В начале XVI в. Португалия создала цепь торговых баз вдоль побережья Восточной Африки — от острова Сокотры возле побережья Африканского Рога (Сомали) на севере до залива Делагоа на юге, — способствовавших впоследствии установлению ее торгового господства в Индийском океане. В 1520-е гг. португальцы были вовлечены в конфликт на Африканском Роге, поддержав христианское королевство Эфиопия, когда его оккупировал лидер мусульманского султаната Адал — имам Ахмад Гран. Эфиопы и португальцы разгромили Адал в 1543 г. после 15 лет конфликта. В конце XVII в. португальцы вступили в войну с голландцами за торговые базы. Отвлеченные этим обстоятельством, они не смогли помешать Оману, полунезависимому османскому султанату, занять большую часть своих северных баз и узурпировать торговлю с Индией. На севере кочевой скотоводческий народ фундж покорил исламское государство Нубия в начале XVI в. и основал собственное царство с центром в городе Сеннар. В 1523 г. правитель Фунджа перешел в ислам. Фундж оставался независимым государством до 1821 г., когда его поглотила Османская империя.
КАНЕМ-БОРНУ
В XVI–XVIII вв. европейцы осваивали в основном прибрежные районы и почти не заглядывали во внутренние регионы континента. Основное влияние на государство Канем-Борну в центральной части Южной Сахары в этот период оказывала Османская империя. При Идрисе Алуме (правил в 1571–1603) Канем-Борну превратилось в региональную державу главным образом благодаря импорту огнестрельного оружия из Османской империи. Известный своей набожностью, Алума насадил в Канем-Борну законы шариата, превратив его в фундаменталистское исламское государство. Он экспортировал исламские идеалы в соседние языческие государства Вадай и Багирми.
Самой могущественной африканской империей раннего периода Нового времени был Сонгай с центром в Восточном Мали. Основанный в начале XV в., Сонгай возвысился при Сонни Али (царствовал в 1464–1492) и стал крупным рабовладельческим государством при аскии Мохаммеде I (1492–1517). Империя богатела на торговле золотом, слоновой костью и рабами в обмен на соль, стекло и другие предметы роскоши. Самый крупный город государства — Томбукту — стал важным центром исламской культуры. Ослабленный гражданской войной за наследование власти, Сонгай потерпел в 1591 г. поражение от марокканской армии в битве при Тонбиди. В свою очередь марокканцы, не справившись с управлением такой большой территорией, ушли, а бывшая империя разделилась на небольшие независимые государства.
В этот период процветали и несколько других западноафриканских империй, торговавших с соседними странами по Нигеру и другим речным путям. Сюда входили государства Моей (современный Буркина-Фасо), Ойо (современная Западная Нигерия), Ашанти (современная Гана) и Дагомея (современный Бенин). Португальские мореплаватели начали создавать торговые базы на западном побережье Африки с середины XV в., за ними последовали голландцы и англичане. Работорговля началась в XVI в., но в полную силу развернулась в XVII в., значительно изменив экономику и демографию Западной Африки. Такие государства, как Бамбара и Дагомея, начали обменивать рабов на европейское огнестрельное оружие, которое затем снова использовали для поимки новых рабов. Область Золотой Берег — Бенин была центром торговли Западной Африки; в XVIII в. отсюда перевозили по 35 000 рабов в год.