Под начало Юэля был сразу же дан мощнейший корабль датского флота «Сорте Рейтар», что в переводе значит «черный всадник». Такое высокое назначение было неудивительным, ведь в то время в Дании больше не было морских офицеров с таким большим опытом участия в морских боях. Однако на этот раз отличиться Нильсу не удалось. Пока он вооружал своего «Всадника», голландцы сумели договориться со шведами, и инцидент был исчерпан.
Однако отношения Дании с ее извечным врагом Швецией продолжали оставаться натянутыми. Оба королевства желали гегемонии на Балтике, и никто не хотел уступать другому. Датчане объявили, что всякое судно, проходящее Зундом, должно платить пошлину. Шведы, разумеется, презрительно отказались. А потому Юэлю, который к этому времени был уже назначен командующим крейсерской эскадры, надлежало выйти в море и ловить шведских купцов в Зундском проливе. В течение несколько месяцев энергичный Юэль весьма чувствительно пощипал купеческий флот соперника. Король Фредерик не оставил это без внимания, и вскоре Нильс Юэль был назначен адмиралом главной базы датского флота в Хольмене. Согласно табели о рангах, это была по значимости должность в датском флоте. И это всего в 28 лет!
Современники единодушно отмечают, что Нильс Юэль отличался большой добропорядочностью и на редкость спокойным характером, что позволяло ему сохранять прекрасные отношения как с вышестоящими, так и с подчиненными.
Не прошло и полугода, как вновь запахло войной, и опять со шведами. В сентябре того же 1657 года шведская армия попыталась высадиться на остров Зеландия. Датский флот немедленно был послан на перехват. Во главе его стоял престарелый адмирал Хенрик Бельке, что касается Юэля, то он был назначен вице-адмиралом и командующим авангардом. 22 сентября неподалеку от шведского порта Фальстебро противник был настигнут. До подхода эскадры Юэля Бельке не решался атаковать шведов, но когда последний присоединился, решение на генеральное сражение было принято. В течение трех дней оба флота маневрировали и обстреливали друг друга, но до решительного столкновения дело не дошло.
Комментарий историка: «Недостаток единого командования, отсутствие каких бы то ни было тактических приемов свели это сражение лишь к одиночным боям, особенно флагманских кораблей. Об успехе, не говоря уже о победе, одного из врагов не было и речи. Свежая погода помешала и на следующий день добиться результата, флоты разошлись вечером 14 сентября и удалились в Копенгаген и Висмар. Потери обеих сторон не превышали 60 убитых и 100 раненых».
И хотя разгромить шведский флот в том столкновении так и не удалось, однако главная задача была выполнена — высадка шведского десанта сорвана. Датские историки считают этот эпизод классическим примером влияния морской силы на общий ход войны.
Однако и шведы были не лыком шиты. К тому же им внезапно повезло. Зима с 1657 на 1658 год была одна из самых холодных в семнадцатом столетии, а потому почти вся Балтика покрылась льдом. Вот по этому льду без всяких хлопот шведская армия перешла проливы и, к ужасу датчан, как снег на голову объявилась перед воротами Копенгагена. Этот ледовый переход навечно вошел в историю шведской армии как самое дерзкое предприятие. Шведы заваливали сеном трещины во льду и, заливая их быстро застывавшей водой, совершили, казалось бы, невозможное. Спустя два дня король Фредерик капитулировал. После этого шведы было ушли, но затем их король Карл X посчитал, что условия мира слишком мягкие. Он предложил датскому королю Фредерику союз против голландцев, но тот не решился на столь рискованный шаг, тогда шведы во второй раз осадили Копенгаген. Боевые действия возобновились. Во время этой осады столицы Юэль отличился тем, что снял с замерших во льду кораблей команды и во главе их сражался на стенах города. Осада продолжалась, пока не растаял лед. Тогда к Копенгагену смог подойти союзный голландский флот адмирала Вассенара ван Обдама. Датский флот вышел навстречу союзникам. Вступать в драку сразу с двумя противниками шведы не решились и быстро убрались восвояси. В Зунде их все же настигли. Произошел короткий бой, в результате которого убегавшим удалось убежать, а союзникам пришлось повернуть форштевни кораблей к своим берегам. Шведы были весьма довольны результатом боя, в то время как голландцы отдали своего адмирала Обдама под суд за нерешительность. Затем на Балтику прибыла эскадра знаменитого Рюйтера.
— Сынок! Ты уже шаутбенахт! Искренне рад твоим успехам! — такими словами Рюйтер приветствовал Юэля.
Возглавив объединенный датско-голландский флот, Рюйтер провел несколько дерзких десантных экспедиций и захватил шведскую крепость Ниборг. Юэль был счастлив — он воевал под командой обожаемого им учителя.
Спустя год скончался шведский король Карл, и затянувшаяся война закончилась сама собой.