За лютой зимой последовало знойное лето, и христиане снова пришли в уныние. Пелагий настаивал на активных действиях. После того как крестоносцы 20 июля отразили яростную атаку мусульман на свой лагерь с тяжелыми потерями для обеих сторон, они сосредоточились на обстреле городских стен. Пока это занятие не приносило никакого результата, поскольку греческий огонь, который использовали обороняющиеся, наносил большой ущерб их осадным орудиям, и потушить его нельзя было ни вином, ни кислотой, а в очередной атаке мусульмане едва не уничтожили всю христианскую армию, которую спасло лишь быстрое наступление темноты. Второй штурм стен 6 августа оказался таким же безуспешным.
Неудачи расшевелили рядовых солдат крестоносной армии. Они упрекали своих предводителей в лени и неумелом руководстве. Многие выдающиеся сеньоры погибли, в том числе и графы де Ла Марш и де Бар-сюр-Сен, и Гийом Шартрский, Великий магистр тамплиеров. Другие вернулись в Европу. Леопольд Австрийский оставил армию в мае. Он был самым энергичным из вождей, но он пробыл на Востоке уже два года, и никто не мог упрекнуть его за то, что он решил вернуться домой. Своей доблестью он изгладил дурную репутацию, которую заслужил его отец своими ссорами с Ричардом Львиное Сердце во время Третьего крестового похода. С собой на родину он увез фрагмент Истинного Креста. Но корабли, которые увозили его в Европу, несли на себе и других солдат, чей отъезд казался оставшимся дезертирством.
В конце августа 1219 года, пока король Жан и Пелагий препирались из-за стратегических вопросов: один выступал за более плотную осаду, другой — за атаку на лагерь султана, солдаты решили взять дело в свои руки и 29-го числа беспорядочной толпой ринулись на ряды мусульман. Те сделали вид, что отступают, а затем контратаковали. Пелагий пытался взять командование на себя, но, несмотря на все его увещевания, итальянские полки развернулись и бежали, и вскоре всю армию охватила паника. Только опыт и искусство короля Жана, французских и английских дворян и военных орденов позволили спасти уцелевших и удержать лагерь.
За битвой с печалью и страхом наблюдал находившийся в лагере почетный гость — брат Франциск Ассизский. Он прибыл на Восток, веря, как верили многие другие хорошие и неразумные люди до и после него, что мир можно установить посредством миротворческой миссии. Теперь же он попросил у Пелагия разрешения повидаться с султаном. После некоторых колебаний Пелагий согласился и послал его под флагом перемирия в Фарискур. Мусульманская стража сначала отнеслась к нему подозрительно, но потом решила, что такой простой, кроткий и грязный человек, должно быть, безумец, и отнеслась к нему с тем уважением, с которым подобает относиться к человеку, коего коснулась Божья десница. Его отвели к султану аль-Камилю. Франциск очаровал его, и тот терпеливо выслушал его обращение, но султан был слишком добр и слишком цивилизован, чтобы разрешить Франциску свидетельствовать об истинности своей веры посредством испытания огнем. Кроме того, он не рисковал вызвать ожесточение, к которому привело бы в тот момент публичное обсуждение религиозных вопросов. Франциску предложили множество даров, от которых он отказался, и отправили восвояси с почетным эскортом.
На самом деле для установления мира не требовалось вмешательства святого, ибо и сам аль-Камиль склонялся к нему. В то лето разлив Нила был очень слабым, и Египту угрожал голод. Властям требовались все ресурсы, чтобы срочно ввезти продовольствие из соседних стран. Аль-Муаззам торопился вернуться со своей армией в Сирию, и обоих султанов не радовала деятельность их брата аль-Ашрафа на севере. В Багдаде халиф ан-Насир попал под власть хорезмского шаха Джелал ад-Дина, чей отец Мухаммад уничтожил сельджукские владения в Иране и основал империю, раскинувшуюся от Инда до Тигра. Джелал ад-Дина можно было бы использовать против аль-Ашрафа, но ввиду его известных стремлений было бы опасно излишне подстегивать его. Поэтому аль-Муаззам был готов поддержать аль-Камиля в любых попытках установить мир и дружбу с франками. В некий день в сентябре от султана к христианам явился пленный франк с предложением временного перемирия, намекая на то, что мусульмане, возможно, готовы сдать Иерусалим. Христиане на перемирие согласились, но пока отказались обсуждать дальнейшие условия мира.
Эту передышку обе стороны потратили на восстановление обороны. Многие крестоносцы также сочли его удобной возможностью, чтобы вернуться домой. Некоторые успели уехать еще в начале месяца, а 14 сентября уплыло еще двенадцать кораблей. Потери были восполнены через неделю, когда на десяти генуэзских галерах прибыл со своими войсками французский сеньор Савари Молеонский. Когда аль-Камиль нарушил перемирие и атаковал франков 26-го числа, новоприбывшие успешно повели оборону.