Вскоре мятеж поднял временный союзник советской власти «батько» Нестор Махно. На железнодорожной станции Николаев 14 августа махновцы арестовали Федько и его штаб. На собравшемся митинге махновский атаман Щусь обвинил Федько в том, что тот «продал дивизию Деникину за десять миллионов рублей», и потребовал учинить над начдивом самосуд. Ивану Федько дали слово, и он с площадки бронепезда «Память Урицкого» смог успокоить митингующих. Поспевший на выручку дивизионный батальон во главе с Владимиром Левенсоном поставил точку под теми событиями: махновцы бежали от станции.
Но 58-й стрелковой дивизии пришлось начать отход на правый берег реки Южный Буг. Отступление прикрывал Интернациональный полк, защищая единственную речную переправу – уцелевший мост у местечка Варваровка. По приказу Федько он был взорван на глазах у белых.
В середине июля 1919 года войска Южного фронта перешли к обороне. Один из его участков на западном крыле проходил по линии Тирасполь, Одесса, Николаев, Херсон. Здесь размещались войска советской 12-й армии, которой пришлось на себе познать то, что называется стратегической инициативой, которая находилась в руках противника, то есть генерал-лейтенанта А.И. Деникина и его штаба.
После выхода на правобережье Днепра белое командование решило разгромить находившиеся здесь советские армии (12-ю и 14-ю), захватить нижнее течение Днепра и тем самым надежно обеспечить левый фланг наступающей Добровольческой армии.
В развитие деникинской «Московской директивы» 11 августа командиру 3-го отдельного армейского корпуса генералу Н.Н. Шиллингу приказывается при содействии сил Черноморского флота овладеть в кратчайший срок Херсоном и Николаевым и выйти на линию Вознесенск – Раздельная, овладев Одессой. В результате создавалась серьезная угроза левому флангу и тылу советской 12-й армии, которая с 27 июля находилась в непосредственном подчинении Главнокомандующего Республики бывшего полковника С.С. Каменева.
Дивизия И.Ф. Федько двенадцать дней удерживала в своих руках правый берег Южного Буга от речного устья до города Вознесенска, преграждая деникинцам путь на Одессу. Бои велись в отрыве от других красных войск до того дня, когда заработала дивизионная радиостанция («искровая станция»). Сало ясно, что советским войскам придется оставить междуречье Днестра и Южного Буга, город Одессу и отступить на север.
18 августа 1919 года Реввоенсовет 12-й армии дал директиву о созданию Южной группы войск, в состав которой вошли три дивизии: 45-я начдива И.Э. Якира, которая вела бои в районе Бирзула – Раздельная (в состав дивизии входила бригада Котовского, 58-я И.Ф. Федько и остатки 47-й дивизии Лагофета, оборонявшей Одессу). Командующим группой был назначен Якир.
Южная группа войск 12-й армии оказалась в кольце вражеского окружения, из которого ей приходилось вырываться с тяжеломи боями. Войска Деникина заняли Одессу, Екатеринослав, Киев. Города Винница, Казатин и Белая Церковь находились в руках петлюровцев и галицийских сечевиков.
28 августа по радио Южной группе был передан приказ пробиваться на север для соединения с главными силами Красной армии. По пути предстояли боевые столкновения с различными бандами атаманов Ангела, Зеленого, Тютюника и прочих, и, наконец, с махновцами.
Многодневный поход Южной группы от берегов Черного моря стал одной из ярких страниц Гражданской войны в России. Прорываясь из окружения, красные войска шли тремя походными колоннами. Федько командовал правой колонной, которую составляли части его дивизии и остатки 47-й «одесской» дивизии. Эта колонна была самой многочисленной, поскольку она прикрывала походное движение Южной группы со стороны самого опасного противника – деникинских войск, белых добровольцев.
В левую колонну вошли 1-я и 2-я бригады 45-й дивизии под общим командованием Г.И. Котовского. Центральную группу составили отдельные части и тылы 45-й дивизии, а также сводный отряд из партийного и советского актива города Одессы. Центральной группой командовал временно исполняющий делами начальника 45-й стрелковой дивизии бывший поручик И.И. Гарькавый, один из организаторов красногвардейских отрядов в городе Тирасполь.
Южной группе предстояли самые серьезные бои: она шла на прорыв, еще не зная ни места соединения с Красной армией, ни времени на то. Каждому красноармейцу была выдана «Памятка бойца Южной группы», в которой говорилось следующее:
«Северные братья, ведомые большевиками, на соединение с которыми мы идем, неизменно одерживают и будут одерживать победы. Бьется за освобождение могущественный класс пролетариев, его ведут большевики. Он освободит угнетенное большинство, он неизменно одерживал и будет одерживать победы на своем боевом пути. Он придет на выручку окруженной врагами Южной группе. Он поможет нам снова отнять у помещиков землю и передать ее крестьянам. Он отнимет снова фабрики и заводы у капиталистов».