Зимой 1704 г., воспользовавшись временным затишьем в военных действиях, Ракоци приступил к строительству самостоятельного государства и его аппарата. Во главе последнего был поставлен придворный совет и канцелярия с обширными полномочиями в сфере политики, финансов, администрации.
На протяжении всего периода войны шла непрестанная борьба между абсолютистскими устремлениями государства, с одной стороны, и феодальным партикуляризмом аристократии, а также эгоистическими интересами склонного к анархии дворянства — с другой. И чаша весов в этой борьбе постоянно колебалась, делая все более неустойчивым то хрупкое национальное единство, которое Ракоци удалось создать целым рядом классовых компромиссов. Независимая от сословий администрация властно вторгалась в хозяйственную жизнь, не всегда сообразуясь с интересами дворян: она управляла имуществом казны, производством оружия и всего необходимого для армии, взиманием налогов и т. д. Но самое главное, Ракоци осмелился вмешаться во взаимоотношения помещика с крепостными. Согласно изданному им декрету, вступившие в армию крепостные и члены их семей освобождались от феодальных повинностей. Эта мера, избавившая от барщины по крайней мере 10 тыс. семей, стала источником постоянных конфликтов.
В конце концов был издан специальный закон, который освобождал сражавшихся крестьян и от налогов. Одновременно помещикам запрещалось перекладывать их повинности на односельчан. В целом, несмотря на все усилия, Ракоци так и не удалось добиться сколько-нибудь устойчивого равновесия интересов двух главных классов феодального общества. И пока шла война, при всем желании он не имел практической возможности заставить дворян отказаться от части своих привилегий в пользу крестьян и государства.
Война в Венгрии и Трансильвании продолжалась с переменным успехом. Уже в ходе военных действий 1704 г. для обеих сторон стала очевидной невозможность добиться решающей победы на поле брани. Основные силы Австрии были направлены против французской династии Бурбонов. К тому же и союзники Габсбургов — Англия и Голландия — настойчиво советовали Вене добиться мира с Венгрией и бросить всю армию против Франции. В конце концов венский кабинет вынужден был заключить с Ракоци перемирие и начать мирные переговоры. Противоположность целей обеих сторон исключила возможность компромиссного соглашения.
В сентябре 1705 г. сословия Венгрии на Государственном собрании в Сечене, провозгласив себя конфедерацией (союзом), избрали Ракоци «правящим князем» конфедерации. В начале апреля 1707 г. Государственное собрание Трансильвании в Марошвашархейе (ныне Тыргу-Муреш, Румыния) торжественно возвело Ракоци в должность князя. После этого, в июне, Государственное собрание в Оноде утвердило Ракоци «правящим князем» Венгрии. Эти действия были направлены на укрепление международных позиций Ракоци. Король Людовик XIV признал его князем Трансильвании, регулярно оказывал ему финансовую, Дипломатическую, военную поддержку (послал в армию Ракоци военных советников), но упорно не желал заключать с ним формальный договор, поскольку князь в его глазах оставался мятежником, восставшим против своего суверена, императора. Лишение Габсбургов прав на венгерскую корону должно было снять это формально-юридическое препятствие.
Движимый высшими интересами родины, князь пошел еще Дальше. Он объявил венгерский престол вакантным и занялся поисками достойного кандидата, который мог бы оказать эффективную поддержку делу освобождения Венгрии. Назывались имена курфюрста саксонского и короля польского Августа, кронпринца прусского Фридриха Вильгельма, короля Баварии Макса Эмануэля. Кандидатура последнего являлась самой серьезной и наиболее желательной, но он уклонился от чести быть королем Венгрии. Личная храбрость баварца, покрывшего себя славой в битвах с османами именно на территории Венгрии, была впе сомнений. И тем не менее он опасался Габсбургов.
Венгерская дипломатия приложила максимум усилий для того, чтобы обеспечить наиболее благоприятные международные условия делу независимости страны. В этих целях была основана первая в истории Венгрии газета «Меркуриус Веридикус» («Гласящий истину Меркурий»). Она издавалась в городе Лёче (современный Левоча в Чехословакии) на венгерском языке. Ракоци предпринял шаги для установления добрососедских отношений с Валахией и Молдовой. Установлению дружеских отношений с обоими дунайскими княжествами способствовала религиозная терпимость венгерских властей по отношению к православной церкви влахов в Венгрии и Трансильвании. Венгерская дипломатия, однако, потерпела полную неудачу в попытках склонить на свою сторону хорватов и сербов. Сербские и хорватские граничары сражались против куруцов в рядах императорских армий не за страх, а за совесть, а сабор Хорватии в 1706 г. предложил Вене для участия в венгерской кампании еще 15 тыс. солдат.