Полк целый месяц вел бои на крымской земле под Акимовкой, Ново-Алексеевкой, Джанкоем, Феодосией, Керчью. Но силы оказались неравными, и к концу апреля 1918 года германцы захватили весь полуостров. Бойцы Федько на судах ушли из Крыма на Кубань, в азовский порт город Ейск.
На новом месте 1-й Черноморский революционный полк поступил в подчинение командующего Северо-Кавказской Красной армией К.И. Калнина. Федько, получив помощь от отрядов самообороны казачьей бедноты, выбил белых из станицы Михайловской и окрестных хуторов. Были захвачены большие склады с пшеницей, и Федько отправил голодающей Москве шесть железнодорожных эшелонов с хлебом и четыре эшелона с живым скотом.
Гражданская война на Кубани начиналась с размахом. Энергичный и решительный Федько назначается командующим 3-й колонной войск красных войск Северного Кавказа. Колонна состояла из четырех пехотных полков и конного отряда Д.П. Жлобы. Бои с белыми добровольцами генералов Деникина и Алексеева шли вдоль железной дороги Царицын – Тихорецкая, уже вдали от морского берега.
Особенно яростными и кровопрлитными стали трехдневные бои близ станицы Песчанокопской и села Белая Глина, которые переходили из рук в руки. Иван Федько находился в первых атакующих цепях красноармецев. Писатель Алексей Толстой в своем известном романе «Хождение по мукам» так описал те бои:
«Под Песчанокопской вместе с красноармейцами дралось все население. Такой ярости добровольцы еще не видели. От утра до ночи дрожала степь от канонады. Полки Боровского и Дроздовского два раза были выбиты из села. И только увидев себя окруженными со всех сторон, не зная сил и средств противника, красные покинули село до последнего человека».
В одном из боев под Тихорецкой Иван Федько получил тяжелое ранение и был отправлен в госпиталь. Едва залечив рану, он возвращается в строй. События на Северном Кавказе развивались не в пользу советской власти: белые добровольцы и белоказаки наступали. В классовых схватках полыхали кубанские и терские станицы.
В стане красных началась междоусобица. Пост командующего Северо-Кавказской армией занимает казачий офицер И.Л. Сорокин, человек авантюрного склада, склонный к диктаторству. В середине октября по его приказу расстреливаются члены президиума Северо-Кавказского ЦИК. Немного раньше погибает командующий Таманской армией И.И. Матвеев.
В стане красных назревала катастрофа. 27 октября 1918 года II Чрезвычайный съезд Советов Северо-Кавказской Республики, созванный в станице Невинномысской, объявляет Сорокина вне закона. Временным главнокомандующим назначается Иван Федорович Федько. В приказе ЦИК Советской Республики на Северном Кавказе писалось:
«…Центральный Комитет назначает вместо Сорокина главкомом военно-революционными войсками Северного Кавказа товарища Федько, которому предписывается немедленно вступить в свои обязанности сего числа 27 октября.
Все приказы, издаваемые по революционным войскам от Реввоенсовета, исполнять и приводить в жизнь только за подписью следующих лиц: председателя Реввоенсовета тов. Полуяна и главкома Федько».
Федько шел тогда 22-й год. Вместе с прибывшим из Москвы Г.К. Орджоникидзе он принял ряд мер по восстановлению революционной дисциплины в красных войсках. Налаживается оперативное руководство ими. Формируются четыре дивизии, которые составили новую советскую 11-ю армию. Это позволило красным даже перейти в контрнаступление и отбить у белых город Моздок и станицу Прохладную. Но это был временный успех.
11-я армия, отступая с Северного Кавказа, таяла, отходя в начале января 1919 года по холодным степям к Астрахани. Началась эпидемия тифа. Сыпняк уложил в госпиталь и командующего отступающей красной армии Ивана Федько. Его сменил М.К. Левандовский.
В Астраханском крае остатки 11-й армии были реорганизованы в две стрелковые и одну кавалерийскую дивизии. Выздоровевший Федько был вызван в Москву. Его принял для беседы председатель Совнаркома РСФСР В.И. Ленин. Федько попросил у него направления на фронт.
В первых числах мая 1919 года И.Ф. Федько назначается заместителем командующего и членом Реввоенсовета Крымской Красной армии, которой командовал бывший председатель Центробалта Павел Дыбенко, а во главе армейского политотдела стояла его жена А.М. Коллонтай.
Вскоре советским войскам пришлось оставить Крым. Они отступили к берегам Днепра в район Каховки. Крымская Красная армия была преобразована в 58-ю стрелковую дивизию, начальником которой был назначен И.Ф. Федько. Ей с первых дней создания пришлось вести тяжелые бои с белыми частями генерала Слащева и кубанской белоказачьей конницей генерала Шкуро.