Наконец, по призыву Патриарха, образовалось стотысячное войско из 25 городов и большие отряды казаков. Сидевшие в Москве поляки и их русские приспешники заволновались, а Салтыков в марте 1 611 года опять явился к Патриарху Гермогену и угрожающим тоном сказал ему: "Это ты по городам посылал грамоты; ты приказывал всем собираться да идти на Москву! Отпиши им, чтоб не ходили". Патриарх мужественно ответил: "Если ты, все изменники и поляки выйдете из Москвы вон, я отпишу к своим, чтобы вернулись. Если же вы останетесь, то всех благословляю помереть за православную веру. Вижу ее поругание, вижу разорение святых церквей, слышу в Кремле латынское пение и не могу терпеть". Поляк Гонсевский сам заговорил: "Ты, Гермоген, главный заводчик всего возмущения. Тебе не пройдет это даром. Не думай, что тебя охранит твой
сан".
Но запугать готового на мученичество первосвятителя было нельзя.
Теперь поляки уже ничем не прикрывали своей ненависти к русскому народу. Они стали держать под стражей Патриарха: стали жестоко поступать с московским населением. Поляки пытались обольстить народ, суля ему разные свободы, выхваляя свои порядки, свой сейм, ограничивающий власть государя, но преданные самодержавию русские люди им отвечали: "Вам дорога ваша вольность, а нам - наша неволя. Да ведь и у вас, собственно, не настоящая воля, а своеволие: сильный грабит слабого, может отнять у него имение и жизнь. Искать правосудия по вашим законам долго - ничего не возьмешь; а у нас самый знатный не властен обидеть последнего простолюдина: по первой жалобе Царь творит суд и расправу. Как Бог, карает он и милует". А которые были посмелее, те говорили, чтоб поляки убирались из Москвы подобру-поздорову. "Россия де не такая невеста, чтобы ей не найти жениха получше их Владислава".
Все предвещало приближение страшной грозы. Гроза разразилась на Страстной неделе. Во всех концах Москвы зазвучал набат. Поляки бросились на народ и стали рубить его. Москвичи, вооружившись чем попало; стали защищаться. Поляки, видя, что им не удается взять верх, отступили к Кремлю и подожгли город во всех концах. Летописцы рисуют нам страшную картину этих дней. Пожар длился всю неделю. Во вторник на Святой уже стали подходить главные силы русских ополчений. Они со всех сторон окружили Кремль и Китай-город, где засели поляки. Изменники и поляки снова приступили к Патриарху и заговорили: " Прикажи Ляпунову и товарищам, чтобы они ушли назад: иначе ты умрешь злою смертью".
" Боюсь Единого Живущего на небесах, - отвечал непреклонный первосвятитель, - Вы мне сулите злую смерть, а я надеюсь чрез нее получить венец небесный и давно желаю пострадать за правду".
Тогда они объявили его низвергнутым с патриаршества и передали его кафедру уже давно низложенному приверженцу Лжедимитрия I, греку Игнатию, а самого Гермогена бросили в подземелье Чудова монастыря, куда спускали ему в окно хлеб и воду. "В храмине пусте, яко во гробе, затвориша", - говорит летопись.
Прошло три месяца. Защитники отечества, лишенные духовного вождя, ссорились между собою. Ляпунов был изменнически убит казаками. О Гермогене ничего не было слышно.
Но вот 5 августа 1 611 года в Кремль пробрался некто Родион Мосеев к Патриарху Гермогену. А тот воспользовался этим, чтобы отправить в Нижний свою, уже последнюю, предсмертную грамоту. Она гласила следующее: "Благословение архимандритам, и игуменам, и протопопам, и воеводам, и дьякам, и дворянам, и детям боярским, и всему миру: от Патриарха Гермогена Московского и всея Руси - мир вам и прощение и разрешение. Да писати бы вам из Нижнего в Казань к митрополиту Ефрему, чтобы митрополит писал в полки боярам учительную грамоту, да и казацкому войску, чтобы они стояли крепко в вере, и боярам бы и атаманье говорили бесстрашно, чтобы они отнюдь на царство проклятого Маринкина сына... не брали. Я не благословляю! И на Вологду ко властем пишите ж; также бы писали в полки: да и к Рязанскому владыке пишите тож, чтобы в полки также писал к боярам учительную грамоту, чтоб уняли грабеж, корчму и разврат, и имели бы чистоту душевную и братство, и промышляли бы, как реклись, души свои положити за Пречистыя дом, и за чудотворцев, и за веру, так бы и совершили; да и во все города пишите, чтобы из городов писали в полки к боярам и атаманье, что отнюдь Маринкин сын не надобен: проклят от святого собора и от нас. Да те бы вам грамоты городов собрати к себе в Нижний Новгород да пересылати в полки к боярам и атаманье; а прислати же прежних, коих есте прислали ко мне с советными челобитными, -свияженина Родиона Мосеева да Романа Пахомова, - а им бы в полках говорити бесстрашно, что проклятый отнюдь не надобен; а хотя буде постраждете, и вас в том Бог простит и разрешит в сем веце и в будущем; а в городы для грамот посылати их же, а велети им говорити моим словом. А вам всем от нас благословение и разрешение в сем веце и в будущем, что стоите за веру неподвижно: а я должен за вас Бога молити".