Хотя Южный фронт можно было считать на деле ликвидированным, Фрунзе еще некоторое время занимался крымскими делами. На полуострове оставались многие тысячи бывших военнослужащих белой армии, разного рода чиновников, членов их семей. Это были люди, не пожелавшие покинуть Отечество и добровольно уйти на чужбину, в белую эмиграцию. Судьба их была трагична.
Их «сортировкой» занимались органы ВЧК, создавшие «тройки» для разбора дел военнопленных. В те дни только Особыми отделами было расстреляно около 12 тысяч человек. Всего, по различным данным, число жертв красного террора среди Белого стана после ухода врангелевской армии из Крыма составило от 50 до 120 тысяч. Думается, что до какой-то близкой по достоверности цифры история так и не докопается.
Здесь уместно задать вопрос, знали ли о такой «чистке» Крыма командующий Южным фронтом, члены Реввоенсовета фронта? Было ли для них такое дело тайной? На сей счет известна телеграмма председателя РВСР от 22 ноября 1922 года. Троцкий требовательно указывал Фрунзе:
«Необходимо все внимание сосредоточить на той задаче, для которой создана “тройка”. Попробуйте ввести в заблуждение противника через агентов, сообщив ту переписку, из которой вытекало бы, что ликвидация отменена или перенесена на другой срок».
Успешное проведение Крымской операции, закончившейся разгромом белой Русской армии и изгнанием ее из пределов Отечества, получило самую высокую оценку ВЦИК, обладавшего наградными функциями. 25 ноября ВЦИК принял постановление о награждении командующего Южным фронтом Почетным революционным оружием; в документе говорилось:
«Наградить… командующего Южным фронтом, товарища Фрунзе Михаила Васильевича – за то, что, руководя действиями подчиненных ему армий, он проявил необычайную энергию и настойчивость в проведении плана разгрома белогвардейских частей Врангеля в северной части Таврической губернии, когда противник, прикрывшись мощными укреплениями перекопских и чонгарских позиций, пытался преградить доступ нашим войскам в Крым. Тов. Фрунзе с необыкновенной быстротой, оценив правильно обстановку, обрушился на главные силы Врангеля, занимавшие перекопские и юшуньские позиции, и, лично руководя частями, назначенными для штурма, разбил врага и овладел указанными позициями. Взятие юшуньских позиций решило судьбу Крыма, который 15 ноября был полностью очищен от белогвардейцев. Частями Южного фронта, умело управляемыми тов. Фрунзе, взяты огромные трофеи, еще не подсчитанные».
Окончание Гражданской войны М.В. Фрунзе встретил на постах уполномоченного Реввоенсовета на Украине, командующего Вооруженными силами Украины и Крыма, заместителя председателя Совнаркома Украины и заместителя председателя Украинского экономического совета. Одновременно он являлся членом Политбюро ЦК КП(б) У. Был председателем Центрального постоянного совещания по борьбе с бандитизмом. В 1921–1922 годах руководил действиями Красной армии по разгрому петлюровских войск в Подольской и ряде других губерний.
В ноябре 1921 года – январе 1922 года возглавлял чрезвычайное посольство, направленное в Турецкую Республику для установления добрососедских отношений между ней и Украинской ССР. В Анкаре вел переговоры с Мустафой Кемалем Ататюрком, участвовал в разработке ряда операций. В то время Турция вела войну против англо-французских и греческих интервентов.
За разгром белых сил на Юге, войск гетмана Петлюры и ликвидацию политического бандитизма (прежде всего, махновщины) на Украине М.В. Фрунзе награждается вторым орденом Красного Знамени. Приказом Реввоенсовета Республики № 113 от 6 мая 1924 года за эти знаковые победы советских войск одновременно награждались четыре высоких должностных лица, командовавшие Красной армией в тех событиях. Приказ Реввоенсовета гласил:
«Постановлением ВЦИК от 15 ноября 1922 года (протокол 6/55) награждены орденом Красного Знамени члены Реввоенсовета быв. Южного фронта тт. Фрунзе, Гусев и Раковский и пом. комвойск Украинского военного округа т. Эйдеман – за руководство победоносною борьбою против Деникина, Врангеля и Петлюры и за искусную подготовку ликвидации бандитизма на территории Украины. В отношении тт. Фрунзе, Гусева и Эйдемана настоящее награждение считать вторичным».
С февраля 1924 года Михаил Васильевич – уполномоченный Реввоенсовета СССР при Совнаркоме УССР. На этой должности он пробыл совсем недолго.
В марте 1924 года Фрунзе назначается заместителем председателя Реввоенсовета СССР и народного комиссара по военным и морским делам. В апреле того же года – одновременно начальником штаба Рабоче-Крестьянской Красной армии (РККА) и начальником Военной академии РККА, уполномоченным наркома по военным и морским делам при Совнаркоме СССР. Эти должности он исполнял менее года.
Уделяя много внимания работе штаба РККА, М.В. Фрунзе говорил, что он должен стать «не только мозгом Красной армии, он должен стать военным центром всего нашего государства и должен поставлять тот матеиал, который ляжет в основу работы Совета Обороны».