Перед репетициями на Лунной магнитной аномалии в Тихо 29 декабря было снято некоторое количество сцен второго плана. (В процессе съемок вторые планы обычно обозначают съемки сцен, при которых физическое присутствие режиссера необязательно, тогда как съемки «основной» группы проходят под его непосредственным руководством.) Бо́льшая часть фильма была снята на 65-миллиметровую пленку, но весь материал, отснятый до Рождества, был снят на стандартную 35-миллиметровую пленку, потом этот материал был виден на разных экранах, вставленных в сидения. Это было сделано, чтобы изобразить телевизионные программы и другой контент. Сцены, созданные до Шеппертона, включают в себя девушку, запрашивающую данные при входе, сцену с дзюдо и молодую парочку, общающуюся в футуристичном концепткаре General Motors. Все три появляются в финальной версии фильма, последняя картинка коротко мелькает на плоском экране, встроенном в сидение, напротив спящего Хейвуда Флойда, когда он летит на космическую станцию в шаттле Pan Am.
Поэтому точнее всего сказать, что съемки «Космической одиссеи» реально начались 17 декабря 1965 со съемок вторых планов на 36-миллиметровую пленку. Тогда уже существовали строки, написанные Кубриком, которые мягко отличают его точку зрения от оптимистического взгляда Кларка на космическую эру. Молодая девушка в кирпично-красной униформе приветствует посетителя космической станции при прохождении «идентификации голоса». Проинструктировав его относительно всех процедур, необходимых, чтобы пройти через ее автоматическую дверь, она продолжает:
«Несмотря на превосходные и продолжающие улучшаться показатели безопасности, существует определенный риск, присущий космическим путешествиям, а также стоит учитывать невероятно дорогостоящую полетную аппаратуру. В связи с этим, Space Carrier необходимо сказать вам, что мне не несем ответственности за возвращение вашего тела на Землю, в случае если вы умрете на Луне или по пути на Луну. Однако мы хотим вас сообщить, что страховка, покрывающая все расходы при непредвиденных обстоятельствах, доступна в главном холле. Спасибо. Вы прошли идентификацию голоса».
Как и многие прописанные в сценарии диалоги, эта речь не войдет в финальную версию.
Технически Шеппертон не был звуковым павильоном, так как там не хватало звукоизоляции, хотя она была настолько большой, что могла поддерживать свою собственную экосистему. Мухи летали туда-сюда на репетиции камер. 1 января Кубрик заметил, что одна из них села на шлем во время одного из дублей, он позвал своего секретаря Памелу Карлтон, и событие было записано в непрерывном ежедневном отчете – документе, который должен помочь убедиться в том, что съемки идут без помех. В другой раз летучая мышь начала носиться между астронавтами и за монолитом. Было понятно, что она ищет лунных мух, ее же поймал сетью заведующий реквизитом. Из-за нее на все утро прекратили съемки, она билась в руках у своих мучителей и нанесла им некоторые травмы, прежде чем ее отнесли на улицу и выпустили на холодный воздух. Хваленая «магнитно-индукционная» система связи, установленная там за большие деньги, должна была обеспечивать двустороннюю связь между Кубриком и его одетыми в космические костюмы актерами. Достойная своего собственного пресс-релиза, она сломалась, как и афишировали.
Несмотря на эти проблемы, съемки этой сцены завершились с опережением графика 2 января. Частично это случилось из-за того, что было вырезано очень много диалогов, это время было передано другой сцене: лунный автобус скользит между лунной базой и раскопками в Тихо. Сценарий с конца ноября содержал беседы между астронавтами у монолита, в них они обсуждали его назначение и также проясняли, что скоро его впервые за четыре миллиона лет коснется солнечный свет. Их спросили о цвете объекта, и один из них ответил: «На первый взгляд, черный может подразумевать что-то связанное с солнечной энергией. Но зачем кому-то намеренно зарывать солнечную батарею?» Это проясняло, почему монолит издал «пронзительно острую серию из пяти радиоэлектронных звуков» в конце сцены, это заставило его посетителей биться в конвульсиях, так как они пытались защитить уши, до которых нельзя было дотянуться в шлемах. Но Кубрик, который уже, очевидно, решил ввести в фильм преднамеренную двойственность, избрал путь изображения своей истории непосредственно через изображение и звук.