Она скорее могла ненавидеть его, чем опровергать. Несмотря на то что она читала творения св. Августина и Иеронима и не была знакома с сочинениями Лютера и Кальвина, ей все-таки казалось, что между различными исповеданиями христианской религии, в сущности, очень мало разницы. Поэтому она приняла протестантство больше из политических целей, чем из убеждения. В этом она видела средство привлечь к своей партии общественное мнение, придать ей главнейшее значение в государстве и ослабить враждебную ей партию. Она немедленно окружила себя людьми преданными и опытными. Между ними первые места занимали лорд Роберт Дедлей, один из сыновей герцога Нортэмбленда, назначенный ею великим шталмейстером и до самой смерти бывший ее любимцем, и лорд Уильям Сесил, получивший должность государственного секретаря. Умея сохранять привязанность тех, кого она выбрала, она всегда могла положиться на этих людей. Но при этом никогда ни на минуту не подчинялась влиянию своих любимцев. Она постоянно советовалась с ними, но принятие решений предоставляла себе. Свою волю, подчинявшуюся только личным расчетам или политическим интересам, она выказывала иногда немедленно, часто смело, но всегда повелительно — по-королевски. Такова была королева, сделавшаяся опорой религиозных диссидентов и всех недовольных существующим порядком дел в Шотландии. Мария Стюарт, следуя «дурным советам», вызвала своими поступками горячую ненависть Елизаветы.
Число религиозных диссидентов и недовольных в Шотландии беспрестанно увеличивалось, потому что регентша, Мария Лотарингская, выдав свою дочь за дофина, не считала нужным быть снисходительной к протестантской партии и думала, что может безнаказанно пренебрегать высшей аристократией государства. Она управляла при помощи французских солдат, следуя советам Франции, к которой в это время питали в Шотландии такую же ненависть, какую прежде — к Англии. Когда же на престол вступили зять и дочь Марии Лотарингской, она стала действовать еще неосторожнее.
Генрих II умер 10 июля 1559 года от удара копьем, полученного им на турнире, и оставил корону молодому Франциску II, который совершенно подчинился влиянию кардинала Лотарингского и герцога Франсуа де Гиза. Хотя за 3 месяца до этого (2 апреля) был заключен общий мир и хотя Елизавета была признана по этому трактату королевой, однако же Мария Стюарт не оставляла герба Англии, а теперь даже приняла титул королевы Англии и Ирландии. Это дерзкое и тщеславное присвоение титула заставило Елизавету поддерживать в Шотландии членов высшей аристократии и религиозных диссидентов реформатского исповедания, составлявших в Шотландии английскую партию. С этой минуты между местным дворянством и чужеземными войсками, между протестантами и католиками возник важный вопрос о том, кто одержит верх — аристократия или королевская власть, старый или новый порядок вещей. Отсутствие Марии Стюарт и неблагоразумие Марии Лотарингской дали возможность одержать верх аристократии и пресвитерианской церкви, которые приобрели господство в королевстве.
Это началось тогда, когда в управление государством вступил граф Аранский. Привлекаемый личными интересами на сторону Англии, он условился с другими лордами дозволить чтение библии на языке народном и разрешить евангелическим реформаторам и проповедь. Один из этих реформаторов, Джордж Уншарт, возвратившийся в это время из Англии, куда он бежал в предшествовавшее царствование, стал распространять новое учение. Своим учеником он считал знаменитого Нокса, который был незаменим в деле проповедания и утверждения протестантства.
В разгар борьбы с реформатской партией Мария Лотарингская скончалась в 1560 году. Теперь, естественно, влияние французской партии ослабело, и перевес взяла английская партия, стоявшая за союз с Англией. За отсутствием короля и королевы Шотландии управление государственными делами вручено было совету из двенадцати лиц; семь из них назначались королевой, а пять по избранию сословий; парламент также должен был собраться.
Вслед за уничтожением в Шотландии чужеземного господства произошла религиозная революция. Реформаторы во главе с Ноксом потребовали от парламента, чтобы в Шотландии были уничтожены римско-католическая церковь и католическое вероучение о пресуществлении тела Христова в хлебе, чтобы был произнесен осудительный приговор против верования в заслугу дел, в чистилище душ после смерти, паломничество. Словом, парламент должен был уничтожить таинства и обряды католического богослужения и лишить духовенство права заседать и подавать голос в собрании сословий. Парламент в большинстве удовлетворил эти требования; он удовлетворил реформаторов, признав их вероисповедание, удовлетворил и реформатское духовенство, уступив ему часть имущества, принадлежащего католическому духовенству.