Руководить экспедицией в Египет от имени ал-Му'изза должен был Джаухар, раб славянского происхождения, освобожденный Фатимидами и высоко поднявшийся по служебной лестнице за время долгого служения династии. В свое время Джаухар продемонстрировал свои выдающиеся полководческие и административные способности в подавлении мятежных правителей по всему Магрибу. Фатимидская армия вышла из Раккады в раби' I 358/феврале 969 года, после специальной церемонии, на которой присутствовал ал-Му'изз, и вошла в Египет примерно через 4 месяца. Джаухар не встретил никакого сопротивления. Он разбил лагерь на подступах к Фустату, двумя километрами севернее мечети Ибн Тулун, и немедленно вступил в мирные переговоры с делегацией сановников, включавшей главного судью столицы Абу Тахира аз-Зухли,
Джаухар правил Египтом как вице-король 4 года, до 362/973 года. Как и после взятия власти Фатимидами в Ифрикийе, Джаухар сохранил от предыдущего режима администрацию и чиновников, занимавшихся правовыми вопросами, включая везира Ибн ал-Фурата и главного судью Абу Тахира аз-Зухли. Однако к каждому высшему чиновнику государства был приставлен специальный человек из берберов кутама в качестве лица, инспектировавшего деятельность чиновника. Всё это сделало переход к правлению Фатимидов и восстановление экономики более мягким и реально осуществимым. В рамках устремлений династии на восток Джаухар послал в мухарраме 359/ноябре 969 года основную часть подразделений фатимидской армии на завоевание Палестины и Сирии. Однако успехи Фатимидов в Сирии были недолгими. В 360/971 году карматы Бахрейна в союзе с Бундами и другими силами нанесли Фатимидам поражение в Дамаске, ставшее первым в ряду многочисленных позднейших неудач Фатимидов в Сирии. Воодушевленный своей победой и впечатляющей коалицией союзников, ал-Хасан ал-'Асам, племянник Абу Тахира ал-Джаннаби, командующий карматскими силами в большинстве кампаний, сам вторгся в свою очередь в Египет и подступил к воротам Фустата, но в 361/971 году был вынужден отойти. Эти события послужили началом многочисленных военных столкновений между Фатимидами и карматами Бахрейна, отдалив установление власти Фатимидов над Палестиной и Сирией еще на несколько десятилетий.
Между тем лагерь Джаухара под Фустатом быстро превращался в городок, первоначально названный Мансурийей, как и его тезка в Ифрикийе, где тогда все еще находился ал-Му'изз. Последний сам утвердил план нового города, в котором, как и в его предшественнике в Северной Африке, были предусмотрены северные и южные ворота, соответственно «Баб ал-Футух» и «Баб аз-Зувайла», а также мечеть под названием ал-Азхар. Джаухар выстроил также два дворца, разнесенные на большое расстояние друг от друга, для халифа-имама и его будущих наследников. Специальные террасы и административные пост были возведены для правительственных департаментов и фатимидской армии. К лету 361/972 года ал-Му'изз был готов придать Фустату статус столицы Фатимидского государства в Египте. Прежде чем отправиться в Египет, он назначил Булуггина правителем Ифрикии и всего Магриба. Булуггин, сын амира санхаджа, Зири б. Манада, погибшего во время верной службы Фатимидам, стал основателем династии Зиридов в Магрибе.
В сопровождении всего семейства Фатимидов, исма'илитских сановников, вождей кланов кутама, а также государственной казны, с ал-Кади ан-Ну'маном, ехавшим верхом рядом со своим халифом-имамом, ал-Му'изз пересек Нил и в рамадане 362/июне 973 года вступил в царскую резиденцию своей новой столицы Он привез с собой гробы своих предков — ал-Махди, ал-Ка'има и ал-Мансура. Новая столица ал-Му'изза была названа ал-Кахира ал-Му'иззййа (Победоносная столица ал-Му'изза), кратко — ал-Кахира (Каир). Переносом столицы окончился североафриканский этап Фатимидского халифата (297— 362/909—973). Однако сам Египет, как известно, представлял лишь промежуточный этап в ориентированной на восток стратегии династии, которая устремлялась к Багдаду, как конечной цели. Эта далекая цель была воспета придворным поэтом и панегиристом Ибн Хани' ал-Андалуси (ум. 362/973) в произведениях, прославляющих завоевание Египта Фатимидами.