Парламент потребовал, однако, от реформатских пасторов разъяснения их веры, которое они и дали. Это исповедание, составленное Ноксом, было почти тождественно с учением Кальвина. Парламент единогласно утвердил его. Победившие протестанты тотчас же выказали нетерпимость и прибегли к насилию. Решениями, следовавшими одно за другим, они отменили католическую церковь и папский суд в королевстве. Они определили суровое наказание для тех, кто станет служить католическую мессу (обедню) или присутствовать при ней, под угрозой в первый раз конфискации имущества, во второй — изгнания, а в третий — смерти. Парламент в отсутствие королевы предоставил соблюдение правосудия и управление государством двадцати четырем выдающимся членам господствующей партии. Одного из них отправили во Францию для представления предполагаемых мер на утверждение Марии Стюарт и Франциска II. Таким образом парламентские акты сделали из Шотландии род протестантской республики, управляемой дворянством и пасторами и находящейся под покровительством Англии. Члены парламента, не стесняясь, говорили: «Королева Елизавета позаботилась о безопасности и свободе Шотландии и потому королевство обязано ей более, чем своей собственной государыне…»
Мария Стюарт и Франциск II, как католики и как государи, не могли одобрить парламентские акты, изменявшие и состояние монархии и народную религию. «Мои подданные ведут себя не так, как прилично подданным. Я — их королева и научу покорности», — воскликнула в гневе Мария Стюарт. Однако вскоре она увидела, что невозможно силой принудить шотландцев к повиновению. Через несколько месяцев после этого неожиданно скончался Франциск 11(1560 г.), король Франции и муж Марии Стюарт. Последняя овдовела на восемнадцатом году жизни. Ее дяди, принцы Лотарингские, потеряли влияние при дворе, когда на престол вступил Карл IX; сама же она сделалась королевой одной Шотландии.
Только теперь она почувствовала, что теряла со смертью мужа. Прежде всего она заметила, что дворянство в Шотландии привыкло к мятежам и захватило власть в свои руки, что ее королевство против ее воли вступило в союз с соседней, прежде недружественной державой, что народ исповедует чужую религию. Обычаи, власть, политика, вера — все ей грозило опасностью. Она предалась глубокой печали и лишь через несколько недель стала принимать иностранных послов, выражавших ей соболезнование и уже делавших ей от различных королей предложения вступить в новый брак. Елизавета послала графа Бедфорда выразить ей сожаление, надеясь, что этим склонит ее подписать парламентские акты о господстве реформаторской религии в Шотландии. Но Мария Стюарт, ответив Елизавете любезным письмом, не подписала актов. Между тем партия католиков предложила ей немедленно вернуться в Шотландию. Через некоторое время Мария Стюарт решила отправиться в Шотландию, скорее не по желанию, а по необходимости. Она страшно боялась этого переезда. 14 августа она села на корабль в Кале. Заливаясь слезами, печально повторяла: «Прощай, Франция!..»
Через 7 дней она благополучно прибыла в Лейтский порт. Ее встретили народ и дворянство, проводившее королеву в замок ее предков, в Эдинбург. Радушие граждан хотя и тронуло ее, но не обрадовало. Она сравнивала бедность и дикость своей страны с пышностью Парижа. Вечером граждане Эдинбурга явились под ее окна, выражая музыкой своих скрипок и пением псалмов радость по случаю ее приезда.
Марии Стюарт пришлось столкнуться с самыми разнообразными затруднениями на шотландском престоле. Ей пришлось вести борьбу с господствующей протестантской партией. Нокс восстал против исповедания ею католической религии. Он, как иудейский пророк в древности, предстал пред ней и напомнил о страшных казнях Божиих за идолопоклонство. Однако королева, напоминая ему об обязанностях подданного и христианина, иронически заметила: «Значит, подданные мои должны повиноваться вам, а не мне; они должны делать то, что им угодно, а не то, что я им приказываю.
Вместо того чтобы быть их королевой, я должна учиться быть их подданною.»
Нокс, отступая, сказал: «Я желаю одного, чтобы государи и подданные повиновались Богу, который повелевает королям и королевам быть отцами и матерями, чтобы питать свою церковь…» Мария ответила: «Не вашу церковь я буду питать, а римскую, которую считаю истинною церковью Божиею…» Нокс обрушился на римскую церковь, но королева, не слушая, немедленно отпустила его. Однако, следуя благоразумным советам графа Джемса и государственного секретаря Летингтона, она объявила в совете, что считает и признает господствующей религией протестантскую, а всякое действие, направленное против нее, будет караться смертью.