Патриархом Иерусалимским тогда был Жак Панталеон, сын башмачника из Труа. Он получил назначение в декабре 1255 года и успел добраться до Акры только летом 1260-го, когда уже разразилась междоусобица. Незадолго до того он прекрасно проявил себя, решая вопросы с язычниками на Балтике, но ситуация в Утремере оказалась выше его понимания. Он справедливо поддержал королеву Плезанс и обратился к папе с просьбой принять меры в Италии. Папа Александр IV вызвал к себе в Витербо делегатов от всех трех республик и приказал немедленно сложить оружие. Два венецианских и два пизанских уполномоченных должны были отправиться в Сирию на генуэзском корабле, а два генуэзских — на венецианском, и ожидалось, что все кончится миром. Посланцы тронулись в путь в июле 1258 года, но еще по дороге узнали, что опоздали. Республика Генуя уже выслала флот с адмиралом Россо делла Туркой, который прибыл в Тир в июне, и там к нему присоединились генуэзские левантийские флотилии. 23 июня соединенный флот примерно из сорока девяти галер вышел из Тира, а войска Филиппа де Монфора двинулись по берегу. Венецианцы и их пизанские союзники имели около тридцати восьми галер под командованием Тьеполо. Решающее сражение состоялось у Акры 24 июня. Тьеполо проявил себя лучшим тактиком. В ходе свирепой битвы генуэзцы потеряли двадцать четыре корабля и 1700 человек и ретировались в беспорядке. Только внезапно налетевший с юга ветер позволил уцелевшим благополучно вернуться в Тир. Тем временем акрское ополчение остановило наступление Филиппа, и генуэзский квартал в городе был взят. В итоге после своего поражения генуэзцы решили вообще уйти из Акры и сделать своим главным городом Тир.
В апреле 1259 года папа послал на Восток легата Томмазо Аньи из Лентино, титулярного епископа Вифлеемского, приказав ему положить конец распрям. Примерно в то же время умер бальи Жан Арсуфский, и королева Плезанс снова явилась в Акру и 1 мая назначила бальи Жоффруа де Саржина. Это был уважаемый человек, чья кандидатура вызывала меньше споров, и он вместе с легатом взялся за труд по заключению перемирия. В январе 1261 года Высокий суд на заседании, где присутствовали делегаты итальянских колоний, выработал соглашение. Генуэзцы обоснуются в Тире, а венецианцы и пизанцы будут жить в Акре; и враждующие дворяне и военные ордена официально примирились друг с другом. Но итальянцы не считали этот договор окончательным. Вскоре между ними вновь разгорелась война и продолжала наносить ущерб всей коммерции и перевозкам в районе сирийского побережья.
Она приносила вред и франкам Востока, находившимся далеко за пределами Сирии. Непрочная Латинская империя Константинополя выживала главным образом благодаря помощи итальянцев, которые боялись потерять свои торговые концессии. Венеция, владевшая собственностью в самом Константинополе и на Эгейских островах, была особенно заинтересована в ее сохранении. Поэтому Генуя активно поддержала Михаила Палеолога, энергичного греческого императора в Никее. Михаил уже заложил фундамент для возрождения Византии на Пелопоннесе в 1259 году своей великой победой при македонской Пелагонии, где Гийом де Вилардуэн, князь Ахейский, попал в плен со всеми его баронами и вынужден был уступить крепости Майна, Мистра и Монемвасия, которые господствовали над восточной половиной полуострова. В марте 1261 года Михаил подписал договор с генуэзцами, дав им привилегии на всех своих землях, нынешних и будущих. 25 июля при помощи генуэзцев его войска вступили в Константинополь. Латинская Романия, дитя Четвертого похода, окончила свои дни. Христианскому Востоку она не принесла ничего, кроме зла.
Таким образом, итогом раздора, начавшегося из-за древнего монастыря в Акре, стало возвращение Константинополя под власть византийцев и падение Латинской империи. Это стало огромным ударом по престижу латинян и самого папы и триумфом для греков. Но Византия, даже вернув себе столицу, уже не была той экуменической империей, которой была в XII веке. Теперь это было всего лишь одно государство из многих. Кроме еще остающихся латинских княжеств, на Балканах возникли сильные болгарские и сербские царства; а вытеснить тюрок из Анатолии, хотя монголы и подорвали силы сельджукского султаната, не было никакой надежды. Более того, возвращение в прежний дом лишь усугубило проблемы императоров, а не придало им новые силы. Главными выгодоприобретателями оказались генуэзцы. Они проиграли в Сирии, но их альянс с Византией дал им контроль над черноморской торговлей, чей объем и важность возрастали по мере того, как благодаря монгольским завоеваниям развивались караванные пути, ведущие через Центральную Азию.