Однако преградой дальнейшему расцвету университета стала устаревшая, схоластическая система обучения. Серьезными конкурентами стали и монастырские школы иезуитов. Поэтому XVII- XVIII века оказались периодом снижения уровня подготовки в университете и его постепенного упадка. Лишь приезд в 1777 году в Краков крупнейшего польского просветителя Гуго Коллонтая выв©дит университет из сонного оцепенения. Коллонтай провел в университете серию реформ: ввел новую программу обучения, обратил особое внимание на естественные науки и физику, заставил читать лекции не на латинском языке, а на польском, сменил устав, изгнал несколько профессоров – словом, способствовал второму рождению университета.
Ансамбль зданий Ягеллонского университета
Collegium Maius. Восточный фасад с готическими фронтонами
Разделы Польши стали существенным тормозом дальнейшего расцвета университета. Не говоря уж о трудностях, вставших перед учеными, университет во время раздела 1795 года лишается всего своего имущества – восьми миллионов злотых. И все же профессора и студенты университета, сознавая свою особую, патриотическую роль (университету были дарованы некоторые привилегии), стремятся не уронить его чести. Даже после присоединения Кракова к Австрии в 1846 году Ягеллонский университет стойко сохранял преподавание на польском языке.
На протяжении XIX столетия университет постепенно разрастается: в 1815 году он насчитывает сто пятьдесят три студента, в 1862 – четыреста пятьдесят шесть, а в 1900 – уже тысячу двести пятьдесят пять. В этот период, когда профессорами университета становятся такие выдающиеся ученые, как врач Юзеф Дитль, как историк Юзеф Шуйский, как физик Кароль Ольшевский и многие другие крупные исследователи в области физики, химии, биологии, философии и истории, Ягеллонский университет становится ведущим среди польских университетов. И не случайно именно в Кракове и именно на базе Ягеллонского университета в 1873 году создается Польская Академия наук.
В период между двумя мировыми войнами университету пришлось вести жестокую борьбу за независимость с правительством буржуазной Польши. Но самые черные дни наступили в годы гитлеровской оккупации, когда фашисты начали систематически истреблять завоевания польской науки и культуры. Сразу после вступления немцев в Краков, 6 ноября 1939 года, гитлеровцы собрали в новом здании университета, Collegium Novum, профессоров, доцентов и ассистентов – всего сто восемьдесят три человека – под предлогом ознакомления с новой программой. Собравшихся ученых гитлеровцы, предварительно зверски избив, арестовали и отправили в концлагерь в Заксенхаузен под Берлином. Лишь немногим удалось пережить эти страшные годы – остальные погибли. Уничтожив весь цвет краковской научной интеллигенции, гитлеровцы со свойственной им методичностью принялись за разрушение научных лабораторий, институтов, библиотек, собраний. Наиболее ценные материалы и аппаратура были вывезены в Германию. И все же немцам не удалось сломить вольнолюбивый дух краковских профессоров и студентов – «жаков», как их по традиции продолжают называть по сей день. Оставшиеся на свободе ученые организуют подпольные лаборатории, продолжают научно-исследовательскую работу. Во главе подпольного университета встал крупный ботаник профессор Владислав Шафер. В работе университета в эти годы принимали участие сто тридцать шесть ученых разных специальностей, под руководством которых обучалось восемьсот студентов.
После окончания войны народная Польша предоставила университету все условия для дальнейшего плодотворного труда и развития. Некоторые факультеты, в том числе медицинский и сельскохозяйственный, были преобразованы в самостоятельные институты, независимые от университета, хотя и связанные с ним традициями. Зато в самом университете увеличилось число кафедр, расширились остальные факультеты. В 1959-1964 годах на аллее Трех Поэтов были построены огромные здания, оборудованные новейшей аппаратурой, для занятий студентов факультетов физики, химии, математики и биологии. Здесь же было построено здание гуманитарного факультета. Расширена и знаменитая Ягеллонская библиотека, обладающая самым обширным книгохранилищем в Польше. Под Краковом на территории бывшего форта сооружена Обсерватория имени Коперника. Новые помещения и оборудование получил Ботанический сад университета, основанный еще в XVIII веке Гуго Коллонтаем. И, разумеется, продолжает работу университетская типография – старейшая типография Польши.
Collegium Maius. Внутренний двор с аркадной галереей. XV в.