Красные продвигались вперед тремя последовательными густыми пехотными цепями с большим количеством пулеметов, продвигаясь по обе стороны железной дороги, загибаясь на флангах назад для охраны тыла и сопровождающих поездов, перевозивших пехоту. За пехотными цепями двигались красные автомобили-броневики, а бронированный поезд сзади поддерживал атакующие цепи красных артиллерийским огнем. Все эти дни шли ожесточенные бои, но казаки были вынуждены отступать…»
В такой ситуации на помощь уральским белоказакам пришли части «Народной армии Кумуча» и белочехи. Главную же роль сыграл отряд генерала М.Ф. Мартынова, который возвращался из рейда на Иващенковские заводы около Самары с «обозом в 220 подвод, нагруженных оружием и патронами». 7 июля белые захватили станцию Семиглавый Мар и вновь перерезали железную дорогу. Белые начали разрушать полотно железной дороги, грозя отрезать красных.
4-я армия, оставшись без командующего (Ржевский заболел и слег в госпиталь), начала отступление от Уральска, ночью оставив под городом окопы. «…Красные починили поврежденное полотно железной дороги, погрузились в поезда и отошли за “грань”, куда казаки за ними не последовали». Отход прикрывала чапаевская Пугачевская бригада, сохранив свою сплоченность и организованность. 12 июля 4-я армия, остервенело преследуемая белоказачьей конницей, вышла из окружения с заметными потерями.
15 июля бригада Чапаева, измученная каждодневными боями и тяжелыми переходами, вышла в Николаевский уезд. Но отдых ей предоставлен не был. В районе Вольска, Духовницкого и Липовки находились части Кумуча, а белочешские легионы (около 3 тысяч человек) под командованием капитана Чечека занимали участок железной дороги от Марьевки до Ивантеевки к северу от города Пугачева (уже бывшего Николаевска, но на карте и в истории Гражданской войны называвшегося как прежде).
Пугачевская бригада с 25 июля вошла в состав 1-й Самарской дивизии (начдив Захаров), которая прикрывала город с востока от уральскх казаков, а с севера – от белочехов. Когда противник перешел в наступление, то он 20 августа выбил красные полки из Николаевска, и те в беспорядке отступили. Самого Чапаева в тот день и ночь на позиции не было.
Бой за возвращение города Чапаев взял на себя: он приказал командирам полков своей бригады Пляскункову и Кутякову: «Ошибочного распоряжения начдива не выполнять, приступить к боям за возвращение переправы через Большой Иргиз».
В итоге белочехи, чья походная колонна была разгромлена внезапной атакой, оказались выбитыми из Николаевска с потерей 40 пулеметов, которые служили чапаевцам до конца Гражданской войны. Затем последовал победный бой под Орловкой и Ливенкой, где у белых был отбит огромный обоз с боеприпасами.
В ходе Самарско-Сызранской наступательной операции советских 1-й и 4-й армий, поддержанных Волжской военной флотилией, бригада В.И. Чапаева на главном направлении не действовала. Однако в силу быстро менявшейся оперативной обстановки картина направления ударов стала иной. 1 и 2 сентября 1918 года прорвавшийся к железной дороге Сызрань – Самара в районе поселка Иващенково (35 километров южнее Самары) Интернациональный полк Самарской дивизии вместе с восставшими рабочими поселка перекрыл пути отхода белым от Сызрани.
Однако вскоре Интернациональному полку пришлось отступить от поселка Иванщенково под натиском белочехов. Те сами отступали под напором чапаевской стрелковой бригады, упорно расчищая себе путь от Сызрани на восток. Это боевой эпизод ускорил падение Сызрани, которая была освобождена советстными усилиями Инзенской и Симбирской дивизий при содействии кораблей Вольского отряда Волжской военной флотилии.
В том, что противник потерял в том деле около 3 тысяч человек убитыми и ранеными, а трофеями стали 2 бронепоезда, 3 бронеплощадки, 9 орудий, 40 пулеметов, десятки тысяч снарядов, 300 вагонов с обмундированием и 15 паровозов, была заслуга и чапаевцев.
В конце сентября В.И. Чапаев, когда на Восточный фронт прибыл «поезд Троцкого», назначается председателем Реввоенсовета Республики на должность командира 2-й Николаевской дивизии. Ее основу составляли Балашовский и Пензенский стрелковые, Гарибальдийский конный полки.
Дивизия приняла участие в наступлении на уральских белоказаков. У деревни Таловой она в ночь на 13 октября попала в окружение группы генерала Мартынова (3600 штыков, 1200 сабель, 77 пулеметов, 14 орудий). 2-я Николаевская дивизия смогла вырваться из окружения только 18 октября, прорвавшись к Николаевску с большими потерями во многом благодаря умелому руководству боем и личной храбрости своего начдива.
В декабре 1918 года Василий Иванович штабом 4-й армии был направлен на учебу в Москву, в Академию Генерального штаба. Отучившись в ее стенах три месяца, он возвратился на Восточный фронт. В середине февраля он прибыл в Самару, в штаб 4-й армии, которой командовал М.В. Фрунзе.