Гораздо более серьезный кризис заварился в Хайдарабаде, правитель которого, низам Осман Али-хан (1886–1967), считался богатейшим человеком в мире из-за огромного количества земель и драгоценностей, которыми он владел. Этот низам, как и правитель Джунагадха, был мусульманином, правившим государством с преимущественно индусским населением. Вдохновленный примером мусульманских повстанцев, так называемых
Наиболее сложная ситуация сложилась в штате Джамму и Кашмире. Его индусский махараджа Хари Сингх (1895–1961) правил очень неоднородным государством, имевшим границу как с новой Индией, так и с Пакистаном. Район Джамму был в основном индусским, в то же время Ладакх, расположенный с восточного края штата, был буддийским. И только в очаровательно красивой Кашмирской долине большинство населения было мусульманским. Еще с самого июля 1946 года махараджа баловался с идеей независимости, теша себя мечтами о «восточной Швейцарии», независимой и нейтральной, которой может стать его владение. В отличие от Джунагадха и Хайдарабада его государство обладало хорошо организованной оппозицией, возглавляемой харизматичным мусульманским политиком Шейхом Абдуллой (1905–1982). Он тесно сотрудничал с Неру и хотел, чтобы Кашмир оставался частью Индии.
Сингх занимал жесткую позицию. Он ненавидел Конгресс, а большая часть Конгресса ненавидела его. Присоединение к Индии означало конец его феодальному самодержавию. Подобная же участь его ожидала в случае присоединения к Пакистану. Вопрос обострился 22 октября 1947 года, когда в Кашмир через Северо-Западную пограничную провинцию Пакистана начало перебрасывать силы национальное ополчение, в основном патаны. Даже теперь, три четверти века спустя, нет точного ответа, почему они вторглись и кто им помогал. Понятно лишь то, что Индию застали врасплох. Когда интервентам оставалось всего 80 километров до Сринагара, махараджа запросил срочную военную помощь у Индии. Неру согласился, но лишь ценой присоединения Кашмира к Индии. Выбора у Хари Сингха не оставалось, и он принял это условие. Через несколько часов после подписания соглашения индийские военные подразделения были переброшены в Сринагар самолетами. Защитив столицу, войска принялись отвоевывать города, занятые пакистанскими нерегулярными формированиями. Кашмир был отбит, но его будущее осталось под вопросом. Столкновения не прекратились. Война возобновилась в 1948 году, когда растаял зимний снег, и лучшие вооруженные пропакистанские силы добились значительных успехов на севере штата.
К тому времени как в 1948 году ООН наскоро организовала прекращение огня, Пакистан овладел горами и долинами к северу и к западу от Кашмирской долины. Линия контроля стала фактической границей. Неру согласился на то, чтобы население Кашмира решило будущее своей земли путем народного голосования, но этого так и не произошло. Его провалившаяся попытка сдержать обещание обратила Шейха Абдуллу против премьер-министра, и большую часть оставшейся жизни он провел в тюрьме за распространение сепаратистских взглядов. Сегодня спорный статус Кашмира остается самым неразрешимым и опасным политическим вопросом на субконтиненте.