Умелый оратор и поэт, Ваджпаи олицетворял умеренную сторону индусского национализма. Он отложил до лучших времен три из самых противоречивых задач партии: постройку храма Рамы в Айодхье, принятие общего гражданского кодекса и отмену особого статуса Кашмира в конституции, которая наделяла его ограниченной автономией, государственным флагом, отдельными правами в отношении собственности и других вопросах. В феврале 1999 года Ваджпаи посетил Лахор, открыв новый маршрут автобусного сообщения между двумя странами. Но надежда на то, что этот визит принесет с собой долгожданную оттепель в отношениях, растаяли, когда пакистанские войска заняли стратегические высоты возле Каргила, перекрыв шоссе между Сринагаром и Лехом и вызвав мини-войну. Затем в декабре 2001 года боевики при поддержке Пакистана устроили беспрецедентное нападение на здание парламента в Нью-Дели, поставив две новоиспеченные ядерные державы в опасную близость к открытому конфликту.
За время пребывания Ваджпаи на посту премьер-министра в стране вновь случилась тревожащая вспышка социального насилия. 27 февраля 2002 года поезд, который вез индусских паломников из Айодхьи, загорелся на станции Годхра в Гуджарате. Погибли 58 человек. И хотя не было никаких свидетельств ни о личности поджигателей, ни об их целях, мусульмане Годхры и множества других городов Гуджарата подверглись нападениям, в результате которых были убиты около 3000 человек, а еще 100 000 были изгнаны.
Это нападение произошло через четыре месяца после избрания государственного секретаря БДП Нарендры Моди главным министром в Гуджарате. Сын
Следственная группа, назначенная верховным судом, не нашла доказательств причастности Моди к насилию. Но критики все же обвиняли его в том, что он сделал слишком мало, чтобы прекратить кровопролитие, значительная часть которого режиссировалась членами его партии. По данным организации Human Rights Watch, группы индусов вооружались клинковым оружием,
На выборах 2004 года лозунг БДП «Индия воссияла» немного потускнел. Возвращение к популистским лозунгам о борьбе с нищетой и защите уязвимых групп позволило Конгрессу снова выкарабкаться к власти вместе с бывшим министром финансов Манмоханом Сингхом, возглавившим Объединенный прогрессивный альянс (ОПА). Поначалу Конгресс снимал сливки с резкого экономического подъема, более 8 %, который помог сократить уровень нищеты во всех группах и регионах. Но красивые цифры скрывали посредственную подоплеку. Доход на душу населения в Индии составил 950 долларов США, что соответствовало 160-й позиции из 197 стран. К 2010 году 400 миллионов индийцев все еще жили за чертой бедности, зато богатейший 1 % населения обладал половиной национального богатства. Около 45 % детей младше пяти лет страдали от истощения. Китайская экономика в семь раз превосходила индийскую и продолжала расти.
Ко второму сроку ОПА (2009–2014) ее сияние тоже потускнело. Коалицию все еще трясло после неуклюжего ответа на нападение террористов в Мумбаи в 2008 году – четырехдневную серию убийств, унесшую 166 жизней. В 2011 году 74-летний отставной армейский офицер Кисан Бабурао «Анна» Хазаре начал в Нью-Дели голодовку, чтобы убедить правительство принять антикоррупционный законопроект, выдвинутый его партией. Его страдания нашли отклик у миллионов индийцев среднего класса. Вместо того чтобы властвовать при помощи «портфельной политики», Сингх ответил приостановкой экономических реформ и развитием обширной программы развития сельского хозяйства и поддержки крестьян.