Пока союзники совещались и собирались, турки времени даром не теряли. В середине июня Али-паша неожиданно для всех появился у Крита в надежде перехватить и уничтожить надоедливого Кирини. Однако хитрый венецианец успел к этому времени убраться от острова, и турки остались ни с чем. Раздосадованный Али-паша разорил Крит, затем захватил остров Цериго и зашел на отдых в Наварин. Отдохновившись, Али-паша, вместо того чтобы попытаться уничтожить союзников по частям, предпринимает рейд по Адриатике, разоряя и грабя принадлежавшее Венеции далматинское побережье. Но и здесь не все сладилось. Крепость Корфу оказала бешеное сопротивление. Вдохновленные митрополитом Спиридонием, корфиоты отбили несколько приступов, потопив ядрами три большие галеры и вынудив Али-пашу бесславно отступить. Турецкий флот ушел в Лепанто — небольшой порт в устье Коринфского залива, где чинился и пополнял запасы.
Союзники тем временем все еще собирались до кучи. Благодаря грубейшей ошибке Али-паши и испанцы, и венецианцы, и паписты вскоре беспрепятственно соединились.
Из исторической хроники XVI века: «Отношения между честолюбивым и вспыльчивым главнокомандующим, опыт которого в морском деле был еще очень невелик, и начальниками его эскадр сделались очень недружелюбными, в особенности отношения между ним и престарелым Вениеро. Между испанцами и венецианцами издавна существовала взаимная зависть. Венецианцы нуждались в помощи, но вместе с тем смотрели очень недружелюбно на появление значительных чужеземных морских сил в восточной части Средиземного моря. С другой стороны, советники Дон Жуана были исполнены недоверия к венецианцам, вследствие их ненадежности в политических делах. К тому же венецианские корабли были недостаточно снабжены солдатами и матросами. А когда Дон Жуан приказал назначить 4000 испанских и неаполитанских солдат на венецианские корабли, рассчитывая, таким образом, вероятно, гарантировать исполнение своих приказаний венецианскими кораблями, — то это возбудило величайшее неудовольствие и подало повод к резким ссорам, даже к кровопролитию, и к серьезным разногласиям между начальниками».
О деятельности Дон Жуана в эти дни российский дореволюционный историк лейтенант А. Щеглов пишет так: «Проведя смотр флоту, Дон Жуан приступил к разработке инструкции относительно походного и боевого строя.
В походном строю галеры строились нижеследующим образом: авангард — 7 галер, кордебаталия — 62 галеры, левый фланг — 53 галеры, правый фланг — 50 галер и в арьергарде 30 галер. Весь этот флот в 200 галер строился в боевой порядок в строй фронта и занимал протяжение почти 5 миль, причем промежутки между галерами соблюдались так, чтобы неприятельская галера не могла бы пройти между ними; дистанция же между эскадрами равнялась ширине 4 галер. Позади помещался резерв. Шесть галеасов строились также фронтом впереди линии галер. Для защиты от нападения галер они имели по 100 аркебузов. Каждая эскадра отличалась по цвету вымпелов, синий, зеленый, желтый и белый для резерва; главнокомандующий помещался в центре флота, куда ставились самые сильные лучшие галеры. Во время походного движения дозорные суда авангарда высылались на 20 миль вперед днем и на 8 миль ночью. Арьергард держался в миле от главных сил. Кроме всего этого был назначен начальник тыла, на обязанности которого было оказывать помощь отставшим галерам; обязанности начальника тыла по очереди исполняли командиры арьергарда. Отличием места начальника тыла был особый огонь, поднимавшийся на мачте его галеры. Галеасы составляли отдельный отряд, а нефы были вовсе выведены из состава флота и должны были совершать переход отдельно от флота, дабы не задерживать его передвижений».
Только 16 сентября объединенный христианский флот покинул Мессину и четырьмя эскадрами перешел к острову Корфу. Там на галеры были погружены шесть тысяч солдат. Прибывший на Корфу разведчик из Кефалонии сообщил Дон Жуану, что жители его острова несколько дней назад видели, как турки направлялись к порту Лепанто, при этом они якобы разделились на два отряда.
— Надо успеть уничтожить османов по отдельности! — решил Дон Жуан и велел выходить в море.
Но сразу направиться к Лепанто не получилось. Движение флота сильно замедляли, груженные водой, продовольствием и дровами, тихоходные и неповоротливые транспорты-нефы. Обойтись без них тоже было нельзя, так как галеры не могли брать много припасов. Выгодный момент был упущен. Оставив основные силы, сам Дон Жуан с тремя десятками галер все же проследовал вперед и вскоре бросил якорь на другой стороне пролива у берега Эпира в бухте Гоменице. Под прикрытием аркебузиров свезли на берег людей за фуражом и свежей водой. Гребцы получили небольшую передышку. Вскоре одна из высланных в разведку галер принесла подробности о падении Фамагусты и зверской расправе с комендантом Брагадино. Все негодовали и клялись рассчитаться с турками. Рыцари торжественно давали модный в ту пору обет не умываться и не мыться… пока не убьют десяток врагов.
На совете военачальников Дон Жуан сказал лишь одно слово: