В 1603 г. в Трансильванском княжестве установилась власть Габсбургов, которую до своего ухода (7 апреля 1604 г.) осуществлял Баста. Затем власть перешла к правительственному совету. Сложившееся положение, при котором Венгрия и Трансильванское княжество находились в руках Габсбургов, в корне противоречило политике Порты. Положение изменилось в 1605 г., когда власть Иштвана Бочкаи (20 ноября 1604 г. он получил атнаме великого визиря о назначении его князем Трансильвании) распространилась на всю территорию княжества, а габсбургские войска были вытеснены оттуда. При этом войскам Иштвана Бочкаи оказывали помощь бывший воевода Валахии Симион Мовила, османы и крымчаки, жители Молдавского княжества. 21 февраля и 14 сентября 1605 г. признававшего сюзеренитет Порты Иштвана Бочкаи сначала собрание венгерского дворянства, а затем Государственное собрание княжества избрали князем Трансильвании.
На третьем, завершающем этапе Долгой войны Порта была заинтересована в заключении такого мира, который зафиксировал бы превосходство ее сил и османскую гегемонию в регионе.
Исходя из этого, Порта добилась признания ее сюзеренитета воеводой Валахии Раду Шербаном. 5 августа 1605 г. Раду, его бояре и «владыка» (митрополит) принесли присягу верности Другому вассалу Порты — Иштвану Бочкаи. Сложившуюся благоприятную обстановку последний использовал для объединения земель Венгрии под своей властью. Антигабсбургские дйствия князя в этой ситуации отвечали интересам Порты.
Поход войск Бочкаи в северные комитаты габсбургского королевства Венгрия (октябрь 1604 г. — октябрь 1605 г.) был на руку великому визирю Мехмеду Лалле. Для заключения мира с позиции силы он решил взять Зстергом. На пути к нему он овладел оставленным габсбургскими войсками Вишеградом. 3-тысячный гарнизон Эстергома оказал ожесточенное сопротивление войску Мехмеда, которое начало осаду в конце августа. Габсбургские войска были заняты борьбой с Иштваном Бочкаи. 3 октября Эстергом сдался. Поход Мехмеда в 1605 г. привел к восстановлению границ владений Порты, существовавших до начала Пятнадцатилетней (Долгой) войны. Теперь эти владения на севере граничили не с королевством Габсбургов, а с владениями Иштвана Бочкаи, которого 20 апреля 1605 г. Государственное собрание в Серенче избрало князем Венгрии в Трансильвании.
11 ноября 1605 г. по призыву великого визиря Бочкаи с 7-тысячным войском прибыл под Пешт. Мехмед от имени султана вручил меч и корону князю Венгрии и Трансильвании. Бочкаи принял дар и заявил, что корону он не считает символом королевства Венгрия, у которого уже имеется коронованный правитель. Затем великий визирь и Бочкаи заключили соглашение, по которому обязались помогать друг другу и вместе заключить мир с Габсбургами. Султан освободил на 10 лет Венгрию и Трансильванию от уплаты дани. Бочкаи обещал передать Порте крепости Липпа и Ене (Инэу). Габсбурги были вынуждены пойти на крупные уступки.
По Венскому миру от 23 июня 1606 г. между Иштваном Бочкаи и императорским двором, в частности, расширились владения Бочкаи как главы независимого от Габсбургов Трансильванского княжества (к нему отходили комитаты Угоча, Берег, Сатмар и крепость Токай с ее земельными владениями). В случае смерти Иштвана Бочкаи и отсутствия наследника-мужчины эти комитаты и крепость должны были снова перейти Габсбургам как королям Венгрии. Предусматривалось также заключение мира Габсбургов с Портой. Все это означало упрочение позиций вассального Порте Трансильванского княжества.
Вслед за тем 11 ноября 1606 г. между императором и султаном был заключен мирный договор. Он положил конец Пятнадцатилетней (Долгой) войне, определив на 20 лет отношения между Габсбургами и Портой, а также границы занятой османами к окончанию войны территории. Из крупных пограничных крепостей во владении Габсбургов остались Фюлек (Филяково), Шомошкё, Хайначкё, Дивень, Сечень, Дьярмат, Паланк, Ноград и Вац, а под властью Порты Эгер, Эстергом, Канижа. Король Венгрии (и император) посылал «в дар» султану 200 тыс. флоринов и в дальнейшем освобождался от уплаты дани.
Итоги Пятнадцатилетней (Долгой) войны, зафиксированные этим договором, состояли в том, что ни одной из сторон не удалось добиться превосходства. Ход военных действий, однако, неоспоримо свидетельствовал об ослаблении Османской империи и ее военных сил, хотя ей и удалось несколько расширить границы своих владений в Венгрии. Об этом же свидетельствовали положения договора, признававшие королевскую власть Габсбургов, их освобождение от ежегодной дани, освобождение венгерских дворян от налогов на территории эйялетов, обязательство Порты взимать на этой территории налоги с деревень с помощью деревенских старост. Обе стороны воздерживались от пограничных столкновений, отказывались от возведения новых крепостей, но сохраняли право ремонтировать старые.
Был зафиксирован отказ Порты от претензий на области, которые она не смогла захватить, т. е. отказ от продолжения османской экспансии в Венгрии.