Трое суток спустя корабль (совершив по пути короткий заход в Либаву) вошёл в Мекленбургскую бухту и, миновав пролив Фемарн, достиг входа в Большой Бельт. Плавание здесь было весьма непростым - сначала крейсер попал в сильный туман, а затем «в очень свежую погоду», что заставило по пути дважды становиться на якорь. Потерянное время удалось наверстать в Северном море, бывшем в эти дни относительно спокойным. 3 ноября корабль благополучно вошёл в гавань Портсмута.
Здесь экипажу предстояло загрузиться углем и произвести мелкий ремонт механизмов для сложного перехода через Бискайский залив. Все работы заняли почти неделю и 9 ноября крейсер вышел в море, держа курс на Виго. Опасения командира относительно более чем свежей погоды на пути к испанским берегам оправдались - Бискайский залив встретил корабль сильным штормом, задержавшим прибытие в Виго почти на сутки. Выровнять график похода удалось за счёт сокращения времени на окраску борта, в связи с чем команда работала почти без перерыва в две смены.
15 ноября «Адмирал Макаров» покинул испанские территориальные воды и через Гибралтарский пролив направился к берегам Туниса - в порт Бизерта, назначенный для рандеву с кораблями контр-адмирала В.И. Литвинова. В отличие от Атлантического океана условия плавания Средиземным морем были более благоприятные, к тому же у африканского побережья удалось «поймать» сильное попутное течение, прибавившее к 14-узловому ходу корабля верных 2,5 узла и давшее возможность прийти в Бизерту к 19 ноября с минимальным опозданием.
После присоединения «Адмирала Макарова» к Балтийскому отряду на него были переведены корабельные гардемарины, первоначально назначенные на «Олег» и временно расписанные по другим кораблям, а также несколько десятков нижних чинов для доукомплектования экипажа по штату. В результате количество личного состава, практически незнакомого с крейсером и зачастую мало обученного, составило около трети общей численности команды. Такое положение дел отрицательно влияло на боевую готовность корабля (да и всего отряда), однако продолжительная стоянка у берегов Туниса, частые учения и настойчивые усилия унтер-офицеров, кондукторов и офицеров-специалистов позволили привести крейсер в порядок.
30 ноября «Адмирал Макаров» вместе с остальными кораблями отряда совершил переход в Аугусту, где предполагалось выполнить курс артиллерийских стрельб. Стоянка Отдельного отряда в этом сицилийском порту предполагалась достаточно продолжительной и спокойной, однако последовавшие вскоре события нарушили все планы. Ранним утром 15 декабря на кораблях, стоявших на рейде Аугусты, внезапно ощутили сильный подземный удар, сопровождавшийся «появлением какого- то необычайного изменения уровня моря, под влиянием которого суда в штиль сразу же развернулись в сторону открытого моря...».[3
РГАВМФ, ф. 417, оп. 2, д. 1114, л. 16.] Ожил и спящий до этого город - с берега отчетливо донесся шум и крики людей, скоро, впрочем, затихшие.Несколькими часами позже отряд в соответствии с планом вышел в море на учебные стрельбы и лишь по возвращении моряки узнали о происшедшем землетрясении и ущербе, нанесенном городу - было повреждено несколько зданий, в том числе колокольня собора, нарушена телеграфная связь и испорчен железнодорожный путь на Катанию. Но самое страшное известие пришло около 10 часов утра. Прибывший на флагманский «Цесаревич» начальник порта вручил контр-адмиралу В.И. Литвинову телеграмму от префекта Сиракуз, сообщавшего, что город Мессина сильно пострадал от стихии, и просившего «дружественную нацию» не отказать его населению в помощи. Реакция русского командования не замедлила себя ждать - тот час же было отдано приказание о подготовке к походу обоих линкоров и крейсера «Адмирал Макаров», в то время как крейсер «Богатырь» вследствие малого запаса топлива (и к великому огорчению его экипажа) решено было оставить на рейде для поддержания телеграфного сообщения с материком через Палермо.
Ровно в 1 час ночи 16 декабря отряд снялся с якоря и взял курс на Мессинский пролив с расчётом достичь его к рассвету. Не доходя примерно 20 миль до Мессины с кораблей увидели сильное зарево над городом и по мере приближения к узкости массу плавающих деревянных обломков, среди которых попадались и пустые полузатопленные шлюпки. Около 7 час. утра удалось благополучно достичь внешнего рейда, где линкоры встали на якорь. «Адмиралу Макарову» было приказано для выяснения обстановки войти во внутреннюю гавань, где уже стоял итальянский крейсер «Пьемонт».
Обрушение причальных стенок, отсутствие на их уцелевших участках палов, уничтоженных землетрясением, вынудили «Адмирала Макарова» подать швартовы прямо на городскую набережную неподалеку от товарной станции. Маневрирование в Мессинской гавани, «битком набитой пароходами и парусниками», блестяще исполненное моряками, явилось серьёзным испытанием для крейсера, которому не раз пришлось разворачиваться буквально «на пятке», демонстрируя отличную работу механизмов и высокую выучку личного состава.