6 и 7 октября 1918 года, руководя отрядом (Николаевской дивизией) на подступах к Самаре, занятой чехо-словаками, одним из первых переправился через реку Самару, воодушевляя тем свою и соседние части, что способствовало быстрой переправе частей и занятию Самары. Всегда предводительствуя своими частями, он храбро и самоотверженно сражался в передовых цепях, неоднократно был ранен и контужен, но всегда оставался в строю. Благодаря его умелым маневрам, Александровско-Гайской бригадой были разбиты казачьи банды генерала Толстова, что дало нам возможность овладеть Уральской областью.
Назначенный начальником 25-й стрелковой дивизии в дни катастрофического положения Самары, когда противник стоял от нее в двух переходах, он с дивизией был выдвинут в центр наступающих сил противника под Бугуруслан; настойчивыми стремительными ударами и искусными маневрами он остановил наступление противника и в течение полутора месяцев овладел городами Бугуруслан, Белебей и Уфа, чем и спас Среднее Поволжье и возвратил уфимско-самарский хлебный район.
В боях под Уфой (8 июня) при форсировании реки Белой лично руководил операцией и был ранен в голову, но несмотря на это, не оставил строя и провел операцию, закончившуюся взятием города Уфы».
После освобождения Уфы перед Фрунзе встала задача деблокады города Уральска. Для ее осуществления привлекались правофланговые части Оренбургской группы 1-й армии, 25-я стрелковая дивизия и Особая бригада 4-й армии. Все эти войска сводились во временную оперативную группу под командованием начдива В.И. Чапаева. Группа принимала участи в операции по разгрому Уральской белоказачьей армии: сперва ее рассечению на две части, потом их разгрому и деблокированию Уральска.
Начало операции назначалось на 27 июня. Однако командующий Уральской белоказачьей армией, он же войсковой атаман уральского казачества генерал-лейтенант В.С. Толстов упредил противника. 26 июня белоказаки прорвались к Николаевску и захватили его, почти полностью уничтожив защищавший город красногвардейский отряд. Затем Толстов сделал попытку прорваться к Волге и к городу Самаре, но казаков-уральцев остановили заслоны красных войск.
План Уральской операции пришлось уточнять. Теперь задача нанесения удара в направлении Уральска полностью возлагалась на оперативную группу В.И. Чапаева. Наступать ей на город предписывалось с севера. Одновременно в наступление на армию генерала Толстова переходили войска 1-й и 4-й армий. Наступление велось успешно: советские войска имели почти шестикратное превосходство в штыках, подавляющее в артиллерии и пулеметах, но в 12 раз уступая белоказачьей армии в кавалерии.
Группа начдива В.И. Чапаева, совершив стремительный марш, вышла к Уральску, прорвала кольцо блокады и 11 июля соединилась с защитниками города. Его гарнизон пять месяцев составляла доблестная 22-я стрелковая дивизия. Белоказакам не помогло даже то, что они подожгли ковыльную степь на пути продвижения чапаевцев. В тот же день Чапаев с Фурмановым прибыли на автомобиле из Самары в освобожденный город.
После этого во взаимодействии с Шипово-Деркульской группой 4-й армии 25-я стрелковая дивизия разгромила сильную группировку белоказаков в районе станции Шипово и отбросила ее на юг.
В итоге боев к 18 июля район железной дороги от Урбаха до Уральска был полностью очищен от белых. Однако на казачьей земле сопротивление белых значительно возросло. 28 июля М.В. Фрунзе докладывал председателю Совнаркома РСФСР:
«Медленность нашего продвижения объясняется характером действий противника, оказывающего упорное сопротивление и ведущего борьбу на истребление. Приходится с боем занимать каждую станицу и хутор».
9 августа 25-я стрелковая дивизия занимает город Лбищенск (потом город будет назван Чапаево). Затем красные войска продвинулись по реке Урал еще дальше на юг и 24 августа взяли станицу Сахарная. Казалось, что Уральская белоказачья армия разгромлена, но в действительности сопротивления она и не думала прекращать. То есть среди уральских белоказаков речь о сложении оружия не шла.
Не решаясь на открытое сражение, противник предпринял на Лбищенск рейд конной группой (1150 сабель, 14 пулеметов, 4 орудия). Она произвела налет на казачий городок в ночь на 5 сентября. В Лбищенске находился штаб и политотдел 25-й стрелковой дивизии, ряд ее учреждений. Должной охраны не велось, что само по себе было преступно. Штаб охранялся одной дивизионной школой силой в 600 штыков, кототорой командовал Чеков.
Конная группа белоказаков состояла из двух конных дивизий генерала Сладкова и полковника Бородина. Дивизиями их можно было назвать только условно, поскольку по силе они равнялись одному казачьему полку времен Мировой войны. Переходы делались ночью, днем белоказаки укрывались в камышах речной долины всего в 25 километрах от Лбищенска.