Между тем неожиданно начался второй этап франко-португальских переговоров, спровоцированный захватом французами под командованием Фабиена де Монлюка португальского острова Мадейры в Атлантике в 1566 г. Моряки, зная, что Франция не признавала договор о разделе Нового Света между Испанией и Португалией, грабили остров в течение нескольких месяцев. В Париж в этой связи срочно был отправлен многоопытный дипломат Жуан Перейра Дантас, уже бывший послом во Франции в 1559–1560 гг., которому Екатерина Медичи цинично заявила, что Франция готова рассмотреть вопрос о некотором возмещении ущерба, если Маргарита де Валуа станет португальской королевой. 16 и 17 февраля 1567 г. датированы ответы на это условие короля Себастьяна, Екатерины Австрийской и кардинала Энрике, адресованные Екатерине Медичи и Карлу IX. Французский двор попытался, правда, не очень благовидным способом, заставить португальскую королевскую семью действительно приступить к переговорам о женитьбе. Во всех трёх письмах сообщалось, что посол Перейра Дантас известит о решении в отношении брака, который «будет служить укреплению дружбы между двумя странами». Несмотря на заверения португальцев в симпатиях к Франции, навязывание брака их королю в очередной раз и уже едва ли не силой вызвало негативную общественную реакцию. Немедленное вмешательство в дело Филиппа II, совпавшее с началом второй гугенотской войны во Франции, обеспечило спешный отзыв посла из Парижа, что завершило очередную фазу брачных переговоров.
В октябре 1568 г. умерла старшая сестра Маргариты королева Испании Елизавета де Валуа, и Екатерина Медичи спешно отправляет в Мадрид кардинала де Гиза с предложением Филиппу II руки своей младшей дочери. Трудно сказать, на что в действительности рассчитывала королева-мать, ведь в последние годы испанский король вёл себя в отношении Франции и её королевского дома всё более бесцеремонно. Но, видимо, браком с Маргаритой она пыталась обеспечить, хотя бы на время, продолжение политики военного невмешательства Испании в дела Франции, так как ослабление последней в результате внутренних потрясений было очевидно. Филипп II ответил, что намерен жениться на своей австрийской родственнице, однако не будет против брака Маргариты и Себастьяна. Давая такой ответ, испанский король в очередной раз вселял во французов надежды, которые невозможно было осуществить, о чём он наверняка хорошо знал. Король Себастьян, достигший к тому моменту совершеннолетия, продолжал находиться под огромным влиянием своих испанских родственников — бабки и матери, а также иезуитского окружения, которые уже были наслышаны о Маргарите и не желали терять своего влияния на короля. Португальский монарх сообщил Филиппу II, что пока он не намерен жениться.
Планам Екатерины Медичи не суждено было осуществиться ещё и в связи с поведением самой Маргариты: весной 1570 г. французский двор заговорил о её близости с герцогом Генрихом де Гизом, блестящим кавалером, будущим главой Католической Лиги и претендентом на трон. Хотя Маргарита в своих мемуарах отрицает всякую связь с герцогом и Гизами вообще, её тщательно продуманное объяснение, похожее на оправдание, можно подвергнуть сомнению: