Мать Канегиссера, Роза Львовна, на допросе 30 августа заявила, что последние две недели Леонид не ночевал дома, ей казалось, что он занимался какой-то опасной работой, и она хотела отправить его в Киев. Она же сообщила, что Канегиссер до дня покушения был в ЧК, получив от Урицкого пропуск. Он просил председателя ЧК не расстреливать его друга В. Перельцвейга, арестованного в качестве заложника. Отец, Иоаким Самойлович, подтвердил сказанное, подчеркнув, что «Леонида сильнейшим образом потрясло опубликование списка 21 расстрелянного, в числе коих был его близкий приятель Перельцвейг, а также то, что постановление о расстрелах подписано евреями Урицким и Иоселевичем».
В следственных делах сохранилось извинительное письмо Канегиссера князю П. Л. Меликову, в квартиру которого он случайно ворвался и взял с вешалки пальто. Канегиссер просил простить его и понять, что «в эту минуту я действовал под влиянием скверного чувства самосохранения».
В своих извинениях князю Канегиссер был искренен, во время допросов — стремился не отвечать на прямо поставленные вопросы.
31 августа его допрашивал Дзержинский, протокол вел Антипов. Вот ответ Канегиссера: «На вопрос о принадлежности к партии заявляю, что ответить прямо на вопрос из принципиальных соображений отказываюсь. Убийство Урицкого совершил не по постановлению партии, к которой я принадлежу, а по личному побуждению. После Октябрьского переворота я был все время без работы, и средства на существование получал от отца. Дать более точные показания отказываюсь».
Канегиссер готовил побег из здания ЧК, его записка сестре была перехвачена, и он перевезен в Кронштадт. Побег не удался. Его еще долго возили на допросы. Следствие никак не могло смириться с тем, что человек мог убить другого по личному побуждению, тем более, если этот другой — председатель ЧК. Они были настроены на борьбу с контрреволюционными организациями и готовы были в подобных акциях видеть лишь политические убийства, а не месть по личным мотивам. Потому долго расследовалась связь Канегиссера с его двоюродным братом Максимиллианом Филоненко, эсером-боевиком. Выяснилось, что отношения у них были плохими и они не виделись годами. Нашли лишь список петроградских юнкеров-социалистов, где под № 17 значился Канегиссер. Его нежелание назвать партию, в которой он состоял, объясняется боязнью Канегиссера возбуждения репрессий против ее членов, хотя он действовал без всяких разрешений на проведение акции против Урицкого. Но известный историк С. Мельгунов вспоминал, что первый раз был арестован 1 сентября 1918 г. из-за того, что Канегиссер назвал себя народным социалистом, и тут же начались преследования всех, кто так себя называл[420]
.24 декабря 1918 г. Антипов закрыл дело об убийстве Урицкого. Канегиссера тогда же расстреляли одного[421]
. Установить его принадлежность к какой-либо «контрреволюционной организации» не удалось. Все эти месяцы допросов он говорил о сведении личных счетов, мести за друга, стремлении показать, что евреи бывают разные и т. д. Такое объяснение не могло удовлетворить тогдашних следователей, за исключением Антипова, который решил более к нему не возвращаться, а часть бумаг, связанных с этим делом, — сжечь, как ненужную макулатуру. Следователь Отто, в мае 1919 г. вернувшийся на работу в Петроградскую ЧК, написал жалобу на Антипова по этому поводу и сообщил, что ему удалось сохранить некоторые документы и переправить их ВЧК. В августе 1920 г. в обращении в ВЧК он потребовал возобновить следствие по делу об убийстве Урицкого, поскольку, по его мнению, его нельзя считать законченным. Отто возмущался тем, что даже во время массового террора родственники Канегиссера не пострадали, а его отец работал в Петроградском совнархозе. Продолжения в то время эта жалоба не имела.Дело об убийстве Урицкого затем возникало не раз, но нового ничего в существо разбирательства не вносило, и сейчас вряд ли возможно ответить на вопросы, на которые отказался что-либо сообщить Канегиссер… Для поэта это было первое и последнее свершенное убийство человека, ставшего для него символом бездушия и несправедливости. Он к нему ходил, просил за невинного друга, взятого в заложники за преступление, которое он не совершал и о котором не имел ни малейшего представления. И все-таки его друг был расстрелян. Что мог этому жестокому акту противопоставить уязвленный и обиженный в своих лучших чувствах поэт и свободный гражданин? Он выбрал не лучший способ протеста. Но, видимо, состояние аффекта не находило иного выхода. Может быть, Канегиссер видел в своем выстреле и протест против жуткой действительности, выражение национальной гордости и желание защитить достоинство своего народа, в котором были не только большевики и чекисты?