до конца жизни удостаивал Коновницына. Во время приготовлений к Шведской войне 1807 года, Император неоднократно призывал к себе Коновницына, лично удостоверялся в его обширных, основательных сведениях по различным отраслям военного управления и назначил его 20-го января 1808 года дежурным генералом армии, долженствовавшим, под начальством графа Буксгевдена, занять Шведскую Финляндию. Звание дежурного генерала было тогда чрезвычайно важным, составляя средоточие всех частей армейского управления: артиллерийского, инженерного, строевого, комиссариатского, провиантского и генерального штаба. В сем многотрудном звании Коновницын вполне оправдал выбор Императора Александра, являясь самым ревностным сотрудником графа Буксгевдена. Русские войска вступили 9-го февраля 1808 года в Шведскую Финляндию и, действуя в лютую стужу, ни в чем не нуждались. Попечениями Коновницына везде находили они продовольствие, теплую одежду, снаряды, а больные – всяческое призрение в спокойных госпиталях. Коновницын непосредственно участвовал в военных действиях при покорении 6-го марта крепости Свеаборга. Не только днем, но и по ночам являлся Коновницын на батареях, управляя действием их. Когда начались переговоры со Свеаборгским гарнизоном, веденные генералом Сухтеленом, Коновницын ежедневно бывал приглашаем на совещание сим знаменитым мужем, коему принадлежит главнейшее участие в покорении Свеаборга, называвшегося Северным Гибралтаром. Получив ключи от Свартгольма и Свеаборга, Император Александр наградил Коновницына чином генерал-лейтенанта и табакеркой с алмазами и вензелевым именем Его Величества.