В половине декабря самозванец был убит в Калуге, и Патриарх властною рукою стал поднимать Русский народ и по областям уже на вооруженную борьбу с поляками. На Рождестве он начал писать грамоты, которые были образцом всех последующих грамот смутного времени. Эти грамоты поднимали мощные волны народного одушевления и самоотверженной готовности на великие жертвы для спасения веры и отечества. Исходя от " первопрестольника Апостольской Церкви и поборателя по истинной христианской православной вере", они придавали народному движению характер прежде всего борьбы за веру, войны священной. В этих грамотах Патриарх выставлял требование польского короля как измену клятвенным обязательствам самих поляков. Поэтому он разрешил Русский народ от присяги, данной королевичу Владиславу. Это давало полнейшее право русским людям гнать клятвопреступных поляков из России. Царя на Руси не было; боярская дума изменила, Патриарх являлся "начальным человеком Земли Русской", и потому он счел себя вправе призвать народ к оружию. В своих грамотах он кликнул клич по областям: " Всем, не мешкая, по зимнему пути, собрався со всеми городы, идти вооруженными ополчениями к Москве на польских и литовских людей". Святитель Божий не останавливался пред мыслию: дело ли Патриарха, служителя Церкви, говоря по-нынешнему - "мешаться в политику", призывать к оружию; пошел по стопам своих великих предшественников, принимавших самое деятельное участие в делах народно-государственных и действовал по заветам Церкви, которая, в лице Преподобного Сергия, вооружила мечами и копьями своих схимонахов и послала их на битву, на Куликово поле... В начале 1 611 года гонцы Патриарха скакали по всем областям. Грамоты Патриарха породили целый ряд подобных грамот; призывные послания городов подклеивались к патриаршим грамотам и вместе с ними пересылались от города до города. Уже в том же 1 611 году они вызвали сбор двух ополчений, во главе которых потом стал князь Пожарский вместе с Мининым. Эти грамоты пробудили народный дух, воскресили надежду на спасение отечества, зажгли ревность к этому святому делу. Движение народное росло с каждым днем. И из-под Смоленска пришла в Москву от наших послов грамота, извещавшая, чтоб не надеялись на то, что королевич будет царем в Москве: поляки выведут из России лучших людей, опустошат ее и завладеют ею. "Ради Бога, - писали эти русские люди, - положите крепкий совет между собою, разошлите списки с нашей грамоты и в Новгород, и в Вологду, и в Нежин, и в другие города, чтобы всею землею сообща встать за православную веру, пока мы свободны, а не в рабстве и не разведены в плен".
Поляки не могли простить Патриарху такого дерзновения. Чтобы отнять у него возможность рассылать грамоты, " у него дьяки, подъячие и всякие дворовые люди пойманы, а двор его весь разграблен". С этого времени его стали держать "как птицу в заклепе". Но это насилие еще больше возбуждало в народе уважение и любовь к Патриарху, еще больше придавало силы его грамотам. Сами москвичи стали писать в другие города: " Вслед за предателями христианства, Михаилом Салтыковым и Феодором Андроновым с товарищами, идут немногие. Святейший же Патриарх прям, как сам пастырь, душу свою полагает за веру христианскую несомненно, а за ним следуют все православные христиане. Будьте с нами обще заодно против врагов наших и ваших. Помяните одно: только коренью основание крепко, то и древо неподвижно. Если коренья не будет, к чему прилепиться? Здесь корень нашего царства, здесь - знамя отечества -образ Божией Матери, заступницы христианской, который Евангелист Лука писал. Здесь великие светильники и хранители Петр, Алексий и Иона чудотворцы. Или вам, православным христианам, то ни во что поставить?.. "
Чрезвычайно сильно и глубоко было действие призывов Патриарха. Чистые, не омраченные смутой и изменой души были всецело на его стороне. Но заговорила совесть и у тех, которые в это смутное время измалодушествовались, проживая в стане самозванцев и дружа с поляками. Особенно поразительный и глубокий переворот произвели грамоты Гермогена в душе Прокопия Ляпунова: из этого человека, дотоле колебавшегося семо и овамо, они сделали верного и твердого исполнителя наставлений Гермогена. В каких только лагерях не перебывал этот человек! Сначала он был в стане Болотникова, откуда явился с повинной к Царю Василию Иоанновичу; затем он перешел на сторону его врагов и, вопреки Патриарху, участвовал в крамоле против Шуйского. Потом передался королевичу и его партии, но сильные слова Патриарха сделали его наконец верным даже до смерти сыном отечества. Он образовал в Рязани стройное ополчение; при вести о насилии над Патриархом он отправил в Москву грамоту в защиту его, и она подействовала на правивших бояр: "С тех мест, - говорит летопись, - Патриарху стало повольнее и дворовых людей ему немногих отдали".