По мере освоения советским военным контингентом отведенных ему территорий в Прибалтике, всё острее проявлялась необходимость принятия специальных мер, направленных на обеспечение создания там соответствующей военной инфраструктуры. Во исполнение постановления Комитета обороны при СНК СССР № 90сс по вопросу о базе Палдиски от 25 февраля 1940 г.[1064]
, нарком ВМФ Кузнецов 27 февраля 1940 г. издал приказ № 0049, в котором были определены задачи для флота, направленные на выполнение данного постановления. В соответствии с постановлением Комитета обороны, был утвержден титульный список строительства военно-морской базы в Палдиски на 1940-й год на сумму 120 млн рублей. Наркоматы строительства и ВМФ должны были осуществлять постройку военно-морской базы в Палдиски специально созданными для этого строительными батальонами и вольнонаемными рабочими, инженерно-теническими работниками и служащими, набираемыми в СССР.Наркомат ВМФ был обязан, сверх установленной штатной численности для флота на 1940-й год, сформировать и передать Наркомату строительства СССР 6 строительных батальонов, численностью по 1200 человек каждый в следующие сроки: к 1 апреля 1940 г. – 1 батальон, к 1 мая 1940 г. – 2 батальона, к 1 июня – 3 батальона. Наркомат обороны СССР был обязан призвать необходимое количество призывников для формирования названных батальонов[1065]
.Вопросы оборонного строительства обсуждались в ходе беседы наркома иностранных дел В.М. Молотова с послом Эстонии в СССР А. Реем 4 марта 1940 г. В частности, советским наркомом был поднят вопрос о дополнительном вводе в Эстонию советских инженерно-строительных батальонов. В результате данных переговоров, 7 марта Правительство Эстонской республики сообщило СССР, что разрешает ввести в Эстонию для строительства военно-морской базы в Палдиски 9 батальонов военизированных рабочих по 1200 человек в каждом, а также согласно пропустить на военно-морское строительство 5000 рабочих для специальных работ, 1200 человек инженерно-технического персонала, разрешить организацию в Таллине строительного управления и оказать помощь торговому представительству по найму необходимых для этой цели помещений.
7 апреля 1940 г. состоялась очередная встреча наркома по иностранным делам В.М. Молотова с эстонским посланников А. Реем, во время которой нарком указал на задержку разрешения ряда практических вопросов по реализации соглашений: задержка отвода земельных участков под строительство оборонных объектов на островах Сааремаа и Хийуумаа, строительство в Гапсале и некоторых других пунктах; споры о контингенте советских войск в Эстонии; вопрос об Оденсхольме и другие. По предложению советской стороны, для быстрейшего разрешения всех вопросов по реализации Пакта, было решено направить уполномоченного эстонского правительства генерал-майора А. Траксмаа. 15 апреля начались переговоры с посланником Эстонии в СССР Реем и генералом Траксмаа. Эстонская сторона отмечала, что
28 апреля 1940 г. состоялась встреча наркома иностранных дел В.М. Молотова с посланником Эстонии А. Реем и генерал-майором А. Траксмаа. В ходе встречи эстонской стороной было отмечено, что в переговорах с советскими военными достигнуто соглашение по ряду пунктов о дислокации советских гарнизонов в Эстонии. 11 мая А. Рей вместе с генералом А. Траксмаа были приглашены Молотовым для урегулирования разногласий по вопросам отвода земельных участков для размещения военных сил СССР в Эстонии[1067]
. Наконец, 15 мая Правительство СССР и Правительство Эстонской республики подписали в Москве соглашение об отводе земельных участков под строительство советских военно-морских баз, военных городков, базовых и оперативно-учебных аэродромов, для установки береговых батарей и по другим вопросам, связанным с нахождением частей РККА и РККФ в Эстонии[1068]. К данному соглашению был приложен «Перечень земельных участков на территории Эстонской республики, предоставляемых для нужд Советских Вооруженных сил» (всего 42 участка земли общей площадью более 30 тыс. гектаров), где были обозначены районы отвода и сроки передачи участков советскому командованию армии и флота[1069].