По мере того как компания продолжала захватывать территории, ее администрация разделилась на три «президенции»: Калькутту, Бомбей и Мадрас. Одним из ключевых уложений «Регулирующего акта» было учреждение должности генерал-губернатора, сидящего в Калькутте и наделенного властью над «президенциями» Бомбея и Мадраса. Первым генерал-губернатором стал Уоррен Гастингс – противоречивый персонаж, главный грех которого, по мнению одного историка, заключался в том, что он слишком любил Индию. Чтобы привлечь компанию к ответственности, Гастингс хотел, чтобы британская власть осуществлялась индийскими должностными лицами и системами управления. Правосудие должно было вершиться индийскими судьями, вопросы о землевладении должны были решать индийские чиновники. По тем временам это была слишком радикальная точка зрения, и последователи Гастингса ее отвергли. Самым долгоживущим его наследием стало побуждение к изучению истории Индии и ее языков, например санскрита. Именно при Гастингсе такие ориенталисты, как Уильям Джонс и Чарльз Уилкинс, написали свои первые труды, переводя индусские эпосы и исследуя отношение санскрита к индоарийской языковой группе. Но при всей своей филантропии и идеализме, Гастингс оставался набобом, в первую очередь думавшим о выгоде компании, ее акционеров и своей собственной. При Гастингсе компания монополизировала производство бенгальской соли и опиума, и первая партия опиума контрабандой была переправлена в Китай с явным пренебрежением к давнему запрету на его ввоз.
Когда в 1785 году Гастингс вернулся в Англию, он ожидал радушного приема у коллег за то, что он привел дела компании в порядок. Вместо этого он подвергся нападкам в парламенте, особенно со стороны главного критика корпорации, Эдмунда Бёрка. По мнению этого англо-ирландского вига, компания стала «королевством магистратов, отделившихся и от страны, их пославшей, но и от страны, в которой они находятся». В течение двух лет после возвращения Гастингса из Индии Бёрк добивался его отстранения. Он представил 22 статьи обвинения, в том числе вымогательство, подкуп, коррупцию и развязывание беспричинной войны против пуштунского племени рохилла. После марафона судебных заседаний, длившегося семь лет, Гастингс был оправдан по всем статьям.
На посту генерал-губернатора его сменил лорд Корнуоллис (1738–1835), который в 1781 году, во время Войны за независимость Америки, осуществлял надзор за сдачей Йорктауна. Корнуоллис был полной противоположностью своего предшественника. Человек военный, глубоко презиравший торгашество, он описывал работу компании в Индии как «самый грязный субподряд системы». Назначенный, чтобы реформировать управление компанией и искоренить подкуп и кумовство, он разделил компанию на коммерческий и политический сектора. Глубоко убежденный, что все местные жители Индостана продажны, он европеизировал службы. «Отныне ни один сын индийца не будет назначаться в гражданскую, военную или морскую службу компании», – заявил он.
Корнуоллис также попытался теснее привязать элиту индийских землевладельцев, заминдаров, к компании, зафиксировав их ренту на постоянной основе. Это должно было резко увеличить урожаи, поскольку каждая вырученная рупия доставалась землевладельцу. Заминдары также несли ответственность за сбор подати с тех крестьян, которые работали на их земле, хотя раньше этим вопросом были обременены британские чиновники. Теперь главенство в вопросах торговли легло на административный сектор компании.
Если битва при Буксаре обеспечила компании контроль над восточной Индией, то ее интересы на западе и юге субконтинента с 1760-х годов подвергались серьезным угрозам. Самые крупные неприятности грозили со стороны княжества Майсур и от конфедерации маратхов. Те и другие использовали французское оружие и офицеров, угрожающе повышая французское влияние в Индии. Чтобы разгромить Майсур, потребовалось четыре военных кампании и еще три против маратхов, прежде чем в 1818 году в Индии установилось британское владычество.
Эта ключевая глава индийской истории начинается с захвата Майсура в 1761 году Хайдером Али (ок. 1720–1782). Обреченный на роль занозы в пятке Ост-индской компании, Али был превосходным тактиком. В его артиллерии имелись перевозимые на верблюдах снаряды с дальностью действия до двух километров. Был у него даже свой маленький флот, которым в разное время командовали английские и голландские наемники. Флот составляли несколько военных кораблей и небольшие транспортные суда. Как дальновидный правитель, он основал государственную торговую компанию и привлекал инвесторов к покупке ее акций. Пробовал он и устраивать фактории в Османской империи и в бирманском городе Пегу.