Наибольшие реорганизации в период лета-осени 1940 г. испытала Береговая оборона КБФ. 9 сентября 1940 г. Военный совет КБФ представил наркому ВМФ Н. Г. Кузнецову доклад, где сформулировал свои предложения по поводу дальнейшей стратегии развития береговой обороны флота. По мнению совета, создание передового оборонительного рубежа в устье Финского залива на линии полуостров Ханко – остров Осмуссаар (Оденсхольм) и укрепление островов Эзель и Даго в основном решит задачу обороны восточной части Финского залива, поэтому дальнейшее содержание БО Кронштадтской базы в прежнем составе представлялось нецелесообразным. Поэтому Военный совет КБФ ходатайствовал перед наркомом ВМФ о реорганизации БО Кронштадтской военно-морской базы
В качестве окончательного итога, командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц в своем приказе № 00134 от 10 сентября 1940 г. объявил новый состав БО в Прибалтике. Было сформировано Управление Береговой обороны Главной базы (БО ГБ) КБФ. В состав БО ГБ вошли 94-й отдельный береговой артиллерийский дивизион с дислокацией на острове Аэгна (Вульф) и 96-й отдельный береговой артиллерийский дивизион с дислокацией на острове Найссаар (Нарген). Кроме того, в состав БО ГБ КБФ был введен ранее сформированный 34-й отдельный береговой артиллерийский дивизион, с включением в его состав 11-й и 12-й отдельных железнодорожных артиллерийских батарей, расположенных в районе Палдиски, и с расформированием управления 1-го отдельного железнодорожного артдивизиона[1151]
.1 октября 1940 г. командующим КБФ В. Ф. Трибуцем был подписан приказ № 00147, где был объявлен состав Береговой обороны Балтийского района (БОБР). В её состав вошли артиллерийские и другие войсковые части, расположенные на островах Осмуссаар (Оденсхольм), Хийуумаа (Даго) и Сааремаа (Эзель). БОБР включала в себя два сектора Береговой обороны – Северный и Южный. В состав Северного сектора включались следующие батареи и воинские части, расположенные на островах Осмуссаар и Хийуумаа: управление сектора БО в Кердля, четырехорудийная 180-мм башенная батарея J\o 315 с дислокацией на полуострове Симпернес, четырехорудийная 180-мм башенная батарея № 314 на острове Осмуссаар, трехорудийная 152-мм батарея № 12 на мысе Серошс, четырехорудийная 130-мм батарея № 26 на полуострове Симпернес, четырехорудийная 130-мм батарея № 42 на полуострове Дагерорт, четырехорудийная 130-мм батарея № 44 на мысе Тоффри и четырехорудийная 100-мм батарея № 149 на мысе Палли[1152]
.В состав Южного сектора БОБР были включены следующие войсковые части и береговые батареи, расположенные на острове Сааремаа: управление БО Балтийского района с дислокацией в Курессааре, 3-ю отдельная стрелковая бригада, 4-я отдельная рота связи в Курессааре, 10-я отдельная саперная рота в Курессааре, четырехорудийная 180-мм башенная батарея № 316 на полуострове Сворбе, четырехорудийная 180-мм башенная батарея № 317 в Ниннасте, четырехорудийную 130-мм батарею № 24 в Кихельконде, четырехорудийную 130-мм батарею № 25 на полуострове Хундсорт, четырехорудийную 130-мм батарею № 43 в Кюбассааре[1153]
.Тем временем, командование Краснознаменным Балтийским флотом пыталось расширить уже имевшуюся систему базирования флота. 18 сентября 1940 г. начальник Штаба КБФ контр-адмирал Ю. А. Пантелеев направил начальнику ГМШ адмиралу Л. М. Галлеру рапорт, где изложил своё мнение о дальнейших путях развития системы базирования. Предложения Пантелеева базировались на оперативной оценке театра и произведенной рекогносцировке. В первую очередь, речь шла о создании маневренных баз для торпедных катеров. Для нужд кратковременного базирования торпедных катеров (из расчета 6–7 суток) необходимы были следующие пункты в Прибалтике: для операций в средней части Финского залива – маневренные базы Харалахт и Сууркуля; для обороны устья Финского залива – маневренные базы Палдиски, Лехтмаа, Суурсаадам; для обороны северной части Балтийского моря и подходов к Мухувэйн, Соэловэйн – маневренные базы Рохукюля, Орьяки, Тринги, Иагераху, Кюдемалахт; для обороны Ирбенского пролива и для действий в средней части Балтийского моря – маневренные базы в порту Вентспилс и в гаванях Монти, Ромассар, Мереракс и Даугавгрива. Для нужд длительного базирования сил флота Ю. А. Пантелеев предлагал бухты Харалахт (гавань Локса), гавань Даугавгрива, порт Вентпилс, гавань Рохукюля (Рогекюль)[1154]
.