Вполне достоверные сведения об истинных намерениях противника поступили 12 сентября, а 27-го стало известно о начале развёртывания германских сил. Однако вместо организации разведки и принятия эффективных мер противодействия командующий флотом контр-адмирал А.В. Развозов ограничился приказанием направить в крейсерство одну подводную лодку, даже не успевшую своевременно занять позицию. В результате противнику удалось в полной мере обеспечить элемент внезапности: корабли десантного отряда были обнаружены на рассвете 29 сентября уже на подходах к бухте Тага-Лахт (о. Эзель). После подавления двух русских береговых батарей (в сумме 6 6745 орудий) на берег высадились основные силы десанта, сразу же начавшие продвижение вглубь острова. Одновременно противник предпринял первую попытку форсировать пролив Соэлозунд, разделяющий острова Эзель и Даго. Началась упорная пятидневная борьба за господство на Кассарском плёсе - одной из ключевых позиций русских сил.
Особые гидрографические условия района (малые глубины, наличие большого количества банок и мелей) вынуждали использовать главным образом лёгкие силы - миноносцы и канонерские лодки, на которые и легла основная тяжесть боёв. Черёд крейсеров настал позже, когда ввиду неослабевающего натиска кайзеровского флота русскому командованию потребовалось усилить корабельную группировку в Соэлозунде, направив туда «Адмирал Макаров».
1 октября согласно приказанию начальника 1-й бригады крейсер в 13 час. 50 мин. снялся с якоря на Ревельском рейде и, конвоируемый эскадренными миноносцами «Сторожевой», «Лихой» и «Дельный» 10-узловым ходом пошёл в Моонзунд. В 18 час. 25 мин. того же дня корабли достигли Харилайда, где пришлось встать на якорь, поскольку буксиров для проводки отряда каналом прислано не было, а входить в узкость самостоятельно в тёмное время суток сочли рискованным (вскоре после отдачи якорей «Дельным» была уничтожена дрейфующая мина заграждения отечественного производства).
Узнав из полученных за день радиограмм о прорыве противника на Кассарский плёс и учитывая возможность его продвижения далее к Рогокюлю, с наступлением темноты на крейсере изготовились к отражению минной атаки - к дежурным орудиям были выведены расчёты, офицеры и команда спали не раздеваясь. Миноносцы же, чтобы не мешать стрельбе, были заранее поставлены между крейсером и берегом.
Ночь прошла спокойно и в 8 час. 20 мин. утра 2 октября отряд снялся с якоря и вслед за лоцманским пароходом, присланным начальником Охраны водных районов, 8-узловым ходом вошёл в канал. Не встретив затруднений при проходе, крейсер в 11 час. 35 мин. достиг рейда Куйваст, где встал рядом с «Баяном». Пребывание здесь длилось недолго - едва ознакомившись с обстановкой, командир крейсера капитан 1-го ранга Сполатбог получил приказание командующего Морскими силами Рижского залива возвратиться обратно к Рогокюлю для обеспечения его обороны в случае прорыва германских миноносцев.
В 16 час. 15 мин. корабль снялся с якоря и вместе с миноносцем «Лихой» самостоятельно двинулся к норду. Идя 10-узловым ходом, крейсер спустя три часа находился в нескольких милях к зюйд-осту от Харилайда, однако в сгустившейся темноте рулевые уже не могли различать вехи фарватера, что вынудило «Адмирал Макаров» в 19 час. 45 мин. вновь встать на якорь, изготовившись к отражению минной атаки. Стараниями командира и офицеров в течение всего времени операции удавалось поддерживать высокую дисциплину среди команды, всегда бывшей в курсе происходящих событий. Так экипаж крейсера был «крайне взволнован полученными сведениями о предстоящей сдаче и разрушении Церельской батареи», прикрывавшей Ирбенский пролив и являвшейся наиболее мощной в системе береговой обороны Моонзундской позиции. По просьбе судового комитета вице-адмиралу М.К. Бахиреву была даже послана радиограмма о готовности пополнить береговые
орудийные расчёты моряками «Адмирала Макарова», причём в желающих не было недостатка. К сожалению, «революционный порыв масс» остался без ответа, не позволив «укомплектовать батарею бодрыми людьми».
. С утра 3 октября, пользуясь затишьем, на крейсере, имевшем лишь половинный запас топлива, приступили к погрузке угля со стоявшего на внешнем рейде Рогокюля транспорта «Иже», за которым посылали миноносец. Но приём угля вскоре пришлось прервать - срочным сообщением «Адмиралу Макарову» предписывалось идти к Кассарскому плесу для поддержки находившихся там русских эсминцев.