В своей онтологии (учении о бытии) П. утверждает, что чувственно воспринимаемый мир не есть единственно подлинный мир. Подлинный мир невеществен, бестелесен, идеален. Бестелесные внечувственные сущности, постигаемые только умом, П. называет «эйдосами», «видами» или идеями. Каждая идея ведет абсолютно независимое существование, она вечна и неизменна, не знает ни рождения, ни роста, ни гибели: «есть тождественная идея, нерожденная и негибнущая, ничего не воспринимающая в себя откуда бы то ни было и сама ни во что не входящая, незримая и никак иначе не ощущаемая, но отданная на попечение мысли». Количество идей не бесконечно, они находятся в отношении соподчинения. На вершине пирамиды идей находятся идеи истины, прекрасного, справедливого. Венчает платоновскую пирамиду идея блага, соединяющая все достоинства Истины, Красоты, Справедливости. Благо – и самая общая идея, и одновременно самая «лучшая», превосходящая другие в нравственном отношении.
Можно обнаружить в произведениях П. обращение к идеям физических явлений («огонь», «цвет», «звук», «покой»). Выделяет он и идеи «существ» («человек», «животное»), идеи искусственно сделанных руками человека предметов, идеи отношений («равенство»). У П. нет однозначного мнения, можно ли выделять идеи зла, безобразия, лжи. Платоновские идеи являются идеалами, образцами для творения мира вещей; идеи являются также целью, сущностью вещей. Идеи – источник бытия вещей. Они доступны человеческому познанию. Человек постигает идею в форме понятия. Понятие об идее приближает познающего к самой идее как онтологической (бытийной) сущности.
Помимо вечных сущностей вещей – идей – П. выделяет в качестве второго источника существования мира то, что позже назвали «материей». П. называет его «пространством»: «оно вечно, не приемлет разрушения, дарует обитель всему рождающемуся, но само воспринимается вне ощущения, посредством некоего незаконного умозаключения, и поверить в него почти невозможно. Мы видим его как бы в грезах и утверждаем, будто этому бытию непременно должно быть где-то в каком-то месте и занимать какое-то пространство, а то, что не находится ни на земле, ни на небесах, будто бы и не существует». Характеристики этого «пространства» – материи – бесформенность, пластичность, недоступность человеческому восприятию, пассивность. Без этой материи невозможно было существование мира вещей, материя и есть чистая возможность, это непознаваемое небытие, его еще не коснулся Бог. Переполняющие эту материю-«кормилицу» потенции оформляются с помощью мира идей в формы вещественности – стихии: материя и растекается влагой, и пламенеет огнем, и принимает формы земли и воздуха.
Так возникает, наряду с миром идей и материей, мир вещей – промежуточный мир, где всё возникает и погибает, находится в становлении. Чувственный мир, мир становления есть единство бытия (идей) и небытия (материи). Мир вещей доступен не только разуму, но и чувствам. Связь вещей и идей «неизъяснима». Вещи можно представить как отпечатки, сделанные по образцам-идеям. Каждая вещь может быть отпечатком нескольких общих идей. Вещи порождены идеями, однако идеи не присутствуют в вещах, они не дробятся на многое. Вещи причастны идеям, они их подобия. Но вещи причастны и материи, поэтому вещи – несовершенные подобия идей. Наконец, вещи «стремятся» подражать идеям, приблизиться к ним.
П. вводит понятие «мировой души», посредника между миром идей и миром вещей. Мировая душа также сотворена Богом и несет в себе причастность тождественному (идеям) и иному (материи). Мировая душа – это самодвижущаяся, творящая сила, с ее помощью мир становится единым, упорядоченным живым целым – Космосом. Выражением мировой души, ее противоречивости является демон Эрос. Эрос есть стремление срединного, промежуточного мира к миру идеальному – идеям-образцам, но Эрос – воплощенное противоречие, он несет в себе желание объединить несоединимое, а не отказаться от земного. Обращение к образам мифа при объяснении центрального момента теории – связи бытия и небытия – не случайно. Образ мироустройства, данный П., – это мир, повернутый к человеку. Надежды, цели человека, его сила и бессилие, его творческая потенция как бы космизированы, вписаны в структуру мира. П. прямо сопоставляет творческое начало мира – Эрос – с человеком, любящим мудрость, стоящим между знанием и незнанием, – с философом.
Идея единого Бога присутствует в творчестве П., однако его понимание Бога дает простор различным интерпретациям. Бог то выступает творцом идей, то оказывается демиургом (буквально – ремесленником), творящим мир по заранее заданным образцам-идеям. Бог оказывается то живым существом, совершенной личностью, то лишь «умом», которому противостоит несотворенная им материя. Иногда П. называет Богом идею блага. Низшим родом богов П. называет небесные тела, Землю, сотворенные из огня демиургом.