В самой обители в посильных масштабах осуществлялись разные виды помощи нуждавшимся. В больнице обители были свои операционная, перевязочная, амбулатория для приема ходячих больных, а также аптека. Больница считалась образцовой по тем временам, там работали и консультировали самые лучшие специалисты. Больные в больнице и амбулатории получали бесплатную помощь, а в аптеке – бесплатные лекарства. Община помогала людям устраиваться на работу. В приют принимали сирот, давали им элементарное образование и профессиональные навыки. Работали библиотека, школа, воскресная школа. Воскресная школа была предназначена для малограмотных и неграмотных бедных женщин и девушек; для них в школе также устраивали чаепития, интересные беседы, хоровое пение. В столовой устраивались бесплатные обеды и раздавалась еда для кормления детей дома. В школах, больнице, амбулатории, аптеке и других службах люди работали в основном на общественных началах, без оплаты труда. Материальной базой общины являлись в основном средства настоятельницы, вклады благотворителей и членов попечительского совета. Сестры во главе с настоятельницей посещали тюрьмы и московские трущобы, помогали обездоленным в разных частях города. Примером во всех делах была настоятельница обители, которая ухаживала за самыми тяжелыми, неизлечимыми больными, была ассистентом на операциях, дежурила по ночам в больничных палатах, спала не больше 3 часов в сутки (ее постелью была простая деревянная кровать без матраца), питалась скромно. Вне стен Марфо-Мариинской обители великая княгиня Елизавета Федоровна устроила дом-больницу для чахоточных женщин (больных туберкулезом). Она заботилась и о детях умерших от туберкулеза женщин. В Москве Елизавету Федоровну еще при жизни почитали как святую.