В третьем ярусе сверху помещены наиболее драматические эпизоды евангельского мифа — последние дни земной жизни Христа. Южная стена из-за окон, расположенных в этом ярусе, имеет здесь небольшие плоскости. Поэтому художник, если ему не хватало места для размещения сюжета, „заворачивает“ изображения со стены на откос окна.
В композиции „Тайная вечеря“ апостолы красиво распределены вокруг трапезного стола и объединены в группы по двое и по трое. Зритель чувствует, что они беседуют, обсуждают непонятные для них слова учителя. В сюжете „Моление о чаше“ показаны последовательно все события, прошедшие в эту ночь: молитва, сон апостолов, приход солдат, предательский поцелуй Иуды. Картины с изображением представителей властей, на суд которых последовательно приводили Христа, очень помпезны и красочны, художник особенно любовно рисует одежды царей и воинов. Сцены истязаний написаны достаточно реалистично: в одной из них вся спина Христа покрыта каплями крови от плетки, которой с исступлением хлещет его мужчина с сердитым лицом. Цикл заканчивается на северной стене сюжетами: „Шествие на Голгофу„Распятие “Снятие со креста” и „Положение во гроб“.
Четвертый ярус росписей Троицкого собора посвящен рассказу о жизни апостола Павла. Композиции этих сюжетов выдают руку умелого мастера; они построены по оси симметрии, помогающей выделить главное действующее лицо или действие и скомпоновать группы, гармоничные по цветовому решению. Таковы сцены на южной стене, где изображены обряд крещения, встреча апостола с группой людей, припадающих к его ногам. В композиции “Исцеление больной женщины” хорош юноша, склонившийся в изящной и естественной позе. На западной стене представлена история об обращении богатого и развратного Савла в апостола Павла. В смелом и красивом ракурсе написана карета с пологом, запряженная парой лошадей с восседающим на одной из них возницей, и Савлом, беседующим со своим приятелем. Фрески, в которых изображены сражение двух групп воинов с копьями на фоне фантастичного города и сцена побития Павла камнями, написаны в сложных ракурсах, в них чувствуется напряженное движение. Не уступает им в мастерстве и композиция “Чудо в Троаде” (“Исцеление мальчика”), расположенная на северной стене, у входа. Действие происходит в зале с колоннами, между которыми висят светильники (кандила) с кистями. Их ритмическое чередование создает впечатление глубины зала. Группы мужчин и женщин в одеждах, несомненно, бытовавших в конце XVII в., живо передают настроение любопытства и изумления от совершающегося действия.
Нижний ярус стен расписан декоративным орнаментом в виде клеток с крупным цветком гвоздики в каждой. В XVII в. такой рисунок называли “кубами”. Он встречался главным образом на привозных тканях (например, турецком бархате). Богатые люди из материи такого рисунка шили себе одежды; им обивали внутренность парадных возков, седла, делали покрышки для скамеек. Ткань с таким орнаментом создавала запоминающийся декоративный эффект. Это знали живописцы и часто использовали этот мотив для украшения нижней части стены вместо орнаментальных полотенец, обычных в храмах 2-й половины XVII в.
Росписи алтаря, жертвенника и дьяконника не выходят за рамки установленной для этих помещений тематики. В жертвеннике изображены святители, которые представлены стоящими фронтально и неподвижно, кажется, что они поддерживают свод. Каждый персонаж из деисуса, написанного на южной стене, помещен в овал или круг, расцвеченный стеблями с пышными цветами.
На столбах собора помещены святые в рост; в их числе на восточной стороне юго-западного столба, во втором ярусе, цари Михаил Федорович и Алексей Михайлович. Во 2-й половине XVII в. их изображения в фресковых росписях церквей стали очень часты.
Многоярусный деревянный резной позолоченный иконостас в стиле барокко сделан в 1756-58 гг. артелью столяров и резчиков, происходящих из крупного центра этого искусства (из посада Большие Соли, Костромской области), под руководством Петра Золотарева и Макара Быкова. Каждая его часть: колонны, царские врата, вставки в карнизах — заставит подивиться мастерству переплетений орнамента и тонкости его исполнения.
Живопись иконостаса разновременна. Часть икон первого, так называемого местного ряда, иконы деисусного и пророческого рядов относятся к середине XVII в. Поля икон деисусного ряда обиты басмой характерного для XVII в. травчатого рисунка. Праздничный ряд и самый верхний праотцов относятся к XVIII в. Хотя иконы иконостаса написаны в разное время, на протяжении почти ста лет, в целом они составляют единый ансамбль, правда, несколько мрачноватый по краскам сравнительно с фресковой живописью.