О возведении первоначальной каменной крепостной ограды монастыря свидетельствует белокаменная плита с надписью ранее находившейся на так называемых „Святых воротах“, а ныне помещенная в Троицком соборе, справа от северного входа: „
В 1609 г. Ипатьевский монастырь захватил отряд сторонников „тушинского вора“. Ополчение северных городов в течение шести месяцев вело его осаду, которая закончилась полной победой над тушинцами. В 1621 г. частично разрушенная во время осады 1609 г., крепость была вычинена, стены ее надстроены. В 1642 43 гг. с западной стороны к монастырю был прирезан участок почти квадратной формы, который также был обнесен каменной стеной с тремя башнями. Эту часть обители стали называть Новым городом. В эти же годы старые стены вновь были починены и увеличены в высоту. Во время бурных весенних половодий вода реки Костромы подходила с восточной и южной стороны к самым стенам. И поэтому для предохранения монастыря от затоплений еще в 1896 г. здесь была сделана подсыпка грунта с откосами, выложенными булыжником. На насыпи был посажен парк, который уже тогда обнесли невысокой каменной оградой.
На восточном прясле стены, как обычно, по углам поставлены круглые башни, а между ними асимметрично смещенная к северу — надвратная церковь Хрисанфа и Дарьи. Над стеной возвышается жилой, так называемый архиерейский дом. Он многократно перестраивался, последний раз в 1840-60 гг. Реставрация его в 1965-66 гг. выявила границу древних крепостных зубцов, на которых в конце XVII в. был возведен третий этаж здания. Церковь Хрисанфа и Дарьи построена заново на месте церкви XVII в. в 1862 г. по проекту архитектора К. А. Тона в тех русско-византийских формах архитектуры, которые господствовали в церковном строительстве во второй половине XIX в. Угловые башни очень похожи одна на другую. Пояс машикулей с круто поставленным откосом сделан довольно узким, и поэтому зубцы башни, образующие своеобразную корону, кажутся низкими. Обычные зубцы через каждые четыре чередуются с широкими, имеющими каждое круглое отверстие. Возможно, что эти круглые „окна“ были сделаны для пушек, но здесь они воспринимаются как оригинальный декоративный прием. Тесовые и лемеховые кровли башен в середине XIX в. были заменены железными конусообразной формы сухого и жесткого рисунка.
Длинное прясло южной стены слегка выгнуто (илл. 4). Гладкая поверхность ее по горизонтали расчленена поясками цоколя (сам цоколь был закрыт при подсыпке грунта парка) и валиков, проходящих один почти в середине стены, другой — в основании зубцов. Зубцы сделаны разной формы: в одном случае они выполнены в форме „ласточкиных хвостов“, в другом — соединены по два, и боевая щель сделана бойницей. Такую вариацию одних и тех же форм в древнерусской архитектуре можно наблюдать довольно часто. И можно только догадываться, вызывалась ли она необходимостью или зодчий и каменщики искали наилучшего художественного решения непосредственно во время строительства.